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万見
- PDB-8xzv: Architecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xzv
タイトルArchitecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (Fructokinase-like ...) x 2
  • (Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE ...) x 4
  • (superoxide dismutase) x 2
  • MurE
  • Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic
  • pTAC18
  • pTAC3
  • pTAC6
キーワードTRANSCRIPTION / plastid-encoded RNA polymerase / chloroplast / spinach
機能・相同性
機能・相同性情報


etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / thylakoid membrane organization / chloroplast nucleoid / acid-amino acid ligase activity / chloroplast organization / chloroplast thylakoid ...etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / thylakoid membrane organization / chloroplast nucleoid / acid-amino acid ligase activity / chloroplast organization / chloroplast thylakoid / disulfide oxidoreductase activity / thylakoid / protein-lysine N-methyltransferase activity / biosynthetic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / protein-disulfide reductase activity / response to light stimulus / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / cell redox homeostasis / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / kinase activity / regulation of cell shape / methylation / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' ...Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Rubisco LSMT, substrate-binding domain / Rubisco LSMT, substrate-binding domain superfamily / : / Rubisco LSMT substrate-binding / MurE/MurF, N-terminal / : / SAP domain superfamily / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like / Thioredoxin / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / S1 domain profile. / RmlC-like cupin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / S1 domain / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7 / Uncharacterized protein LOC110792506 isoform X1 / superoxide dismutase / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2 / Uncharacterized protein LOC110798943 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Uncharacterized protein LOC110782000 ...: / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7 / Uncharacterized protein LOC110792506 isoform X1 / superoxide dismutase / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2 / Uncharacterized protein LOC110798943 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Uncharacterized protein LOC110782000 / superoxide dismutase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase MurE homolog, chloroplastic / Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wang, G.-L. / Yu, L.-J. / Lu, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0907600 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000444 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Architecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase.
著者: Tongtong Wang / Guang-Lei Wang / Ying Fang / Yi Zhang / Wenxin Peng / Yue Zhou / Aihong Zhang / Long-Jiang Yu / Congming Lu /
要旨: The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a ...The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a prokaryotic-like core enzyme known as the plastid-encoded RNA polymerase core, and is supplemented by newly evolved associated proteins known as PAPs. However, the architecture of the plastid-encoded RNA polymerase and the possible functions of PAPs remain unknown. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a 19-subunit plastid-encoded RNA polymerase complex derived from spinach (Spinacia oleracea). The structure shows that the plastid-encoded RNA polymerase core resembles bacterial RNA polymerase. Twelve PAPs and two additional proteins (FLN2 and pTAC18) bind at the periphery of the plastid-encoded RNA polymerase core, forming extensive interactions that may facilitate complex assembly and stability. PAPs may also protect the complex against oxidative damage and has potential functions in transcriptional regulation. This research offers a structural basis for future investigations into the functions and regulatory mechanisms governing the transcription of plastid genes.
履歴
登録2024年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
E: Fructokinase-like 1, chloroplastic
F: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic
G: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12
H: pTAC3
I: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2
K: pTAC6
L: superoxide dismutase
M: superoxide dismutase
N: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10
O: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
P: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7
Q: pTAC18
R: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic
S: Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2
J: MurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,112,54320
ポリマ－1,112,48719
非ポリマー561
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AOBCD

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 38571.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06505, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit beta


分子量: 121050.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P11703, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 78257.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P11705, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta'' / RNA polymerase subunit beta''


分子量: 154507.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P11704, DNA-directed RNA polymerase

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Fructokinase-like ... , 2種, 2分子 ES

#5: タンパク質 Fructokinase-like 1, chloroplastic / FLN1


分子量: 53566.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JBX6
#16: タンパク質 Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2


分子量: 65597.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0K4E6

-
タンパク質 , 7種, 8分子 FRHKLMQJ

#6: タンパク質 Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic


分子量: 20586.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J865
#8: タンパク質 pTAC3


分子量: 101669.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IP63
#10: タンパク質 pTAC6


分子量: 37791.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JNY3
#11: タンパク質 superoxide dismutase


分子量: 31983.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JVI6, superoxide dismutase
#12: タンパク質 superoxide dismutase


分子量: 31092.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0ISF0, superoxide dismutase
#15: タンパク質 pTAC18


分子量: 17109.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J252
#17: タンパク質 MurE


分子量: 85420.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JYS1

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Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE ... , 4種, 4分子 GINP

#7: タンパク質 Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / pTAC12


分子量: 59779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0K7U8
#9: タンパク質 Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2 / pTAC14


分子量: 56522.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IWV5
#13: タンパク質 Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10


分子量: 80482.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JF29
#14: タンパク質 Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7


分子量: 19339.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0I5M6

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非ポリマー , 1種, 1分子

#18: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: spinach plastid-encoded RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9, #17, #10-#16 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.960 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180924 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00360283
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72381662
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.67622342
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0458936
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00510667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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