PDB-8yso: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yso

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB Ear-cut mutant in complex with ATP

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yso.cif.gz	89.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yso.ent.gz	62.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yso_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yso_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8yso_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8yso_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8yso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8yso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysmC 8ysnC 8ysqC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.331, 72.832, 100.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase / DwCdnB 分子量: 37251.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Sodium fluoride, 23 % w/v PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 42038 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 47.067
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 3941 / CC_1/2: 0.917

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→23.973 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.798 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1994	2118	5.058 %
R_work	0.1709	39755	-
all	0.172	-	-
obs	-	41873	99.056 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.584 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.166 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→23.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2474	0	69	315	2858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	1.652	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.593	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.649	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.933	22.067	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.471	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.4	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.761	1.508	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.749	1.505	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.741	2.252	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.741	2.256	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	1.798	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.722	1.795	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.305	2.587	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.279	2.581	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.826	18.604	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.67	18.029	2977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.723	0.282	139	0.241	2657	X-RAY DIFFRACTION	90.8973
1.723-1.771	0.257	142	0.219	2754	X-RAY DIFFRACTION	97.3445
1.771-1.822	0.243	155	0.2	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.8631
1.822-1.878	0.217	143	0.182	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.9296
1.878-1.939	0.217	128	0.19	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-2.007	0.229	121	0.185	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.082	0.233	136	0.178	2440	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
2.082-2.167	0.194	134	0.162	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.167-2.262	0.214	148	0.167	2245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.372	0.17	114	0.15	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.5	0.187	117	0.153	2060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.65	0.179	96	0.161	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.831	0.192	105	0.174	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.056	0.183	82	0.164	1749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.056-3.344	0.202	72	0.166	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.344-3.733	0.18	90	0.169	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.733-4.3	0.164	70	0.142	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-5.239	0.199	58	0.152	1115	X-RAY DIFFRACTION	100
5.239-7.299	0.214	35	0.204	908	X-RAY DIFFRACTION	100
7.299-23.973	0.169	33	0.165	541	X-RAY DIFFRACTION	98.1197

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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