PDB-9ch7: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ch7

タイトル

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-Y62A) heteromeric complex (bound to SAH - structure 1)

要素

Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
TP-methylase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Alpha-N-methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M. / Freeman, M.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: alpha-N-Methyltransferase regiospecificity is mediated by proximal, redundant enzyme-substrate interactions.
著者: Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.

履歴

登録	2024年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ch7.cif.gz	496 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ch7.ent.gz	405.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ch7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9ch7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/9ch7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cgwC 9ch0C 9ch1C 9ch2C 9ch3C 9ch5C 9chiC 9chkC 7lte 7ltf 7lth 7ltr 7lts 8t1s 8t1t C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TP-methylase family protein

B: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

C: TP-methylase family protein

D: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

E: TP-methylase family protein

F: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

G: TP-methylase family protein

H: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

ヘテロ分子

152 kDa, 8 ポリマー
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1

A: TP-methylase family protein

B: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

C: TP-methylase family protein

D: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 4 ポリマー
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2

E: TP-methylase family protein

F: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

G: TP-methylase family protein

H: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.170, 111.480, 85.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TP-methylase family protein 分子量: 29068.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質	Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein 分子量: 8690.581 Da / 分子数: 4 / Mutation: Y62A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 240 mM sodium malonate pH 5.5 and 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→60.28 Å / Num. obs: 68051 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.45 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.43
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / Num. unique obs: 8440 / CC_1/2: 0.815 / R_rim(I) all: 0.761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→60.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 12.584 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21898	3403	5 %	RANDOM
R_work	0.18023	-	-	-
obs	0.18215	64647	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	-0 Å²	-0.9 Å²
2-	-	0.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→60.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9853	0	0	253	10106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.012	10185
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	9660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.752	1.81	13859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.252	1.743	22265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.65	5	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.113	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.507	10	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	12012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.702	3.928	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.7	3.929	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.1	7.031	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.099	7.032	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.343	4.565	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.342	4.565	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.009	8.091	7505
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.677	39.38	11199
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.68	39.29	11171
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	252	-
R_work	0.242	4794	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3476	-0.086	0.0563	0.9194	-0.2262	0.525	-0.0112	-0.0884	0.017	-0.045	0.0262	0.0705	0.0023	-0.0331	-0.015	0.0038	0.0019	-0.009	0.0445	-0.0252	0.0669	-2.3225	2.9275	11.7125
2	4.6155	0.6273	0.5304	3.4222	0.667	3.0439	0.0278	-0.0614	0.2067	0.2213	-0.1542	0.2825	-0.0713	-0.1776	0.1264	0.0269	0.0028	0.0117	0.0233	-0.0104	0.0661	-16.2655	-19.1389	5.6674
3	0.0786	0.0065	0.0471	0.8042	0.1467	0.1069	0	0.0203	-0.0062	-0.1179	0.0025	-0.133	-0.0204	0.0286	-0.0026	0.0526	0.0002	0.0081	0.0294	-0.0154	0.08	11.0305	2.0963	-1.5822
4	0.9429	-0.7034	0.7764	0.9365	-0.9513	1.8855	-0.0873	0.0429	0.0032	-0.1092	-0.121	-0.2152	-0.0725	0.2442	0.2084	0.1447	0.0133	0.0365	0.1368	-0.0019	0.1854	24.8567	-14.6169	8.452
5	0.3735	0.0095	-0.2074	1.1035	-0.0997	0.2691	0.0485	-0.0484	0.0538	0.0469	0.0179	0.1191	-0.0424	-0.0102	-0.0665	0.0592	0.0063	-0.005	0.0403	-0.0215	0.0685	-29.4614	3.0347	-26.2747
6	2.2258	1.1324	0.5365	2.0186	0.6904	2.8405	-0.0537	0.0599	0.0348	0.2868	-0.0807	0.2628	-0.1168	-0.28	0.1343	0.1208	-0.0102	0.003	0.0914	-0.0015	0.1211	-45.5488	-14.4542	-37.8128
7	0.4472	0.1815	-0.0952	0.694	0.3388	0.487	0.0608	0.0948	0.063	0.0457	0.0446	-0.0642	-0.0562	0.0421	-0.1055	0.0357	0.0003	-0.0065	0.0543	0.0105	0.0638	-16.1294	2.4124	-39.6292
8	5.4224	-0.4206	0.5534	3.1656	-0.2301	3.4358	0.0771	0.4157	0.0096	-0.1369	0.0223	-0.1898	0.0799	0.2982	-0.0994	0.0537	0.0509	-0.0405	0.0918	-0.0535	0.0663	-3.8878	-21.1488	-32.7839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	10 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 263
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	8 - 61

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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