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- PDB-9b1p: Mycolicibacterium smegmatis ClpS with TrpSer dipeptide and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b1p
タイトルMycolicibacterium smegmatis ClpS with TrpSer dipeptide and Mg2+
要素ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
キーワードPROTEIN BINDING / proteolysis / adaptor
機能・相同性ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / protein catabolic process / peptidase activity / proteolysis / NICKEL (II) ION / ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Presloid, C.J. / Jiang, J. / Beardslee, P.C. / Anderson, H.R. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM104316 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2025
タイトル: ClpS Directs Degradation of N-Degron Substrates With Primary Destabilizing Residues in Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Presloid, C.J. / Jiang, J. / Kandel, P. / Anderson, H.R. / Beardslee, P.C. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.
履歴
登録2024年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
F: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
G: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,59011
ポリマ－36,3174
非ポリマー2737
水4,179232
1
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
F: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2665
ポリマ－18,1592
非ポリマー1073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area4750 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
G: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3256
ポリマ－18,1592
非ポリマー1664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.313, 52.600, 54.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS


分子量: 9079.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: clpS, MSMEG_4910 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0R1X7
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% PEG3350, 5 mM NiCl2 cryo: 0.1 M HEPES pH 7.5, 40% PEG3350, 5 mM MgCl2, 2.5 mM TrpSer peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→14.9 Å / Num. obs: 14280 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 393 / CC1/2: 0.882 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.449 / % possible all: 53.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→14.87 Å / SU ML: 0.1937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6807
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 658 4.63 %
Rwork0.1712 13551 -
obs0.1721 14209 92.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→14.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 7 232 1498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85421778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4195454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.880.29051000.24371855X-RAY DIFFRACTION65.17
1.88-2.070.29331190.20952850X-RAY DIFFRACTION98.61
2.07-2.370.24461460.18172886X-RAY DIFFRACTION99.9
2.37-2.980.21121250.17192928X-RAY DIFFRACTION99.9
2.98-14.870.13861680.15023032X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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