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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xch | ||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer-of-dimeric architecture (ddRTC) in pre-capping initiation. | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Replication-Transcription Complex / helicase / RNA unwinding / cryo-EM | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins ...viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / viral protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yan, L. / Lou, Z. | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2025タイトル: Structural basis for the concurrence of template recycling and RNA capping in SARS-CoV-2. 著者: Liming Yan / Yucen Huang / Yixiao Liu / Ji Ge / Shan Gao / Liping Tan / Lu Liu / Zhenyu Liu / Sihan Ye / Junbo Wang / Jiangran Xiong / Yu Zhou / Hesheng Zhao / Xiaoyue Zhao / Luke W Guddat / ...著者: Liming Yan / Yucen Huang / Yixiao Liu / Ji Ge / Shan Gao / Liping Tan / Lu Liu / Zhenyu Liu / Sihan Ye / Junbo Wang / Jiangran Xiong / Yu Zhou / Hesheng Zhao / Xiaoyue Zhao / Luke W Guddat / Yan Gao / Lan Zhu / Zihe Rao / Zhiyong Lou / ![]() 要旨: In the SARS-CoV-2 replication-transcription complex (RTC), the nascent template-product duplex is unwound into a template strand for recycling and a product strand that needs to be capped. Here, we ...In the SARS-CoV-2 replication-transcription complex (RTC), the nascent template-product duplex is unwound into a template strand for recycling and a product strand that needs to be capped. Here, we determined structures of the SARS-CoV-2 RTC in the pre- and post-capping initiation (CI) states. In the pre-CI state, the RTC has a dimer-of-dimeric architecture (ddRTC). The upstream RNA duplex in one RTC is reciprocally unwound by a helicase in a head-to-head-positioned RTC in the 3'-5' direction. The helicases bind either ADP or ADP⋅P in their ATP-binding pockets, suggesting a mechanism for ATP-hydrolysis-driven unwinding. In the post-CI state, the binding of nsp9 to the nsp12 nidovirus RdRp-associated nucleotidyltransferase (NiRAN) disrupts the ddRTC. The N terminus of nsp9 and the triphosphorylated 5' end of the product strand co-localize in NiRAN's catalytic site, exhibiting the state prior to nsp9 RNAylation for capping. These results provide an insight into the concurrence of template recycling and RNA capping in the SARS-CoV-2 RTC. | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8xch.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8xch.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8xch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8xch_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8xch_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 8xch_validation.xml.gz | 283.5 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8xch_validation.cif.gz | 456.6 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xch | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 38243MC ![]() 9imkC ![]() 9immC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 12分子 AIQYEFMNUVcd
| #1: タンパク質 | 分子量: 108162.461 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4393-5324 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #4: タンパク質 | 分子量: 66930.531 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 5325-5925 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
|---|
-Non-structural protein ... , 2種, 12分子 BDJLRTZbCKSa
| #2: タンパク質 | 分子量: 21903.047 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 3943-4140 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 9248.804 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3860-3942 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
|---|
-RNA鎖 , 2種, 8分子 GOWeHPXf
| #5: RNA鎖 | 分子量: 12688.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #6: RNA鎖 | 分子量: 12316.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 37分子 






| #7: 化合物 | ChemComp-ZN / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-PO4 / | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: E-RCT tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
|---|---|
| 分子量 | 実験値: NO |
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
| 緩衝液 | pH: 7 |
| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
| 急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
| 撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
| EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213540 / クラス平均像の数: 155382 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | 最高解像度: 3.4 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について






中国, 3件
引用









PDBj







































FIELD EMISSION GUN