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万見
- PDB-9ayo: Mycolicibacterium smegmatis ClpS with bound PheAla and Ni2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ayo
タイトルMycolicibacterium smegmatis ClpS with bound PheAla and Ni2+
要素ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
キーワードPROTEIN BINDING / proteolysis / adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process / peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / NICKEL (II) ION / PHENYLALANINE / ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Presloid, C.J. / Jiang, J. / Beardslee, P.C. / Anderson, H.R. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM104316 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2025
タイトル: ClpS Directs Degradation of N-Degron Substrates With Primary Destabilizing Residues in Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Presloid, C.J. / Jiang, J. / Kandel, P. / Anderson, H.R. / Beardslee, P.C. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.
履歴
登録2024年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,89513
ポリマ－18,0442
非ポリマー85111
水2,918162
1
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3595
ポリマ－9,0221
非ポリマー3374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5368
ポリマ－9,0221
非ポリマー5137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.040, 52.510, 54.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS


分子量: 9022.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: clpS, MSMEG_4910 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0R1X7

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% PEG3350, 5 mM NiCl2 cryoprotected in 0.1 M HEPES pH 7.5, 40% PEG3350, 5 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→24.1 Å / Num. obs: 13620 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Num. unique obs: 304 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.259 / % possible all: 42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→24.05 Å / SU ML: 0.1823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 611 4.49 %
Rwork0.162 12982 -
obs0.1633 13593 89.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 7 162 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00261267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38621724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0458190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7123443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.930.24381180.19262695X-RAY DIFFRACTION75.64
1.93-2.20.2041380.15873506X-RAY DIFFRACTION97.07
2.2-2.780.21071810.1623409X-RAY DIFFRACTION94.9
2.78-24.050.16341740.15713372X-RAY DIFFRACTION89.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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