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- EMDB-38799: Architecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38799
タイトルArchitecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase
マップデータ
試料
  • 複合体: spinach plastid-encoded RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 1種
キーワードplastid-encoded RNA polymerase / chloroplast / spinach / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / thylakoid membrane organization / chloroplast nucleoid / acid-amino acid ligase activity / chloroplast organization / chloroplast thylakoid ...etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / thylakoid membrane organization / chloroplast nucleoid / acid-amino acid ligase activity / chloroplast organization / chloroplast thylakoid / thylakoid / protein-lysine N-methyltransferase activity / biosynthetic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / protein-disulfide reductase activity / response to light stimulus / : / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / chloroplast / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / kinase activity / regulation of cell shape / methylation / protein dimerization activity / cell division / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' ...Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Rubisco LSMT, substrate-binding domain / Rubisco LSMT, substrate-binding domain superfamily / : / Rubisco LSMT substrate-binding / MurE/MurF, N-terminal / : / SAP domain superfamily / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like / Thioredoxin / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / S1 domain profile. / RmlC-like cupin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Thioredoxin domain profile. / S1 domain / Thioredoxin domain / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7 / Uncharacterized protein LOC110792506 isoform X1 / superoxide dismutase / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2 / Uncharacterized protein LOC110798943 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Uncharacterized protein LOC110782000 / superoxide dismutase ...Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7 / Uncharacterized protein LOC110792506 isoform X1 / superoxide dismutase / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2 / Uncharacterized protein LOC110798943 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Uncharacterized protein LOC110782000 / superoxide dismutase / Uncharacterized protein LOC110791626 / Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wang G-L / Yu L-J / Lu C
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0907600 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000444 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Architecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase.
著者: Tongtong Wang / Guang-Lei Wang / Ying Fang / Yi Zhang / Wenxin Peng / Yue Zhou / Aihong Zhang / Long-Jiang Yu / Congming Lu /
要旨: The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a ...The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a prokaryotic-like core enzyme known as the plastid-encoded RNA polymerase core, and is supplemented by newly evolved associated proteins known as PAPs. However, the architecture of the plastid-encoded RNA polymerase and the possible functions of PAPs remain unknown. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a 19-subunit plastid-encoded RNA polymerase complex derived from spinach (Spinacia oleracea). The structure shows that the plastid-encoded RNA polymerase core resembles bacterial RNA polymerase. Twelve PAPs and two additional proteins (FLN2 and pTAC18) bind at the periphery of the plastid-encoded RNA polymerase core, forming extensive interactions that may facilitate complex assembly and stability. PAPs may also protect the complex against oxidative damage and has potential functions in transcriptional regulation. This research offers a structural basis for future investigations into the functions and regulatory mechanisms governing the transcription of plastid genes.
履歴
登録2024年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38799.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-1.0508178 - 1.6966358
平均 (標準偏差)-0.0002616613 (±0.04288872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38799_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38799_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : spinach plastid-encoded RNA polymerase

全体名称: spinach plastid-encoded RNA polymerase
要素
  • 複合体: spinach plastid-encoded RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
    • タンパク質・ペプチド: Fructokinase-like 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12
    • タンパク質・ペプチド: pTAC3
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2
    • タンパク質・ペプチド: MurE
    • タンパク質・ペプチド: pTAC6
    • タンパク質・ペプチド: superoxide dismutase
    • タンパク質・ペプチド: superoxide dismutase
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7
    • タンパク質・ペプチド: pTAC18
    • タンパク質・ペプチド: Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2
  • リガンド: FE (III) ION

+
超分子 #1: spinach plastid-encoded RNA polymerase

超分子名称: spinach plastid-encoded RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9, #17, #10-#16
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 960 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 38.571656 KDa
配列文字列: MVREKIRVST QTLQWKCVES RTDSKCLHYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRAKSEKI PHEYSTILGI QESVHEILM NLKEIVLRSN LYGTCEASIC VRGPRGVTAQ DIILPPYVEI VDNTQHIASL TEPIDLCIGL QLERNRGYHI K APNNFQDG ...文字列:
MVREKIRVST QTLQWKCVES RTDSKCLHYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRAKSEKI PHEYSTILGI QESVHEILM NLKEIVLRSN LYGTCEASIC VRGPRGVTAQ DIILPPYVEI VDNTQHIASL TEPIDLCIGL QLERNRGYHI K APNNFQDG SFPIDALFMP VRNVNHSIHS YGNGNEKQEI LFLEIWTNGS LTPKEALYEA SRNLIDLLIP FLHAEENVNL ED NQHKVSL PLFTFHNRLA EIRKNKKKIA LKFIFIDQLE LPPRIYNCLK KSNIHTLLDL LNNSQEDLIK MKHFRIEDVK QIF GTLEKH FVIDLKNKR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 121.050531 KDa
配列文字列: MLRDGNEGMS TIPGFNQIQF EGFWRFIDQG LTEELSKFPK MEDTDQEIEF QLFVETYQLA EPLIKEKDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK TRREMQEQTI LIGNIPLMNS LGTFIVNGIY RIVINQILQS PGIYYRSELD HNGISVYTGT IISDWGGRSE L EIDRKARI ...文字列:
MLRDGNEGMS TIPGFNQIQF EGFWRFIDQG LTEELSKFPK MEDTDQEIEF QLFVETYQLA EPLIKEKDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK TRREMQEQTI LIGNIPLMNS LGTFIVNGIY RIVINQILQS PGIYYRSELD HNGISVYTGT IISDWGGRSE L EIDRKARI WARVSRKQKI SILVLSSAMG SNLREILDNV CYPEIFLSFL NDKEKKKIGS KENAILEFYQ QFACVGGDPV FS ESLCKDL QKKFFQQRCE LGRIGRRNMN RRLNLDIPEN NTFLLPRDIL AAADHLIGMK FGMGTLDDMN HLKHKRIRSV ADL LQDQFG LALVRLENVV RGTISGAIRH KLIPTPQNLV TSTPLTTTFE SFFGLHPLSQ VLDRTNPLTQ IVHGRKLSYL GPGG LTGRT ASFRIRDIHP SHYGRICPID TSEGINVGLI GSLAIHARIG PWGSLESPYY EISERSKRVQ MLYLSPSRDE YYMLA SGNS LALNQGIQEE QVVPARYRQE FLTIAWEQVH FRSIFSFQYF SIGASLIPFI EHNDANRALM SSNMQRQAVP LSQSEK CIV GTGLERQVAL DSGVLAIAEH EGKIIYTNTD KIVLLGNGNT VSIPLVMYQR SNKNTCMHQK PQIPRGKCVK KGQILAD GA ATVGGELALG KNVLVAYMPW EGYNFEDAVL ISERLVYEDI YTSFHIRKYE IQTYVTSQGP EKVTSEIPHL EAHLLRNL D KNGIVRLGSW VETGDILVGK LTPQMAKESS YAPEDRLLRA ILGIQVSTSK ETCLKLPIGG RGRVIDVRWI QKKGGSSYN PETIHVYISQ KREIKVGDKV AGRHGNKGII SRILLRQDMP YLQDGRPVDM IFNPLGVPSR MNVGQIFECS LGLAGSLLDR HYRIAPFDE RYEQEASRKL VFSELYEASK QTANPWVFEP EYPGKSRIFD GRTGDPFEQP VIIGNPYILK LIHQVDDKIH G RSSGHYAL VTQQPLRGRA KQGGQRVGEM EVWALEGFGV AHILQEMLTY KSDHIKARQE VLGTTIIGGT IPNPEDAPES FR LLVRELR SLALELNHFL VSERNFQINR MEA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 78.257242 KDa
配列文字列: MIDQYKHQQL RIGSVSPQQI SAWATKILPN GEIVGEVTKP YTFHYKTNKP EKDGLFCERI FGPIKSGICA CGNYRVIGDE KEDPKFCEQ CGVEFVDSRI RRYQMGYIKL ACPVTHVWYL KRLPSYIANF LDKPLKELEG LVYCDFSFAR PIAKKPTFLR L RGLFEYEI ...文字列:
MIDQYKHQQL RIGSVSPQQI SAWATKILPN GEIVGEVTKP YTFHYKTNKP EKDGLFCERI FGPIKSGICA CGNYRVIGDE KEDPKFCEQ CGVEFVDSRI RRYQMGYIKL ACPVTHVWYL KRLPSYIANF LDKPLKELEG LVYCDFSFAR PIAKKPTFLR L RGLFEYEI QSWKYSIPLF FTTQGFDTFR NREISTGAGA IREQLADLDL RTIIDYSFAE WKELGEEGST GNEWEDRKVG RR KDFLVRR MELVKHFIRT NIEPEWMVLC LLPVLPPELR PIIQIDGGKL MSSDINELYR RVIYRNNTLT DLLSTSRSTP GEL VMCQEK LVQEAVDTLL DNGIRGQPMR DGHNKVYKSF SDVIEGKEGR FRETLLGKRV DYSGRSVIVV GPSLSLHRCG LPRE IAIEL FQTFVIRGLI RQHLASNIGV AKRKIREKEP IVWKILQEVM QGHPVLLNRA PTLHRLGIQA FQPILVEGRA ICLHP LVCK GFNADFDGDQ MAVHVPLSLE AQAEARLLMF SHMNLLSPAI GDPISVPTQD MLIGLYILTS GNRRGICANR YNPWNH KTY QNERIDDTNY KSMKEPFFCN FYDAIGAYRQ KRIHLDSPLW LRWQLDQRII ASKEAPIEVH YESLGTYHEI YAHYLII RS VKKEIIDIYI RTTVGHISLY REIEEAIQGF YQACS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 154.507516 KDa
配列文字列: MAERANLVFH NKAIDGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QLKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYSTSE YLRQEMNPNF RMTDPYNPVH IMSFSGARGN VSQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN ...文字列:
MAERANLVFH NKAIDGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QLKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYSTSE YLRQEMNPNF RMTDPYNPVH IMSFSGARGN VSQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN LREGLSLTEY IISCYGARKG VVDTAVRTSD AGYLTRRLVE VVQHIVVRRR DCGTIRGISV SPQNSTMPER IL IQTLIGR VLADDIYMGS RCIATRNQDI GVGLVNRFIT LRTQLISIRT PFTCRSASWI CRLCYGRSPT HGGLVELGEA VGI IAGQSI GEPGTQLTLR TFHTGGVFTG GTAEHVRAPS NGKIQFNEDL VHPTRTRHGH PAFLCYIDLY VTIESDDILH NVNI PPKSF LLVQNDQYVE SEQVIAEIRA GTSTLNFKER VRKHIYSDSE GEMHWSTDVY HAPEFTYGNV HLLPKTSHLW VLSGK PYRS SVVPFSLSKD QDQMNTHSLS FEQIYISNPS VTNDQVKDKL SDSFSKKEDR ITDYSELNRI GHCNLIYPAK NLDLLA KKR RNRFIIPFQG SQERKKELMS LSGISIEIPI NGIFRKNSIF AYFDDPRYRR KSSGITKYGT IEMHSIVKKE DLIEYRG VK EFRPKYQMKV DRFFFIPEEV HILAGSSSIM VRNNSIIGVD TWITLNTRSR IGGVVRVERK KKKIELTIFS GDIHFPGE T DKISRHSGIL IPPSRKNSKD SKNLKKWIYV QRITPTKKKY FVLVRPVVPY EITDGINLAT LFPQDLLQER DNVQLRVVN YILYGNGKVT RGISDTSIQL VRTCLVLNWN QDKKGSSIEE ARGSFVEVRT NGMIQDFLKV NLVKPAISYI SKRNDPSSEK KEGSDHTNM NPFYSIYIYP KTKLQKSFNQ NQGTVRTLLG INKECQFFLI LSSSNCFRIG PFKGVKYPKE LIKKDPLIPI R NSFGPLGT ALQIANFFSF YYLITHNQIL VTNYLQLDNL KQTFQPFKFQ YYLMDENGRI YNPDPCSNII FNPFKLNWYF LH YHFCEET STKIDLGQFV CENVCITKKG THLKSGQVLI VQFDSVVIRS AKPYLATPGA TLHGHYGEII YEGDTLVTFI YEK SRSGDI TQGLPKVEQV LEVRSIDSIS INLEKRIDSW NERITRILGS PWGFLIGAEL TIAQSRISLV NKIQKVYRSQ GVQI HNRHI EIIVRQITSK VLVSEDGMSN VFLPGELIGL FRAERTGRAL EEAICYRATL LGITRASLNT QSFISEASFQ ETARV LAKA ALRGRIDWLK GLKENVVLGG MIPVGTGFKG FVHHSSQHKD IPLKTKKQNL FEGEMGDILF YHRELFESCL SKN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

+
分子 #5: Fructokinase-like 1, chloroplastic

分子名称: Fructokinase-like 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 53.566363 KDa
配列文字列: MAIHILSPIP SSLFLSPIPT PLFPPFSTST QIRASTNSNN GVQEPPKRRG RPKGSTKSNT PKTPKKLSGS SQNAEFENGS TLTWDELED FDDGMDFPYL DPPLICCFGA VQKEFVPSVR VSEHQMDPDI YSGWKMMQWN PPEFGRAPGG PVSNVAISHV R LGGRAAVI ...文字列:
MAIHILSPIP SSLFLSPIPT PLFPPFSTST QIRASTNSNN GVQEPPKRRG RPKGSTKSNT PKTPKKLSGS SQNAEFENGS TLTWDELED FDDGMDFPYL DPPLICCFGA VQKEFVPSVR VSEHQMDPDI YSGWKMMQWN PPEFGRAPGG PVSNVAISHV R LGGRAAVI GKVGEDDFGE ELVLMMNKEN VQTRAVKFDS NVKTACSYMR VKFSDDGKMK METVKEAAED SLVASELNLA VL KEARIFH FNSEVLTSPS MNTTLFRAIK LSKKFGGLVF FDLNLPLPLW KSRDETREVI KQAWEEANII EVSREELEFL LDE DHYERR KNYRPQYYSE NYEQSKNRRD YYHYTREEIS PLWHDGLKFL FVTDGTLRIH YYAPSFDGVV VGTEDVLITP FTCD RTGSG DAVVAGIMRK LTSHPEMYED QDVLERQLRF SIAAGIISQW TIGAVRGFPT ESATQNLKEQ VYVPSMW

UniProtKB: Fructokinase-like 1, chloroplastic

+
分子 #6: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic

分子名称: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.586947 KDa
配列文字列:
MQIPTAPRSI SSAASNLFLY FPPFHLNSSL IKPTTLNFPL NHNLPTSISI PTLIPTKKLL CKPPSAKHVR EDYLVKKLSA NEITELVRG ERNVPLIIDF YATWCGPCIL MAQELEMLAV EYEKNAMIVK VDTDDEYEFA RDMQVRGLPT LYFISPDPNK D AIRTEGLI PIQMMRDILD NDM

UniProtKB: Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic

+
分子 #7: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 59.779086 KDa
配列文字列: MANLSTNWVF QDRGLRCMIP CDGSFFKASS SNSMLLNRGR LCPLPARSRL HSIKCQQEEE AFEEVSVERA PYYSYKDSSS GRIEPASGA RASIPGQDYW PEGTADRVRA ARAPEPKGES TSDSSFGKRP GSRRKNYKGS VAVAVAGSQE LSPVLSDPEL T ETSDDIGE ...文字列:
MANLSTNWVF QDRGLRCMIP CDGSFFKASS SNSMLLNRGR LCPLPARSRL HSIKCQQEEE AFEEVSVERA PYYSYKDSSS GRIEPASGA RASIPGQDYW PEGTADRVRA ARAPEPKGES TSDSSFGKRP GSRRKNYKGS VAVAVAGSQE LSPVLSDPEL T ETSDDIGE DPIDSSEYVV YQADLESEEL SEYEKDKKFG RPHPFVDPKV KKPIEEPLTS EELWWNWRKP DKEQWSRWQR RK PDVETVF LKAMAETGQV KLYGEQPTLT ETSLYRARRH LFKEERLKAE QERLEKIGPM AFYSEWVKAW KGDTSREAIQ KHF EETGED ENTQLIEMLS HQTDREYRIM MGTDIRIRRD PLAMRMREDQ IKEIWGGDPV YPTINYIQDP DIVIDYRGPD FHEP TPNML AHLKEHGKII SREDLEKLLA KEKTEEHELA EVDDAMARAI DIGENEDEDE DSDSEGNDEA EEKINRNWSV HKSNP QLRK SKDKPKKKDS LSLDEAVDDS ENLTDFLLDF DEED

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12

+
分子 #8: pTAC3

分子名称: pTAC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 101.669648 KDa
配列文字列: MAHILSSKFL PFNPTLHPSP HFLSPPPLKP PNSVIVSAVS TTERKSRRRR QPKGDDTSVA GSSAAEKGLR LVFMEELMSK ARNRDAIGV SDVIYDMIVA GLTPGPRSYH GLVVAHVLNA DEEGAMKSLR RELSVGLVPL HETFVALVRL FGSKGRATRG L EILAAMEK ...文字列:
MAHILSSKFL PFNPTLHPSP HFLSPPPLKP PNSVIVSAVS TTERKSRRRR QPKGDDTSVA GSSAAEKGLR LVFMEELMSK ARNRDAIGV SDVIYDMIVA GLTPGPRSYH GLVVAHVLNA DEEGAMKSLR RELSVGLVPL HETFVALVRL FGSKGRATRG L EILAAMEK LNYDIRKAWL VLVEELVRSN HLEDANKVFL KGAKGGLRAT DEIYDLMIEE DCKSGDHSNA LTIAYEMEAA GR MATTFHF NCLLSVQANC GIPEVAFATF ENMEFGEDYM KPDTETYNWV IQAYTRAESY DRVQDVAELL GLMVEDHKRL QPN MRTHVL LVECFTKYCV IREAIRHFRA LKNFEGGTRL LHSQGNFGDP LSLYLRALCR EGRIEELLDA LETMAKDNQP IPPR AMILS RKYRTLISSW IEPLQEEAEL GYEVDYMARY ISEGGLTGER KRWVPRRGKT PLDPDVEGFI YSNPVETSFK QRCLE EWKI RHRKLLRHLR NEGPAVLGAN ASESDYIRVE ERLKKIIKGR EKNILKPKAA SKMVVSELKE ELEAQDLPID GTRNVL YQR VQKARRINIS RGRPLWVPPV LEEEEEVDEE LDELISRIKL EEGNTEFWKR RFLGERVIYD NMKPMDGQES EPEETMD DA DIVDDGTKEV EEDEADDEEE EAEVEVEVEQ TEGQEDLVDR VKDKEVEAKK PLQMIGVQLL KDGDQPTTSK KSRRRARR A AENDDDDDWF PLDLYEAFEE MRKRNIFDVE NMYTLADAWG WTWERELKNR PPRRWSQEWE VELAIKIMSK VIELGGIPT IGDCAIILRA AIKAPLPSAF LIILQTTHSL GYRFGSPLYD EIITLCLDLG ELDAAVAIVA DLETSGITVP DETLDKVIAA RQIFDSPAD EAS

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110792506 isoform X1

+
分子 #9: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 56.522461 KDa
配列文字列: MTSHSISMAS TILLHHSPHR FLSNFQLCSF NNGFPTARKP NSTVSTSENT LRPVKSLVET SSFPLFQEPQ IVETTSEMNL ADPDFYKIG YVRSFRAYGV EFREGPDGFG VFASKDIEPL RRARMIMEIP LELMLTISKR LPWMFFPDIV PVGHPIFDII N STDPKTDW ...文字列:
MTSHSISMAS TILLHHSPHR FLSNFQLCSF NNGFPTARKP NSTVSTSENT LRPVKSLVET SSFPLFQEPQ IVETTSEMNL ADPDFYKIG YVRSFRAYGV EFREGPDGFG VFASKDIEPL RRARMIMEIP LELMLTISKR LPWMFFPDIV PVGHPIFDII N STDPKTDW DLRLACLLLL AFDQEDNFWQ LYGDFLPSAD ECTSLLLATE EDLLELQDES LELTMREQQH RCLEFWEKNW HS AAPLKIK RLARDPKIFM WAASIAQTRC INMEMRIGAL IQDANVLVPY ADMLNHSFQP NCFFHWRFKD RMLEVMINPG SRI KKGEEM TVNYLSGQQN NIFMQRFGFS SAVNPWDAIC FSGDSRIHLD TFLSVFNITG LRQEYYYNSK SAKEGDSFVD GAVI AAART LPTWSDRDVP IIPSVERKAA KELQEQCHEI LAKYPTTAKQ DQQILDATED GRRTLEAAIK YRLHRKLFIG KVIDA LEIY QDRILF

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14 isoform X2

+
分子 #10: pTAC6

分子名称: pTAC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 37.791477 KDa
配列文字列: MTSTFLLLPT QLLPPKPPFL PFCTLSPPPT TTTTLSLLRP PPLFTSLKSR DFRVFSDDGD GDGEYEMDDE EAEEVDNKKD FDVEYEPLG VVSSAGMSAD EVIQVIQSKN FVSTQGWNSE LVVDYRINED EFHKICLFDC DFFIRKPPDP DNDVYDFREM Y VTPPDTDV ...文字列:
MTSTFLLLPT QLLPPKPPFL PFCTLSPPPT TTTTLSLLRP PPLFTSLKSR DFRVFSDDGD GDGEYEMDDE EAEEVDNKKD FDVEYEPLG VVSSAGMSAD EVIQVIQSKN FVSTQGWNSE LVVDYRINED EFHKICLFDC DFFIRKPPDP DNDVYDFREM Y VTPPDTDV YAIPKVLAPM PDKYIRCAKT DYGWYNVTEP PIDAPRDPMY KSEREVSKVF LTKHYRNRRL NDPEFVLDFE EI YVIDSRT KSVTRARVLV TVPEGRNRDR KGDLLVIRDN GNSFKITHAS KRDDPTTVIE REEWTRTRQD MERHLRKLRD FSI SNWI

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110782000

+
分子 #11: superoxide dismutase

分子名称: superoxide dismutase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 31.983906 KDa
配列文字列: MSAVAAPSAI SISSSFLTHP VMFAGFKGGL NSTRFSPWKL KETRVRRASA DVVTAKFDLN PPPYPIDALE PHMSKQTFEY HWGKHHRAY VDNLNKQIVG TELDGLPLEE VVRITYNKGD MLPAFNNAAQ AWNHEFFWES MKPGGGGKPS GELLAQIEKD F GSFEAFTT ...文字列:
MSAVAAPSAI SISSSFLTHP VMFAGFKGGL NSTRFSPWKL KETRVRRASA DVVTAKFDLN PPPYPIDALE PHMSKQTFEY HWGKHHRAY VDNLNKQIVG TELDGLPLEE VVRITYNKGD MLPAFNNAAQ AWNHEFFWES MKPGGGGKPS GELLAQIEKD F GSFEAFTT EFKTAAATQF GSGWAWLVYK ANKLDVGNAV NPKPSEDDKK LVVVKSPNAV NPLVWDYYPI LTVDVWEHAY YL DFQNRRP DYLSIFMENL VSWDAVNARY EAAKAFATER EEEAAQN

UniProtKB: superoxide dismutase

+
分子 #12: superoxide dismutase

分子名称: superoxide dismutase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 31.092381 KDa
配列文字列: MLLTSKGVGK SEMGSLTATN PVSSPLHANG LSSRIKCPTF FNQKRRDEGS KRRPGVVAYY GLKKPPYNLD ALEPYMSQKT LESHWGVQH RNYLEALNRH LSRSDTLYGH TMDELVKVTY NYGNPLPEFN DAAQVWNHDF FWESMQPGGG ESPTLGLLQQ I EKDFGSFP ...文字列:
MLLTSKGVGK SEMGSLTATN PVSSPLHANG LSSRIKCPTF FNQKRRDEGS KRRPGVVAYY GLKKPPYNLD ALEPYMSQKT LESHWGVQH RNYLEALNRH LSRSDTLYGH TMDELVKVTY NYGNPLPEFN DAAQVWNHDF FWESMQPGGG ESPTLGLLQQ I EKDFGSFP NFKEKFIEAA MTLFGSGWVW LVLKRKEKQL AVVKTSNAVT PILWDDIPII CLDLWEHAYY LDYKNDRAEY VN VFMNHLV SWHAATARLA RAQAFVNLGE PKIPVA

UniProtKB: superoxide dismutase

+
分子 #13: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 80.48282 KDa
配列文字列: MQILQTSHFL PLSLLPKTPL KPPIPIFHNP NFHPNFSLLS SSSSLLPIPP KSYASDEFPV DETFLEQFGP KDTETEEEAR KRNWVERGW APWEEILSPE ADFARKSLNE GEEVALKNPD TIEAFKMLKP SYRKKKMEEM GLTEDEYYAR QFDIKGEILD P LETYWDGP ...文字列:
MQILQTSHFL PLSLLPKTPL KPPIPIFHNP NFHPNFSLLS SSSSLLPIPP KSYASDEFPV DETFLEQFGP KDTETEEEAR KRNWVERGW APWEEILSPE ADFARKSLNE GEEVALKNPD TIEAFKMLKP SYRKKKMEEM GLTEDEYYAR QFDIKGEILD P LETYWDGP LVVRHVAPRD WPPPGWEVDR KELEFIREGH KMMAERVDMK ELDNVIREKE GMCMDRYKVF LKQYQEWVEF NK DKLEEES YEHDQDYHPG RRKRGKDYEE GMYELPFYYP GQICLGKVTT LHLYQGAFVD VGGVYEGWVP IKGNDWYWIR QHI KVGMHV MVEILAKRDP YRFRFPLELR FVDPNIDHLL FQRFEYPPIF HRDEDTNLDE LRRDCRRPPF PRKDPGVKVE EEPL LSDHP YVDKLWQINV AEQMILDDME ANPDKYKGKK LSELTDEEEF DEEHSVEYTK VQYKKSLLPK TILKTSVKEL DLESA FAER QLHNRLQKEA EERGEDYKVD KLRRNIEMDE YDFIHWRRSF EEREALLRDI SCRQALGLPL QEPGRYVDPS ILGKDQ YDP SHPLYRYDYW GEPKNSEKTK QERVTDAHNK SVVGKGNVWY EMSYEDAVEE MKYRESHPKD NTERETDEEA ESDDDDS DD DFDYSILSDL SADFASQPHV NGTESPSISD EGMFEE

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10

+
分子 #14: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.339039 KDa
配列文字列:
MSLSLSSLPF NSLLPLSSST KFEAGPIILR PLGFSIRSQA KPKSRSPVQN GRQVWRRRKL SKKDVFMEAK LERVPFLEEQ MRKVNEGGG VMAGDIDRLM KSEDNRFAFV NEIAAEATAY VNNNRDEYGH KKAIHHVLSN RMNDAGFARP EAYLETEPFS P GPTYLKEN FY

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7

+
分子 #15: pTAC18

分子名称: pTAC18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.109521 KDa
配列文字列:
MASVIWSPTF HSSVIRTNKS ELKRCDHNVS RSGCIKAMRI EKPLEELYKI RVERKVSPER LNELGVSRWT TWKTGKCRLP WDWHVDQLV YIEEGEVRVV PEGSKHYMSF KAGDLVRYPK WFEADLWFNA FYQERYSFRA YGDD

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110798943

+
分子 #16: Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2

分子名称: Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 65.597586 KDa
配列文字列: MASLSFTQFR SIPRWNYKAP VLATVEFMLV TDHRLQNRCV LSETSKKAIV ASVVQDEGPN EPEGTKKTRT RRTTTRGRKK ATTELQDGD SELTLSASAS EQEISDPEAS ISGSEKPKRR TRKKVLHTEM KLFSAVSAIS TEKVKTEKKP RGRKRKEETS K VDDDISET ...文字列:
MASLSFTQFR SIPRWNYKAP VLATVEFMLV TDHRLQNRCV LSETSKKAIV ASVVQDEGPN EPEGTKKTRT RRTTTRGRKK ATTELQDGD SELTLSASAS EQEISDPEAS ISGSEKPKRR TRKKVLHTEM KLFSAVSAIS TEKVKTEKKP RGRKRKEETS K VDDDISET EFINLEEVVY LADEENEDDN IDLNLEKCNG EDIDFTYGWP PLVCCFGAAQ HAFVPSGRPA NRLIDHQIHE AL KEALWAP DKFIRAPGGS AGGVAIALAS LGGRVAFMGK LGNDDYGQTM LYYLNVKSVQ TRSVCVDDKR WTAMSQMKIA KRG ALRATT VKPCAEDSLS KSEINIDVLK EAKMFYLNTS SLVDANMRKT TMRALKISKK LGSVIFYDLN LPLPLWKSGE ETKS LIQQV WSLADVIEVT KQELEFLCGM NPPEEFDTKK NQRFKFEHYE ADIIAPLWHE NLKVLFVTNG TSKIHYYTKE HNGAV LGVE DAPMSPFTQD MSASGDGLVA ALMRMLAVQP HLITDKEYLE RSVKYAINCG VIEQWIVTRQ QGYPPKVGIE EDEEET IPD PSGIRSTTER EFRTRMPVLC

UniProtKB: Fructokinase-like 2, chloroplastic isoform X2

+
分子 #17: MurE

分子名称: MurE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 85.420578 KDa
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MFLQPFLTLP STISSPTNSS SSSSSLHFTK PLFLRPSISL LRRKTPSAAG NYYPNPSDDD PPEAPEDSSH GVSKFGQIQR QAARARKLE EEDFEKNRSV FLDAIKDVED APENEDYSTG VSGSGDDLFG DIDKAIAQKR KEFVKKGLLK PNPPKSERVV E VADDELGQ EEVVDLEEID ELQGLRVVDV SEKEEEFDDD DIDVEVSELG KNGSSSSLFD ASFDIDFDSL GNNSSNKVRI VE PSFKMTL AELLDECKVV PISVYGDLEV EITGIEHDSR LVNSGDLFVC CVDGNLCLIE ADKRGAVAVV ASKEIDIEET LGC KALVIV EDTNAALPAL AAAFFRYPTK SMSVIGITGT HGKTTAAHLI KTMYEAMGLR TGMMSSVAYY VHGDNKLDFP EANP DAVLV QKLMAKMLHN GTEAVVMEAS SNELTHTRCE EIDFDIAVFT NLSRDNSHFQ GNEEEFRVAQ AKLFSRMVDP DRHRK IVNV DDPNAPFFIA QGNPNVPVLT FALENKDADV HPLKFELSLF ETTVLVNTPQ GILEISSGLL GRHNIYNILA AVTVGI AVG APLEDIVRGI EEVDAVPGRC EVIDEEQAFG VIVDHARTPD ALSRLLDSVR ELQPRRIITV IGSCGEKERG KRPMLAK VA TDKSDVTMLT SDNQGSEDPL DILDDMLAGI GWTMQDYLKH GENDYYPPLP NGHRLFLHDI RRVAVRCAVA MGEEGDMV V VAGKGHEAYQ VDGDKKEFFD DREECREALQ YVDELHQAGI DTSEFPWRLP ESH

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110791626

+
分子 #18: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8zgz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180924
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る