PDB-8ysg: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysg

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with GTP

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.171 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysg.cif.gz	87.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysg.ent.gz	61.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ysg_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysg_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8ysg_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8ysg_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysmC 8ysnC 8ysoC 8ysqC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.033, 100.404, 46.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.621, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 39217.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 16522 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 47.211
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / Num. unique obs: 1572 / CC_1/2: 0.979

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.171→22.734 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 8.834 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	824	4.995 %
R_work	0.2417	15674	-
all	0.243	-	-
obs	-	16498	99.356 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.635 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.014 Å²	-0 Å²	-0.022 Å²
2-	-	-0.079 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.171→22.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2585	0	66	111	2762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.654	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.59	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.126	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.299	22.037	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.559	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.475	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.168	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.349	3.904	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.341	3.903	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.25	5.848	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.249	5.849	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.964	4.207	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.96	4.204	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.702	6.227	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.701	6.231	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.982	45.061	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.982	45.045	3127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.171-2.227	0.351	49	0.32	1108	X-RAY DIFFRACTION	97.0638
2.227-2.288	0.35	62	0.318	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.354	0.463	71	0.314	1107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.354-2.426	0.337	42	0.307	1058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.505	0.343	59	0.305	1039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.505-2.592	0.315	53	0.312	988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.592-2.689	0.31	48	0.292	984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.798	0.282	52	0.264	916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.798-2.921	0.272	39	0.263	921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.063	0.286	49	0.255	831	X-RAY DIFFRACTION	99.8865
3.063-3.226	0.371	40	0.261	824	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
3.226-3.42	0.228	41	0.248	763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.652	0.272	37	0.235	720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.652-3.94	0.228	44	0.214	682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.309	0.191	29	0.189	624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.309-4.805	0.172	28	0.166	565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.805-5.525	0.253	29	0.181	492	X-RAY DIFFRACTION	100
5.525-6.71	0.262	21	0.194	437	X-RAY DIFFRACTION	99.7821
6.71-9.26	0.181	20	0.176	333	X-RAY DIFFRACTION	98.3287
9.26-22.734	0.225	11	0.201	150	X-RAY DIFFRACTION	74.1936

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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