PDB-9ayn: Mycolicibacterium smegmatis ClpS with bound Ni2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ayn

タイトル

Mycolicibacterium smegmatis ClpS with bound Ni2+

要素

ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

キーワード

PROTEIN BINDING / proteolysis / adaptor

機能・相同性

ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / protein catabolic process / peptidase activity / proteolysis / NICKEL (II) ION / ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Presloid, C.J. / Jiang, J. / Beardslee, P.C. / Anderson, H.R. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2025
タイトル: ClpS Directs Degradation of N-Degron Substrates With Primary Destabilizing Residues in Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Presloid, C.J. / Jiang, J. / Kandel, P. / Anderson, H.R. / Beardslee, P.C. / Swayne, T.M. / Schmitz, K.R.

履歴

登録	2024年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ayn.cif.gz	166 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ayn.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ayn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ayn_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ayn_full_validation.pdf.gz	418.7 KB	表示
XML形式データ	9ayn_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	9ayn_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ayn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ayn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ayoC 9aypC 9az5C 9b06C 9b10C 9b1pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

ヘテロ分子

18.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.493, 52.262, 54.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 分子量: 9022.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: clpS, MSMEG_4910 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0R1X7
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% PEG3350, 5 mM NiCl2 cryoprotected in 0.1 M HEPES pH 7.5, 40% PEG3350, 5 mM NiCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→27.32 Å / Num. obs: 87769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 60.3
反射シェル	解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 9.71 / Num. unique obs: 4327 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.327 / R_rim(I) all: 0.76 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.8.92	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.97→27.32 Å / SU ML: 0.0951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.8747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.139	4365	4.97 %
R_work	0.1185	83404	-
obs	0.1195	87769	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→27.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1238	0	6	384	1628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9764	1854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4347	504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.97-0.98	0.3089	152	0.285	2648	X-RAY DIFFRACTION	97.83
0.98-0.99	0.2422	135	0.247	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.9
0.99-1	0.2196	155	0.2187	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1-1.02	0.1851	147	0.1886	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.02-1.03	0.1795	143	0.1676	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.04	0.1641	143	0.1487	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.04-1.06	0.1462	143	0.1402	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.06-1.08	0.141	136	0.128	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.08-1.09	0.1318	149	0.1175	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.09-1.11	0.143	138	0.1149	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.11-1.13	0.133	154	0.1081	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.13-1.15	0.1283	148	0.1115	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.17	0.1538	154	0.1185	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.17-1.2	0.139	143	0.1216	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.1505	160	0.1175	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.25	0.1298	155	0.1139	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.25-1.28	0.1299	143	0.1127	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.32	0.1181	148	0.1081	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.1453	146	0.1114	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.4	0.1228	157	0.1127	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.45	0.1324	147	0.1194	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.51	0.1292	154	0.1097	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.51-1.58	0.1215	129	0.1079	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.66	0.1153	124	0.111	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.76	0.1136	162	0.1138	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.9	0.1322	144	0.1256	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-2.09	0.1415	116	0.1169	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.39	0.1313	151	0.1146	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.39-3.01	0.169	123	0.1158	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.01-27.32	0.1347	166	0.1107	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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