PDB-8ysn: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysn

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB Ear-cut mutant

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysn.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysn.ent.gz	58.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ysn_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysn_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	8ysn_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	8ysn_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysmC 8ysoC 8ysqC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.344, 73.161, 101.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 37251.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Sodium fluoride, 20 % w/v PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→30 Å / Num. obs: 25160 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 27.311
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å / Num. unique obs: 2467 / CC_1/2: 0.904

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→22.206 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.75 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	1254	5.021 %
R_work	0.1785	23837	-
all	0.18	-	-
obs	-	25097	99.635 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.021 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.655 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.676 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→22.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2500	0	5	199	2704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.645	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.592	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.104	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.49	22.171	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.049	15	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.256	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.963	2.872	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.951	2.869	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.434	4.294	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.434	4.298	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.647	3.187	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.61	3.189	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.684	4.618	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.622	4.619	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.397	32.934	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.333	32.738	2900

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.062	0.275	100	0.243	1686	X-RAY DIFFRACTION	97.0125
2.062-2.118	0.3	90	0.214	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.18	0.284	68	0.194	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.246	0.248	61	0.195	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.246-2.32	0.249	89	0.193	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.9387
2.32-2.4	0.205	86	0.175	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.195	78	0.172	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.591	0.199	77	0.171	1386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.706	0.204	82	0.181	1331	X-RAY DIFFRACTION	99.9293
2.706-2.837	0.272	65	0.194	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.837-2.989	0.195	73	0.175	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.989-3.168	0.231	59	0.192	1163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.168-3.384	0.203	66	0.187	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.384-3.651	0.253	63	0.195	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.651-3.994	0.207	49	0.17	949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.994-4.455	0.146	50	0.135	877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.455-5.126	0.147	38	0.142	789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.126-6.232	0.188	24	0.187	678	X-RAY DIFFRACTION	100
6.232-8.63	0.132	25	0.161	544	X-RAY DIFFRACTION	100
8.63-22.206	0.141	17	0.17	333	X-RAY DIFFRACTION	95.1087

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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