[日本語] English
万見
- PDB-8xlk: Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA rece... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xlk
タイトルStructure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
要素
  • (Glutamate receptor ionotropic, NMDA ...) x 3
  • (Heavy Chain of ...) x 3
  • (Light Chain of ...) x 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN / native NMDA receptor / adult rat cartex & hippocampus / GluN2A / GluN2B / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / receptor recycling / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / directional locomotion / pons maturation ...neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / receptor recycling / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / directional locomotion / pons maturation / response to environmental enrichment / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / sensitization / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / olfactory learning / conditioned taste aversion / dendritic branch / regulation of respiratory gaseous exchange / serotonin metabolic process / response to other organism / protein localization to postsynaptic membrane / regulation of ARF protein signal transduction / cellular response to magnesium ion / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / fear response / apical dendrite / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / suckling behavior / response to methylmercury / sleep / response to glycine / propylene metabolic process / response to manganese ion / response to carbohydrate / dendritic spine organization / locomotion / regulation of NMDA receptor activity / interleukin-1 receptor binding / cellular response to dsRNA / negative regulation of dendritic spine maintenance / cellular response to lipid / response to growth hormone / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / heterocyclic compound binding / NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of glutamate secretion / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to glycoside / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / response to morphine / glutamate receptor signaling pathway / calcium ion transmembrane import into cytosol / regulation of axonogenesis / neuromuscular process / regulation of dendrite morphogenesis / protein heterotetramerization / male mating behavior / glycine binding / regulation of synapse assembly / spinal cord development / response to amine / receptor clustering / parallel fiber to Purkinje cell synapse / small molecule binding / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cellular response to zinc ion / startle response / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / dopamine metabolic process / response to lithium ion / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to magnesium ion / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to light stimulus / regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of neuron apoptotic process / regulation of MAPK cascade / action potential / associative learning / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / monoatomic cation transport / conditioned place preference / excitatory synapse / social behavior / positive regulation of dendritic spine maintenance / response to electrical stimulus / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic ion channel complex
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7RC / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculoides (ネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang, M. / Feng, J. / Li, Y. / Zhu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Assembly and architecture of endogenous NMDA receptors in adult cerebral cortex and hippocampus.
著者: Ming Zhang / Juan Feng / Chun Xie / Nan Song / Chaozhi Jin / Jian Wang / Qun Zhao / Lihua Zhang / Boshuang Wang / Yidi Sun / Fei Guo / Yang Li / Shujia Zhu /
要旨: The cerebral cortex and hippocampus are crucial brain regions for learning and memory, which depend on activity-induced synaptic plasticity involving N-methyl-ᴅ-aspartate receptors (NMDARs). ...The cerebral cortex and hippocampus are crucial brain regions for learning and memory, which depend on activity-induced synaptic plasticity involving N-methyl-ᴅ-aspartate receptors (NMDARs). However, subunit assembly and molecular architecture of endogenous NMDARs (eNMDARs) in the brain remain elusive. Using conformation- and subunit-dependent antibodies, we purified eNMDARs from adult rat cerebral cortex and hippocampus. Three major subtypes of GluN1-N2A-N2B, GluN1-N2B, and GluN1-N2A eNMDARs were resolved by cryoelectron microscopy (cryo-EM) at the resolution up to 4.2 Å. The particle ratio of these three subtypes was 9:7:4, indicating that about half of GluN2A and GluN2B subunits are incorporated into the tri-heterotetramers. Structural analysis revealed the asymmetric architecture of the GluN1-N2A-N2B receptor throughout the extracellular to the transmembrane layers. Moreover, the conformational variations between GluN1-N2B and GluN1-N2A-N2B receptors revealed the distinct biophysical properties across different eNMDAR subtypes. Our findings imply the structural and functional complexity of eNMDARs and shed light on structure-based therapeutic design targeting these eNMDARs in vivo.
履歴
登録2023年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
C: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
E: Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11
F: Light Chain of GluN1 Fab, 4F11
G: Heavy Chain of GluN2A Fab, 28C
H: Light Chain of GluN2A Fab, 28C
I: Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11
J: Light Chain of GluN1 Fab, 4F11
K: Heavy Chain of GluN2B Fab2
L: Light Chain of GluN2B Fab2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)710,37437
ポリマ－703,84812
非ポリマー6,52625
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Glutamate receptor ionotropic, NMDA ... , 3種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 105645.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar / 参照: UniProt: P35439
#2: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / GluN2A / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2A / ...GluN2A / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2A / NMDAR2A / NR2A


分子量: 165666.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar / 参照: UniProt: Q00959
#3: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / NMDAR2B / NR2B


分子量: 166274.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar / 参照: UniProt: Q00960

-
抗体 , 5種, 7分子 EIFJGHL

#4: 抗体 Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11


分子量: 15536.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#5: 抗体 Light Chain of GluN1 Fab, 4F11


分子量: 13916.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: 抗体 Heavy Chain of GluN2A Fab, 28C


分子量: 24054.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculoides (ネズミ)
#7: 抗体 Light Chain of GluN2A Fab, 28C


分子量: 22412.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculoides (ネズミ)
#9: 抗体 Light Chain of GluN2B Fab2


分子量: 28581.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
Heavy Chain of ... / 非ポリマー , 2種, 3分子 K

#13: 化合物 ChemComp-7RC / (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid / (-)-CPP


分子量: 252.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17N2O5P
#8: タンパク質 Heavy Chain of GluN2B Fab2


分子量: 26659.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 3種, 23分子

#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: TISSUE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampusTISSUE#1-#90MULTIPLE SOURCES
2NMDA receptorCOMPLEX#1-#31NATURAL
3Fab 4F11COMPLEX#4-#56RECOMBINANT
4Fab 28CCOMPLEX#6-#76NATURAL
5Fab2COMPLEX#8-#96RECOMBINANT
6FabCOMPLEX#4-#91MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
36Mus musculoides (ネズミ)60742
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
25Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45676 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る