PDB-8ysu: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysu

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with CTP

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.944 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysu.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysu.ent.gz	64.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ysu_validation.pdf.gz	996.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysu_full_validation.pdf.gz	999.1 KB	表示
XML形式データ	8ysu_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8ysu_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysmC 8ysnC 8ysoC 8ysqC 8ysrC 8yssC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.363, 111.506, 46.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.415, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 39217.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0, 30% w/v Polyethylene glycol 6,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 25742 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.424
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / Num. unique obs: 2511 / CC_1/2: 0.705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.944→23.881 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 4.742 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	1245	5.188 %
R_work	0.2021	23867	-
all	0.204	-	-
obs	-	25173	95.635 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0.269 Å²
2-	-	-0.032 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.053 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.944→23.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	60	244	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.654	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.314	1.593	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.034	22.134	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.941	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.682	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.207	2.604	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.193	2.603	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.412	3.893	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.413	3.895	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.024	3.058	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.887	2.944	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.909	4.517	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.908	4.524	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.356	31.154	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.335	31.037	3167

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.944-1.994	0.33	80	0.302	1444	X-RAY DIFFRACTION	78.3145
1.994-2.049	0.294	85	0.262	1603	X-RAY DIFFRACTION	89.1236
2.049-2.108	0.287	91	0.238	1592	X-RAY DIFFRACTION	93.552
2.108-2.172	0.314	105	0.235	1634	X-RAY DIFFRACTION	97.4776
2.172-2.243	0.257	92	0.218	1615	X-RAY DIFFRACTION	97.7663
2.243-2.321	0.266	89	0.211	1525	X-RAY DIFFRACTION	97.8182
2.321-2.409	0.238	80	0.204	1502	X-RAY DIFFRACTION	98.4443
2.409-2.506	0.293	74	0.197	1423	X-RAY DIFFRACTION	96.2701
2.506-2.617	0.248	81	0.192	1360	X-RAY DIFFRACTION	96.5818
2.617-2.743	0.216	87	0.171	1328	X-RAY DIFFRACTION	98.4006
2.743-2.891	0.219	63	0.185	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.0327
2.891-3.064	0.223	62	0.206	1207	X-RAY DIFFRACTION	99.2181
3.064-3.273	0.249	52	0.212	1156	X-RAY DIFFRACTION	99.0976
3.273-3.532	0.215	59	0.208	1077	X-RAY DIFFRACTION	99.214
3.532-3.864	0.226	43	0.184	975	X-RAY DIFFRACTION	98.7391
3.864-4.311	0.215	48	0.169	872	X-RAY DIFFRACTION	98.3957
4.311-4.961	0.223	35	0.181	780	X-RAY DIFFRACTION	97.3716
4.961-6.034	0.2	35	0.224	670	X-RAY DIFFRACTION	99.1561
6.034-8.366	0.217	29	0.194	521	X-RAY DIFFRACTION	99.278
8.366-23.881	0.161	16	0.166	313	X-RAY DIFFRACTION	96.4809

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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