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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zkm | ||||||||||||
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タイトル | portal-tail of Vibrio cholerae typing phage release VP1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / phage / virus / vibrio cholera phage | ||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu, H.R. / Pang, H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Three-dimensional structures of Vibrio cholerae typing podophage VP1 in two states 著者: Liu, H.R. / Pang, H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zkm.cif.gz | 379.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zkm.ent.gz | 308.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zkm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zkm_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zkm_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8zkm_validation.xml.gz | 70.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zkm_validation.cif.gz | 104.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26311.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 23592.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) #3: タンパク質 | | 分子量: 58925.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) #4: タンパク質 | 分子量: 66026.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vibrio cholerae phage / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae phage (コレラ菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Vibrio cholerae |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1698 |
3次元再構成 | 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1698 / 対称性のタイプ: POINT |