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万見
- PDB-9d9x: Mycobacteriophage Bxb1 Capsid - Composite map and model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d9x
タイトルMycobacteriophage Bxb1 Capsid - Composite map and model
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage / capsid / VIRUS
機能・相同性: / Phage capsid / Phage capsid family / virion component / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Freeman, K.G.
資金援助 米国, 台湾, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99AI173544 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116884 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT12053 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD025009 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD019995 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032467 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-110-06 台湾
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1.
著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao ...著者: Krista G Freeman / Sudipta Mondal / Lourriel S Macale / Jennifer Podgorski / Simon J White / Benjamin H Silva / Valery Ortiz / Alexis Huet / Ronelito J Perez / Joemark T Narsico / Meng-Chiao Ho / Deborah Jacobs-Sera / Todd L Lowary / James F Conway / Donghyun Park / Graham F Hatfull /
要旨: Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for ...Mycobacteriophage Bxb1 is a well-characterized virus of Mycobacterium smegmatis with double-stranded DNA and a long, flexible tail. Mycobacteriophages show considerable potential as therapies for Mycobacterium infections, but little is known about the structural details of these phages or how they bind to and traverse the complex Mycobacterium cell wall. Here, we report the complete structure and atomic model of phage Bxb1, including the arrangement of immunodominant domains of both the capsid and tail tube subunits, as well as the assembly of the protein subunits in the tail-tip complex. The structure contains protein assemblies with 3-, 5-, 6-, and 12-fold symmetries, which interact to satisfy several symmetry mismatches. Cryoelectron tomography of phage particles bound to M. smegmatis reveals the structural transitions that occur for free phage particles to bind to the cell surface and navigate through the cell wall to enable DNA transfer into the cytoplasm.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ha: Major capsid protein
Hb: Major capsid protein
Hc: Major capsid protein
Hd: Major capsid protein
He: Major capsid protein
Hf: Major capsid protein
Pa: Major capsid protein
Pb: Major capsid protein
Pc: Major capsid protein
Pd: Major capsid protein
Pe: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,63011
ポリマ－460,63011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 41875.461 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B0A7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium phage Bxb1 / タイプ: VIRUS
詳細: Portal and connector complex of Bxb1, containing five protein subunit types. This is a composite map, and related entries for consensus and locally refined maps are noted.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 株: Mycobacterium phage Bxb1
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisC4H11NO31
21 mMMagnesium sulfateMgSO41
368.44 mMSodium chlorideNaCl1
41 mMCalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 23927 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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