PDB-7ltf: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM mutant Y58F) and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ltf

タイトル

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM mutant Y58F) and RiPP precursor (SonA) heteromeric complex (no cofactor)

要素

LigA domain-containing protein
TP-methylase family protein

キーワード

TRANSFERASE / posttranslational modifications / ribosomally synthesized and posttranslationally modified peptides / alpha-N-methyltransferase / borosin / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Miller, F.S. / Crone, K.K. / Jensen, M.R. / Shaw, S. / Harcombe, W.R. / Elias, M. / Freeman, M.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conformational rearrangements enable iterative backbone N-methylation in RiPP biosynthesis.
著者: Miller, F.S. / Crone, K.K. / Jensen, M.R. / Shaw, S. / Harcombe, W.R. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.

履歴

登録	2021年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ltf.cif.gz	151.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ltf.ent.gz	117.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ltf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7ltf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7ltf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ltcC 7lteC 7lthC 7ltrC 7ltsC 5n0pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ltc-d 7lth-d 7lte-d 6c12-1 1kmp-d 7ltr-1 6fwb-2 6c12-2 5jsu-d 7loz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TP-methylase family protein

B: LigA domain-containing protein

C: TP-methylase family protein

D: LigA domain-containing protein

73.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.370, 108.500, 58.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TP-methylase family protein 分子量: 29052.326 Da / 分子数: 2 / 変異: Y58F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質	LigA domain-containing protein 分子量: 7850.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Proteins were concentrated at 20 mg/mL and crystallized at pH ranging between 5.5-7 and using PEG 3,350 (0-20%) as precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→58.8 Å / Num. obs: 33041 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.61 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 15.48
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / Num. unique obs: 4031 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	v5	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N0P

5n0p

解像度: 2.2→58.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2376	-	-	RANDOM
R_work	0.2255	-	-	-
obs	-	31389	99.07 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.31 Å² / B_iso mean: 26.4867 Å² / B_iso min: 8.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→58.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	0	518	5652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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