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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wyx | ||||||
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タイトル | Partially closed falcilysin, from free falcilysin dataset | ||||||
![]() | Falcilysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / falcilysin partially closed conformation | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin catabolic process / apicoplast / food vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / vacuolar membrane / protein processing / metalloendopeptidase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Lin, J.Q. / Yan, X.F. / Lescar, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Partially closed falcilysin, from free falcilysin dataset 著者: Lin, J.Q. / Yan, X.F. / Lescar, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37940MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 132220.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: FLN / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Falcilysin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50355 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 交差検証法: NONE |