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- EMDB-46627: Shigella flexneri bacteriophage B2 tail -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46627
タイトルShigella flexneri bacteriophage B2 tail
マップデータ
試料
  • ウイルス: Shigella phage B2 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal Protein Gp39
    • タンパク質・ペプチド: Head to tail adaptor Gp50
    • タンパク質・ペプチド: Gp34
    • タンパク質・ペプチド: Gp49
キーワードB2 / VIRUS
生物種Shigella phage B2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Subramanian S / Bergland Drarvik SM / Parent KN
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110185 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140803 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1750125 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Moo19 and B2: Structures of podophages with = 9 geometry and tailspikes with esterase activity.
著者: Sundharraman Subramanian / Silje M Bergland Drarvik / Kendal R Tinney / Sarah M Doore / Kristin N Parent /
要旨: Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members ...Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members of this group. Of the podophages, the N4-like family is the least well studied structurally and is quite divergent from well-characterized podophages such as T7 and P22. In this work, we isolate and fully characterize two members of the family by cryo-electron microscopy, genetics, and biochemistry. We describe the capsid features of Moo19 and B2, including a decoration protein. In addition, we have fully modeled the tail machinery for both phages and identify proteins with esterase activity. Genetic knockouts of the host reveal factors specific for host attachment including key modifications to the O-antigen on the lipopolysaccharide. Moo19 and B2 are both members, yet some distinct differences in the genome and structure place them into distinct clades.
履歴
登録2024年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46627.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 500 pix.
= 834. Å		1.67 Å/pix.
x 500 pix.
= 834. Å		1.67 Å/pix.
x 500 pix.
= 834. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.668 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.12042123 - 0.1829724
平均 (標準偏差)0.0001804685 (±0.0031425597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-249-249-249
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 834.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46627_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46627_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46627_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Shigella phage B2

全体名称: Shigella phage B2 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Shigella phage B2 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal Protein Gp39
    • タンパク質・ペプチド: Head to tail adaptor Gp50
    • タンパク質・ペプチド: Gp34
    • タンパク質・ペプチド: Gp49

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超分子 #1: Shigella phage B2

超分子名称: Shigella phage B2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2968270 / 生物種: Shigella phage B2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)

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分子 #1: Portal Protein Gp39

分子名称: Portal Protein Gp39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage B2 (ファージ)
分子量理論値: 79.127383 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MAKDELPIVN PEETGNLTDW DNEPTVSDLK SDYDSAYSSH SAQMSQITTW LNNLNVEGSA KPKKVPGRSS VQPMLIRKQA EWRYSALTE PFLSTDELFA VSPVTWEDRE AAIQNQLVLN YQFNIKIDKV RFIDDYVRNA VNEGTVIVRV GWCNYTQMVK E TVPVYAYY ...文字列:
MAKDELPIVN PEETGNLTDW DNEPTVSDLK SDYDSAYSSH SAQMSQITTW LNNLNVEGSA KPKKVPGRSS VQPMLIRKQA EWRYSALTE PFLSTDELFA VSPVTWEDRE AAIQNQLVLN YQFNIKIDKV RFIDDYVRNA VNEGTVIVRV GWCNYTQMVK E TVPVYAYY PAANEDQVAA LQEALQLKLE NPNAYNSLPD DIIASVDYSF ENRGAFVAVQ TGTEEVEYEK VIKNQPTVEV VN SQNVVID PTCNGDISQA QFVIYSFETS KSDLEKDGRY KNLDKISASM SNPLNTPDHQ VEDQSGFNFK DEPRKKFVAY EYW GWWDIN GNGKTVPIVA TFVGNTMIRL EENPFPDKKI PFVVVPYLPV PRSIYGEPDG ALLEDNQKII GATTRAMIDI LARS ANGQT GIRKDMLDVT NRRKFDKGED YEFNANVDPR QGIYMHVSPE IPQSAPMMIQ YQNNEAESLT GVKSFSQGIA SQALG DVAA GIRGALDAAS KRELGILRRL AQGVVEIGRK IISMNSEFLS EEEVVRVTNE QFVTVRRDEL AGEFDLKLSI STAEAD NQK AQELAFMLQT MGNSLPFEMS QMVLSDIARL RNMPDLAKRI ESYQPQPDPL AQRKAELEIA LLEAQIAETQ SKAIENR AS AGYKATQAQN VQSDTDLKNL DYVEQESGVK QARDVQKISA QAESQTQTKI VDYILKSGKP LSEI

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分子 #2: Head to tail adaptor Gp50

分子名称: Head to tail adaptor Gp50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage B2 (ファージ)
分子量理論値: 26.744287 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MKLSELFQML SVGELSLIRT GNDGQGIRTQ DYPKVIAQLN AGLTNLHARF PLLEKEVIIQ QYEQISKYYL RSEFAQMNTT STEKYKYLM DSPTERFLDD VIRVERVFDE CGCPLYLNNE PCCGSIVTPS FDCIQIVYPI ETNALFVTYR ANHPKIALTT T DLNTEVRI ...文字列:
MKLSELFQML SVGELSLIRT GNDGQGIRTQ DYPKVIAQLN AGLTNLHARF PLLEKEVIIQ QYEQISKYYL RSEFAQMNTT STEKYKYLM DSPTERFLDD VIRVERVFDE CGCPLYLNNE PCCGSIVTPS FDCIQIVYPI ETNALFVTYR ANHPKIALTT T DLNTEVRI PASHEKALTY YIASQLYSNS PNPETAAKGV EWSQRFEAEC TKIENLDLDN AHIAQTNVKP EMRGWV

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分子 #3: Gp34

分子名称: Gp34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage B2 (ファージ)
分子量理論値: 22.765822 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MAVVIEPITN EDLTTKVVDG TGIFDELMTA ANAHLSAQWD MERITGTQYA EVYLGQLTAV LQQAVTFLIE KDKTYLNNLL INAQIELAN KQIELADKEL EKADKEIELL ELNKELIAQK VKTEKAQISD TVDSVPVTGI IGAQIALYKQ QKDGFIRDAE Q KALKIISD ...文字列:
MAVVIEPITN EDLTTKVVDG TGIFDELMTA ANAHLSAQWD MERITGTQYA EVYLGQLTAV LQQAVTFLIE KDKTYLNNLL INAQIELAN KQIELADKEL EKADKEIELL ELNKELIAQK VKTEKAQISD TVDSVPVTGI IGAQIALYKQ QKDGFIRDAE Q KALKIISD TWITRKTVDD GTPLPTGFDT AAVDAFTRKV ADGVSVNY

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分子 #4: Gp49

分子名称: Gp49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage B2 (ファージ)
分子量理論値: 44.471602 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MIRTTNTCCG NQAGMVEKFI GTAYDVVKTV YDNLGEIQFI YNFLNDYGVL ITVDSVTELQ ELPTTAKYTR VYSSTPTGVR IYTDYLYVE GDRTGVLPSD PTATGSWVVV GSSNSGAATG TGAYIPFVFN NGSAAGGETT IVVPDYTIGV PEIYVEGFRQ Q VGRGFTFN ...文字列:
MIRTTNTCCG NQAGMVEKFI GTAYDVVKTV YDNLGEIQFI YNFLNDYGVL ITVDSVTELQ ELPTTAKYTR VYSSTPTGVR IYTDYLYVE GDRTGVLPSD PTATGSWVVV GSSNSGAATG TGAYIPFVFN NGSAAGGETT IVVPDYTIGV PEIYVEGFRQ Q VGRGFTFN SVNLTVTLAQ PLEQGDEVVL MLSGNPAVPD NPNIDSWTVI NWIYNNGAAV GGEQVIVIPY TFQTVPAIFK NG LRYQGGL STQSYTVDQD NKRILLTEPL STNDRLVVQL GGELVTLESP DRSLYEIARA TNMKDSEVIK SDNTVETLNG KRI LYDIVS QVYYWIPSSV PNNVYIQSVV NGQLTYLPGN IVVTLTPIVT LGLSGTTAQR PIGVLTGTQH FDTTLGKPIW FNGT AWVDS TGAVV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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