PDB-8ysm: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysm

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with CTP Mn

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysm.cif.gz	95 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysm.ent.gz	66.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ysm_validation.pdf.gz	821.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysm_full_validation.pdf.gz	825.6 KB	表示
XML形式データ	8ysm_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	8ysm_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yskC 8yslC 8ysnC 8ysoC 8ysqC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.401, 46.765, 64.182
Angle α, β, γ (deg.)	105.450, 103.349, 99.327
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 39217.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0, 30% w/v Polyethylene glycol 6,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 57942 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 40.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique obs: 5722 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→23.508 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.154 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	2791	4.842 %
R_work	0.1734	54845	-
all	0.174	-	-
obs	-	57636	96.001 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.015 Å²	-0.033 Å²	0.042 Å²
2-	-	-0.021 Å²	-0.152 Å²
3-	-	-	0.102 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	36	378	3061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.651	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.408	1.593	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.528	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.48	22.134	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.074	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.974	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.29	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.142	1.837	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.142	1.835	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.211	2.752	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.21	2.755	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.88	2.138	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.864	2.143	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.453	3.083	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.432	3.082	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.975	21.93	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.799	21.398	3103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.248	199	0.225	3742	X-RAY DIFFRACTION	88.4823
1.539-1.581	0.246	193	0.209	3902	X-RAY DIFFRACTION	95.2769
1.581-1.627	0.22	174	0.19	3884	X-RAY DIFFRACTION	96.619
1.627-1.677	0.211	210	0.18	3754	X-RAY DIFFRACTION	96.4712
1.677-1.732	0.216	173	0.184	3583	X-RAY DIFFRACTION	95.6699
1.732-1.792	0.215	186	0.183	3471	X-RAY DIFFRACTION	95.4083
1.792-1.86	0.209	178	0.176	3458	X-RAY DIFFRACTION	97.3233
1.86-1.935	0.183	204	0.177	3202	X-RAY DIFFRACTION	97.7893
1.935-2.021	0.225	140	0.181	3179	X-RAY DIFFRACTION	97.3599
2.021-2.119	0.2	145	0.182	3063	X-RAY DIFFRACTION	97.7751
2.119-2.233	0.191	147	0.165	2872	X-RAY DIFFRACTION	97.2616
2.233-2.368	0.179	144	0.156	2700	X-RAY DIFFRACTION	97.1975
2.368-2.53	0.18	144	0.157	2474	X-RAY DIFFRACTION	94.4444
2.53-2.731	0.196	106	0.161	2305	X-RAY DIFFRACTION	94.5861
2.731-2.989	0.204	103	0.163	2227	X-RAY DIFFRACTION	98.687
2.989-3.338	0.181	111	0.169	1987	X-RAY DIFFRACTION	98.5439
3.338-3.846	0.167	93	0.164	1761	X-RAY DIFFRACTION	98.1472
3.846-4.692	0.144	67	0.158	1454	X-RAY DIFFRACTION	95.6604
4.692-6.555	0.187	56	0.187	1170	X-RAY DIFFRACTION	97.9233
6.555-23.508	0.239	18	0.198	657	X-RAY DIFFRACTION	95.2045

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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