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- PDB-9ch1: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ch1
タイトルStructure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-I65W) heteromeric complex (bound to SAM)
要素
  • Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
  • TP-methylase family protein
キーワードTRANSFERASE / Alpha-N-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dioxygenase LigAB, LigA subunit superfamily / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / Uncharacterized protein / TP-methylase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M. / Freeman, M.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133475 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: alpha-N-Methyltransferase regiospecificity is mediated by proximal, redundant enzyme-substrate interactions.
著者: Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TP-methylase family protein
B: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
C: TP-methylase family protein
D: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8819
ポリマ－75,8484
非ポリマー1,0325
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area24500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.200, 59.100, 59.300
Angle α, β, γ (deg.)96.00, 112.40, 93.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 TP-methylase family protein


分子量: 29068.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質 Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein


分子量: 8855.729 Da / 分子数: 2 / Mutation: I65W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2

-
非ポリマー , 5種, 348分子

#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H20N6O5S
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H22N6O5S
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 240 mM sodium malonate pH 5.5 with 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.22 Å / Num. obs: 33547 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 2.29 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.64
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 4543 / CC1/2: 0.911 / Rrim(I) all: 0.327

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 13.277 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24889 1678 5 %RANDOM
Rwork0.20962 ---
obs0.2116 31868 88.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å2-0.92 Å20.08 Å2
2---0.25 Å20.49 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 1 343 5298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0125066
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0164786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6551.816887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2161.7411022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5995624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.806520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28610830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0082.4272514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9992.4272514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9324.3483132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9334.353133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5962.7532552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5952.7512551
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0774.9113756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.98326.335829
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.95425.825785
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 128 -
Rwork0.24 2433 -
obs--91.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.233-0.0471-0.06370.20740.00690.32880.0073-0.0177-0.08370.0465-0.00950.00150.0277-0.01530.00220.108-0.01020.0070.06980.00970.03531.4658-9.70482.8193
22.99290.84180.5281.0479-0.21252.56330.1163-0.0187-0.2243-0.02530.04460.03530.2537-0.0058-0.16090.07590.0044-0.01070.077-0.0040.0365-15.2959-15.1101-17.78
30.21790.04760.1340.23260.03760.3910.0049-0.01280.0410.04070.002-0.004-0.02290.0063-0.00690.0975-0.00170.0130.06480.00190.014-1.41149.72232.9696
41.81020.4745-0.47781.9556-0.86641.54980.0256-0.02590.08180.0230.022-0.0408-0.1815-0.035-0.04770.09030.01250.02260.0916-0.00420.011615.09515.6335-17.4454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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