PDB-9chk: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9chk

タイトル

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-Y62A) heteromeric complex (bound to SAM)

要素

Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
TP-methylase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Alpha-N-methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M. / Freeman, M.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: alpha-N-Methyltransferase regiospecificity is mediated by proximal, redundant enzyme-substrate interactions.
著者: Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.

履歴

登録	2024年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9chk.cif.gz	273.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9chk.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9chk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9chk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9chk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cgwC 9ch0C 9ch1C 9ch2C 9ch3C 9ch5C 9ch7C 9chiC 7lte 7ltf 7lth 7ltr 7lts 8t1s 8t1t C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TP-methylase family protein

B: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

C: TP-methylase family protein

D: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

ヘテロ分子

76.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.250, 58.960, 59.230
Angle α, β, γ (deg.)	95.77, 112.61, 93.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	TP-methylase family protein 分子量: 29068.326 Da / 分子数: 2 / 変異: Y62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質	Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein 分子量: 8690.581 Da / 分子数: 2 / 変異: Y62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 変異: Y62A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 変異: Y62A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃ 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 240 mM sodium malonate pH 5.5, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.99 Å / Num. obs: 95561 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.74 % / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 9.49
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / R_merge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 17056 / CC_1/2: 0.799

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→45.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.429 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20121	4778	5 %	RANDOM
R_work	0.16349	-	-	-
obs	0.16538	90783	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	-0.44 Å²	-0.18 Å²
2-	-	1.83 Å²	0.42 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→45.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4931	0	0	346	5277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.921	1.811	7019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.341	1.741	11225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.791	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.801	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.287	10	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.109	1.768	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.093	1.768	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.267	3.18	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.266	3.181	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.821	2.137	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.819	2.137	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.87	3.758	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.329	21.38	5794
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.8	21.13	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.953	3	10012
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	357	-
R_work	0.209	6791	-
obs	-	-	93.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0625	0.0026	0.0097	0.0134	-0.0099	0.0572	0.0013	0.0001	0.0028	0.0026	-0.0007	0.0012	-0.0048	0.0016	-0.0005	0.0204	0.0024	0.0005	0.0008	-0.002	0.0113	-1.605	9.61	2.873
2	0.5	0.1722	-0.0492	0.7077	0.0116	0.2754	0.0098	0.0001	0.0208	0.004	-0.007	0.0136	-0.0177	-0.0013	-0.0028	0.0146	0.004	0.001	0.0013	-0	0.0046	15.335	15.006	-17.501
3	0.0429	-0.0046	-0.0118	0.0113	0.0122	0.0593	0.0016	-0.0002	-0.0145	0.0032	-0.0014	-0.0016	0.006	-0.002	-0.0002	0.0202	0.0019	0.0002	0.0005	0.0002	0.0154	1.456	-10.007	2.789
4	0.7238	0.1319	0.0331	0.6022	-0.0589	0.3682	0.0026	0.0058	-0.0425	-0.0008	0.0039	-0.0058	0.0263	-0.0025	-0.0065	0.0152	0.0026	-0.0016	0.0012	-0.0021	0.0069	-15.119	-15.563	-17.885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 53

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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