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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ayp | ||||||
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タイトル | Mycolicibacterium smegmatis ClpS with bound Co2+ | ||||||
![]() | ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / proteolysis / adaptor | ||||||
機能・相同性 | ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / protein catabolic process / peptidase activity / proteolysis / : / ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Presloid, C.J. / Jiang, J. / Beardslee, P.C. / Anderson, H.R. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ClpS Directs Degradation of N-Degron Substrates With Primary Destabilizing Residues in Mycolicibacterium smegmatis. 著者: Presloid, C.J. / Jiang, J. / Kandel, P. / Anderson, H.R. / Beardslee, P.C. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9022.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: clpS, MSMEG_4910 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% PEG3350, 5 mM NiCl2 cryo soak: 0.1 M HEPES pH 7.5, 40% PEG3350, 5 mM CoCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→30.44 Å / Num. obs: 18251 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 5.16 / Num. unique obs: 419 / CC1/2: 0.946 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.185 / % possible all: 81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→30.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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