PDB-8ysq: Crystal structure of SAVED domain of Cap5 from Deinococcus wulumu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysq

タイトル

Crystal structure of SAVED domain of Cap5 from Deinococcus wulumuqiensis

要素

SAVED domain-containing protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CD-NTase-associated protein 5 / SAVED

機能・相同性

SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / SAVED domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysq.cif.gz	150.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysq.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysmC 8ysnC 8ysoC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAVED domain-containing protein

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.468, 43.126, 45.047
Angle α, β, γ (deg.)	77.745, 67.352, 74.926
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	SAVED domain-containing protein / CD-NTase-associated protein 5 分子量: 45310.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15715 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 13.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 28 % w/v PEG 2000 MME.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 23396 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.66 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 31.206
反射シェル	解像度: 1.76→1.83 Å / Num. unique obs: 2347 / CC_1/2: 0.992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→23.98 Å / SU ML: 0.2163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 23.1064
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	730	5 %
R_work	0.18	22202	-
obs	0.1823	23371	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→23.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	0	304	2354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	2107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7846	2864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3671	801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.84	0.3367	137	0.2157	2589	X-RAY DIFFRACTION	88.56
1.84-1.94	0.2781	149	0.2132	2850	X-RAY DIFFRACTION	98.07
1.94-2.06	0.2571	151	0.1898	2868	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.06-2.22	0.2094	152	0.1789	2874	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.22-2.44	0.2358	149	0.1826	2842	X-RAY DIFFRACTION	97.33
2.44-2.8	0.2558	146	0.1884	2782	X-RAY DIFFRACTION	95.75
2.8-3.52	0.2365	143	0.1761	2711	X-RAY DIFFRACTION	92.57
3.52-23.98	0.1715	142	0.1607	2686	X-RAY DIFFRACTION	92.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4885659017	0.542647957081	0.105041017087	1.06470659652	0.34541452381	0.864282203526	-0.439501372531	0.0826646126664	0.167981616917	-0.807175637211	-0.0260296025416	0.184601082627	-0.201887847141	0.249590316595	-0.439280355894	0.0228421570954	-0.0178528399497	0.088463111978	0.198901543609	0.0439393156849	0.0539864426479	5.28410376379	8.29042394101	-9.11851957903
2	0.0932266062817	0.0712347185841	0.0529741713373	0.856870047279	0.196101469406	0.286644106653	-0.262804427636	0.191590375896	0.18614072284	-0.955878673771	0.137652231394	-0.345135749906	-0.274207031887	0.1798989347	0.0574005079164	0.191568001707	-0.0493197376121	-0.02683593134	0.259877469041	0.0424432856665	0.102813052038	4.06998501584	11.2957790387	-10.4096196761
3	0.0570311456283	0.028771463116	0.0328357437157	0.0887607509762	0.0355074202059	0.0159845238282	-0.0719448360424	-0.0473564010891	0.0453603339077	0.0374640558239	0.0220198123601	-0.0678748717362	-0.108971169135	0.0679955912616	-0.0436647126813	0.0883724079183	-0.00719050733186	-0.0126209616717	0.137118854267	0.0046734223288	0.152778849415	7.54078811553	10.0970554495	5.55163070825
4	0.156883977086	0.14196584039	-0.0633668407952	0.0940453559398	-0.031673741729	0.483795665517	-0.0832434711512	-0.0265030107762	0.194980369216	-0.104150186548	-0.0894066322934	0.150449878984	-0.0827411158813	0.107510354145	-0.264632264933	0.116964424181	-0.00290425932036	-0.0495285457363	0.0955297001345	-0.0117642842843	0.196112687483	-2.81338892716	11.6159738822	-1.66482348016
5	0.0307312054237	0.039174978138	0.0166760607361	0.623779043245	-0.199001874571	0.0880799462117	-0.115767247201	0.0206257076491	0.214908648987	-0.65194212908	-0.00209238929954	0.190502731636	0.253473341508	-0.011863195708	-0.0597105960775	0.160479710648	-0.00632167092463	-0.0411082746511	0.126180156745	-0.0140152354343	0.12133330705	-2.80036923348	1.87867297322	-9.95779301326
6	0.39315941235	0.0737867083596	-0.00509061188276	0.195620597479	0.0894485349682	0.208280129351	-0.00358766994131	-0.171521403827	-0.307423956015	-0.13922633698	0.0311558610279	0.588784270459	0.141631871998	0.14968195968	-0.0295665493298	0.270269184066	-0.0296139348739	-0.0453869052395	0.0671214681206	-0.0336495245676	0.0264881120099	-7.03306867048	-12.6728378288	-2.24115257903
7	0.305311559282	0.413332871496	-0.00124273155602	0.990045109912	0.0995017561672	0.238418769621	0.00756636165923	-0.0806482503485	-0.0684031063926	-0.0555831295397	-0.0039667823157	0.183413262486	0.0894085493776	0.00887408049562	-0.00597905139516	0.0980425973591	0.0187011771278	-0.00480120258876	0.0957611237281	0.000878202142727	0.0863772629966	-4.17375092488	-11.9005368305	2.81077433894
8	0.0769063890388	0.0116018928915	0.0358125269832	0.225954946073	0.0408151533965	0.189399233811	0.00680488827241	-0.0864940805231	-0.0757902876104	-0.0189547753492	-0.0103059511837	0.387117881221	0.126984711167	0.119320769531	-0.0216558030347	0.115617349399	-0.00260520585476	0.0549790979649	0.094643972197	0.0138613264837	0.116471642206	-3.98125318853	-5.45177397023	7.93390991325
9	0.0431474849433	0.105762978609	0.0199043173849	0.368533859193	-0.250251903839	0.361572548495	-0.0239503607228	0.0697370611506	-0.181379647069	0.789762428075	-0.498800722316	0.0522223600491	-0.280321047515	0.437253120338	-0.201942121584	0.0826075008732	0.0157815529154	0.0643755749325	0.122040606277	-0.0750738367934	0.115303090418	2.93639296212	-3.38585293579	10.8435952865

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 141 through 161 )	141 - 161	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 192 )	162 - 192	22 - 52
3	3	chain 'A' and (resid 193 through 211 )	193 - 211	53 - 71
4	4	chain 'A' and (resid 212 through 241 )	212 - 241	72 - 101
5	5	chain 'A' and (resid 242 through 259 )	242 - 259	102 - 119
6	6	chain 'A' and (resid 260 through 287 )	260 - 287	120 - 147
7	7	chain 'A' and (resid 288 through 350 )	288 - 350	148 - 210
8	8	chain 'A' and (resid 351 through 374 )	351 - 374	211 - 234
9	9	chain 'A' and (resid 375 through 401 )	375 - 401	235 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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