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万見
- PDB-9clj: HIV-2 CA T=1 Icosahedron; assembled via lipid templating -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9clj
タイトルHIV-2 CA T=1 Icosahedron; assembled via lipid templating
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-2 / Capsid / IP6
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-2 retropepsin / telomerase activity / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-2 retropepsin / telomerase activity / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Cook, M. / Freniere, C. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32GM008283 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170791 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural insights into HIV-2 CA lattice formation and FG-pocket binding revealed by single-particle cryo-EM.
著者: Matthew Cook / Christian Freniere / Chunxiang Wu / Faith Lozano / Yong Xiong /
要旨: One of the striking features of human immunodeficiency virus (HIV) is the capsid, a fullerene cone comprised of pleomorphic capsid protein (CA) that shields the viral genome and recruits cofactors. ...One of the striking features of human immunodeficiency virus (HIV) is the capsid, a fullerene cone comprised of pleomorphic capsid protein (CA) that shields the viral genome and recruits cofactors. Despite significant advances in understanding the mechanisms of HIV-1 CA assembly and host factor interactions, HIV-2 CA assembly remains poorly understood. By templating the assembly of HIV-2 CA on functionalized liposomes, we report high-resolution structures of the HIV-2 CA lattice, including both CA hexamers and pentamers, alone and with peptides of host phenylalanine-glycine (FG)-motif proteins Nup153 and CPSF6. While the overall fold and mode of FG-peptide binding is conserved with HIV-1, this study reveals distinctive features of the HIV-2 CA lattice, including differing structural character at regions of host factor interactions and divergence in the mechanism of formation of CA hexamers and pentamers. This study extends our understanding of HIV capsids and highlights an approach facilitating the study of lentiviral capsid biology.
履歴
登録2024年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1303
ポリマ－26,8091
非ポリマー1,3202
水2,342130
1
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,687,774180
ポリマ－1,608,56960
非ポリマー79,204120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 141 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,64815
ポリマ－134,0475
非ポリマー6,60010
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 169 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,77718
ポリマ－160,8576
非ポリマー7,92012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / CA


分子量: 26809.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Full length HIV-2 GL-AN capsid protein with a C-terminal Gly-Ser-Ser linker to a hexahistidine tag following proteolytic processing of N-terminal Met.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: GL-AN / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18042
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HIV-2 capsid protein assembled into a lattice via lipid templating.
タイプ: COMPLEX
詳細: C-terminally hexahistidine tagged HIV-2 CA associated with a micelle decorated with NiNTA headgroups which results in the assembly of an icosahedral lattice of CA.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 26.9 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: GL-AN
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7
詳細: The mixed buffer of storage buffer for the protein and lipid components with IP6 supplemented.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2250 mMSodium chlorideNaCl1
30.1 mMTCEP1
44 mMIP61
試料濃度: 10.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was prepared with 400 uM HIV-2 CA-6xHis protein, 5.9 mM lipid mix (described in publication), and 4 mM IP6. Sample was well-distributed on the grid, mostly monodisperse. Perhaps ...詳細: Sample was prepared with 400 uM HIV-2 CA-6xHis protein, 5.9 mM lipid mix (described in publication), and 4 mM IP6. Sample was well-distributed on the grid, mostly monodisperse. Perhaps slightly more particles on carbon versus in the hole.
試料支持詳細: 15 mA discharge current. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: Grids were dual-side blotted with blot force 0 for 5.5 sec before plunge freezing in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得Collected at Brookhaven National Laboratory
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 690629
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74821 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: An HIV-1 CA chain from pentamers (PDB: 8CKW) was initially fit into the density by rigid body fitting. It was then mutated to match the HIV-2 sequence, with unmodeled residues being replaced ...詳細: An HIV-1 CA chain from pentamers (PDB: 8CKW) was initially fit into the density by rigid body fitting. It was then mutated to match the HIV-2 sequence, with unmodeled residues being replaced before flexible fitting and refinement into the map volume.
原子モデル構築PDB-ID: 8CKW

8ckw


PDB chain-ID: A / Accession code: 8CKW / Chain residue range: 1-221
詳細: Due to structural similarities expected between HIV-2 and HIV-1, an HIV-1 model was used for initial fitting.
Pdb chain residue range: 1-221 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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