PDB-9chi: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9chi

タイトル

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-Y62A) heteromeric complex (bound to SAH - structure 2)

要素

(SonA) x 2
Alpha-N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Alpha-N-methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M. / Freeman, M.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: alpha-N-Methyltransferase regiospecificity is mediated by proximal, redundant enzyme-substrate interactions.
著者: Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.

履歴

登録	2024年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9chi.cif.gz	505.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9chi.ent.gz	414.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9chi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9chi_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9chi_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9chi_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	9chi_validation.cif.gz	74.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9chi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9chi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cgwC 9ch0C 9ch1C 9ch2C 9ch3C 9ch5C 9ch7C 9chkC 7lte 7ltf 7lth 7ltr 7lts 8t1s 8t1t C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-N-methyltransferase

B: SonA

C: Alpha-N-methyltransferase

D: SonA

E: Alpha-N-methyltransferase

F: SonA

G: Alpha-N-methyltransferase

H: SonA

ヘテロ分子

147 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-N-methyltransferase

B: SonA

C: Alpha-N-methyltransferase

D: SonA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Alpha-N-methyltransferase

F: SonA

G: Alpha-N-methyltransferase

H: SonA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.050, 59.060, 108.580
Angle α, β, γ (deg.)	89.95, 90.11, 85.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Alpha-N-methyltransferase / SonM 分子量: 28937.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質	SonA 分子量: 7411.169 Da / 分子数: 3 / Mutation: Y62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#3: タンパク質	SonA 分子量: 7397.143 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 240 mM sodium malonate pH 6, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→19.64 Å / Num. obs: 56505 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 2.01 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.15
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / Num. unique obs: 7177 / CC_1/2: 0.931 / R_rim(I) all: 0.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 17.493 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3088	2872	5.1 %	RANDOM
R_work	0.26469	-	-	-
obs	0.26703	53632	85.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.96 Å²	16.39 Å²	9.39 Å²
2-	-	2.7 Å²	-0.44 Å²
3-	-	-	11.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10068	0	104	306	10478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.012	10477
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	9897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.448	1.809	14253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.152	1.741	22795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.526	5	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.163	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.06	10	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.021	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.639	3.045	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.639	3.045	5232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.858	5.454	6524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.857	5.454	6525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.07	3.383	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.069	3.383	5245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.761	6.062	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.718	32.48	12193
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.714	32.42	12170
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.252 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	198	-
R_work	0.328	3641	-
obs	-	-	79.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2946	-0.0359	0.1502	0.2366	-0.0968	0.3812	0.01	0.0211	0.0097	-0.0268	0.0049	-0.0314	-0.0551	-0.0383	-0.0149	0.0588	-0.0254	0.0463	0.0448	-0.0292	0.0398	14.551	-16.012	-3.071
2	1.9985	-0.51	-0.6265	0.2046	0.4105	1.0443	0.0983	-0.0308	0.1528	-0.0668	-0.018	-0.0441	-0.1852	-0.0603	-0.0803	0.081	-0.03	0.0566	0.0425	-0.0382	0.0535	0.94	-9.938	14.518
3	0.1542	-0.0743	-0.0138	0.2984	0.0213	0.3215	0.0338	0.0272	-0.0368	-0.0316	-0.0332	0.0207	0.0394	0.0351	-0.0006	0.0652	-0.0332	0.0329	0.0517	-0.0444	0.0429	11.611	-35.227	-3.062
4	1.3307	-0.1886	0.7535	0.0487	-0.0667	0.7196	0.1237	0.0609	-0.096	0.0027	-0.0028	0.0015	0.1047	0.0184	-0.1209	0.105	-0.0458	0.0279	0.048	-0.0371	0.053	25.053	-41.354	14.51
5	0.2361	0.0078	0.1579	0.2439	0.0682	0.326	-0.0015	-0.0006	0.0109	-0.0313	0.0086	-0.0039	-0.0349	0.0071	-0.0071	0.0605	-0.0416	0.0433	0.0302	-0.0313	0.0332	37.054	-23.142	51.207
6	2.312	-0.5638	-0.9282	0.2723	0.265	0.808	0.0996	-0.0757	0.1378	-0.0418	0.0179	0.009	-0.095	0.0138	-0.1176	0.0606	-0.0461	0.051	0.0449	-0.0409	0.0713	23.321	-17.158	68.917
7	0.2538	-0.0789	-0.1553	0.3179	0.0724	0.3595	-0.0048	-0.021	-0.0569	-0.025	-0.0321	-0.0055	0.0189	0.0004	0.0369	0.0509	-0.0388	0.043	0.0444	-0.0277	0.048	34.126	-42.372	51.217
8	1.788	-0.1433	1.2526	0.1624	0.1897	1.7645	0.1095	-0.0893	-0.2273	-0.011	0.0925	-0.0212	0.1648	-0.0477	-0.202	0.0947	-0.0416	0.041	0.1132	-0.0186	0.0756	47.47	-48.617	68.696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 263
8	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301
9	X-RAY DIFFRACTION	6	F	10 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 263
11	X-RAY DIFFRACTION	7	G	301
12	X-RAY DIFFRACTION	8	H	11 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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