PDB-9cgw: Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cgw

タイトル

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-I65W) heteromeric complex (no cofactor)

要素

Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
TP-methylase family protein

キーワード

TRANSFERASE / alpha-N-methyltransferase

機能・相同性

Dioxygenase LigAB, LigA subunit superfamily / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / methyltransferase activity / metal ion binding / Uncharacterized protein / TP-methylase family protein

機能・相同性情報

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M. / Freeman, M.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: alpha-N-Methyltransferase regiospecificity is mediated by proximal, redundant enzyme-substrate interactions.
著者: Crone, K.K. / Labonte, J.W. / Elias, M.H. / Freeman, M.F.

履歴

登録	2024年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cgw.cif.gz	244.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cgw.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cgw_validation.pdf.gz	844.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cgw_full_validation.pdf.gz	857.3 KB	表示
XML形式データ	9cgw_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	9cgw_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ch0C 9ch1C 9ch2C 9ch3C 9ch5C 9ch7C 9chiC 9chkC 7lte 7ltf 7lth 7ltr 7lts 8t1s 8t1t C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TP-methylase family protein

B: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

C: TP-methylase family protein

D: Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein

ヘテロ分子

75.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.810, 91.810, 161.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	TP-methylase family protein 分子量: 29068.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1478 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW3
#2: タンパク質	Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein 分子量: 8855.729 Da / 分子数: 2 / Mutation: I65W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: SO_1479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGW2
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 240 mM sodium malonate pH 5.5 with 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→45.9 Å / Num. obs: 23018 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 13.39
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / Num. unique obs: 2397 / CC_1/2: 0.504 / R_rim(I) all: 1.717

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→45.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 34.468 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.8 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28019	1151	5 %	RANDOM
R_work	0.2214	-	-	-
obs	0.22429	21865	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.617 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	-0.21 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	1	15	4788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.012	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.574	1.813	6635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.19	1.742	10702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.353	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.952	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.713	10	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.026	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.067	5.435	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.067	5.436	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.174	9.755	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.176	9.757	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.378	6.038	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.377	6.04	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.453	10.827	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.887	53.26	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.899	53.27	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	83	-
R_work	0.326	1585	-
obs	-	-	99.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4735	0.0252	0.0305	0.2902	0.2391	0.8596	-0.0556	-0.0039	0.0414	0.0108	0.0247	0.069	-0.0063	-0.029	0.0309	0.1163	-0.0401	-0.0165	0.0504	0.0119	0.0224	38.65	-10.304	-9.863
2	5.4033	0.1323	0.901	2.9656	-0.5414	2.6139	0.102	0.1317	0.228	0.0113	-0.0624	0.2629	-0.1205	-0.0354	-0.0396	0.1167	-0.0386	0.0026	0.0607	-0.0013	0.0329	29.686	-21.876	13.624
3	0.5937	-0.1114	-0.088	0.6467	-0.0443	0.3865	0.0154	-0.0132	-0.0183	-0.0332	0.0064	-0.1732	0.0131	0.0814	-0.0218	0.0878	-0.0223	0.0025	0.0535	-0.0104	0.0554	55.045	-20.338	-11.733
4	6.5762	-1.2574	-0.2995	1.6816	-0.0709	1.1681	-0.0159	-0.1184	0.8503	-0.0129	0.2414	-0.6093	0.0977	0.1402	-0.2255	0.0749	-0.0414	-0.0506	0.0969	-0.0866	0.3112	69.44	-5.702	7.243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 262
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 54

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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