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- PDB-9d7z: Shigella flexneri bacteriophage Moo19 Icosahedral Reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d7z
タイトルShigella flexneri bacteriophage Moo19 Icosahedral Reconstruction
要素
  • Ig-like domain-containing protein
  • Major capsid protein
キーワードVIRUS / Moo19
機能・相同性Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Ig-like domain-containing protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Shigella virus Moo19 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Subramanian, S. / Bergland Drarvik, S.M. / Parent, K.N.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110185 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140803 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1750125 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Moo19 and B2: Structures of podophages with = 9 geometry and tailspikes with esterase activity.
著者: Sundharraman Subramanian / Silje M Bergland Drarvik / Kendal R Tinney / Sarah M Doore / Kristin N Parent /
要旨: Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members ...Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members of this group. Of the podophages, the N4-like family is the least well studied structurally and is quite divergent from well-characterized podophages such as T7 and P22. In this work, we isolate and fully characterize two members of the family by cryo-electron microscopy, genetics, and biochemistry. We describe the capsid features of Moo19 and B2, including a decoration protein. In addition, we have fully modeled the tail machinery for both phages and identify proteins with esterase activity. Genetic knockouts of the host reveal factors specific for host attachment including key modifications to the O-antigen on the lipopolysaccharide. Moo19 and B2 are both members, yet some distinct differences in the genome and structure place them into distinct clades.
履歴
登録2024年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Ig-like domain-containing protein
K: Ig-like domain-containing protein
L: Ig-like domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,14612
ポリマ－480,14612
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Ig-like domain-containing protein
K: Ig-like domain-containing protein
L: Ig-like domain-containing protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,808,771720
ポリマ－28,808,771720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 43971.672 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella virus Moo19 (ウイルス) / 遺伝子: Moo19_gp73
発現宿主: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0AAE8YCM0
#2: タンパク質 Ig-like domain-containing protein


分子量: 28133.709 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella virus Moo19 (ウイルス) / 遺伝子: Moo19_gp28
発現宿主: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0AAE8YCJ7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Shigella virus Moo19 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Shigella virus Moo19 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFINDCTF補正
10RELION4.0.1初期オイラー角割当
11RELION4.0.1最終オイラー角割当
13RELION4.0.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99582 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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