PDB-8ysk: Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ysk

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus wulumuqiensis CD-NTase DwCdnB in complex with UTP Mn

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.984 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into signaling promiscuity of the CBASS anti-phage defense system from a radiation-resistant bacterium.
著者: Yang, C.S. / Shie, M.Y. / Huang, S.W. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.

履歴

登録	2024年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ysk.cif.gz	89.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ysk.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ysk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ysk_validation.pdf.gz	759.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ysk_full_validation.pdf.gz	760.4 KB	表示
XML形式データ	8ysk_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8ysk_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/8ysk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yscC 8ysdC 8yseC 8ysgC 8ysiC 8ysjC 8yslC 8ysmC 8ysnC 8ysoC 8ysqC 8ysrC 8yssC 8ysuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.274, 46.091, 59.889
Angle α, β, γ (deg.)	101.137, 106.903, 95.429
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 39217.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: DVJ83_15700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345ILN6
#2: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP 分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M MOPS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.984→30 Å / Num. obs: 23181 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.984→2.06 Å / Num. unique obs: 2212 / CC_1/2: 0.965

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.984→23.245 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.869 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	1092	4.937 %
R_work	0.1667	21025	-
all	0.169	-	-
obs	-	22117	91.404 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.034 Å²	-0.262 Å²	0.263 Å²
2-	-	-0.418 Å²	-0.683 Å²
3-	-	-	0.481 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.984→23.245 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	31	194	2872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.651	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.291	1.593	5810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.738	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.805	22.134	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.019	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.098	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.416	2.923	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.415	2.922	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.505	4.371	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.504	4.373	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.053	3.287	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.052	3.288	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.739	4.784	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.737	4.784	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.116	33.215	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.074	33.095	3072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.984-2.036	0.261	72	0.181	1106	X-RAY DIFFRACTION	66.8559
2.036-2.091	0.238	58	0.181	1320	X-RAY DIFFRACTION	77.9853
2.091-2.152	0.211	68	0.182	1341	X-RAY DIFFRACTION	83.969
2.152-2.217	0.208	75	0.181	1402	X-RAY DIFFRACTION	88.4431
2.217-2.29	0.281	72	0.186	1380	X-RAY DIFFRACTION	93.3762
2.29-2.37	0.22	67	0.166	1427	X-RAY DIFFRACTION	96.0772
2.37-2.458	0.247	73	0.184	1298	X-RAY DIFFRACTION	94.617
2.458-2.558	0.214	63	0.173	1323	X-RAY DIFFRACTION	94.7368
2.558-2.671	0.209	64	0.165	1193	X-RAY DIFFRACTION	92.1554
2.671-2.8	0.223	63	0.166	1219	X-RAY DIFFRACTION	98.7673
2.8-2.95	0.229	56	0.166	1191	X-RAY DIFFRACTION	98.4992
2.95-3.127	0.265	64	0.17	1112	X-RAY DIFFRACTION	98.9899
3.127-3.341	0.216	48	0.163	1039	X-RAY DIFFRACTION	98.7284
3.341-3.605	0.178	52	0.161	960	X-RAY DIFFRACTION	98.1571
3.605-3.943	0.209	35	0.153	912	X-RAY DIFFRACTION	97.9317
3.943-4.399	0.172	39	0.144	793	X-RAY DIFFRACTION	96.8568
4.399-5.061	0.136	37	0.147	697	X-RAY DIFFRACTION	93.9821
5.061-6.155	0.234	41	0.197	578	X-RAY DIFFRACTION	99.3579
6.155-8.527	0.206	31	0.178	473	X-RAY DIFFRACTION	98.8235
8.527-23.245	0.15	14	0.162	261	X-RAY DIFFRACTION	92.5926

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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