[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルInhibition of falcilysin from Plasmodium falciparum by interference with its closed-to-open dynamic transition.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 7, Issue 1, Page 1070, Year 2024
掲載日2024年8月31日
著者Jianqing Lin / Xinfu Yan / Zara Chung / Chong Wai Liew / Abbas El Sahili / Evgeniya V Pechnikova / Peter R Preiser / Zbynek Bozdech / Yong-Gui Gao / Julien Lescar /
PubMed 要旨In the absence of an efficacious vaccine, chemotherapy remains crucial to prevent and treat malaria. Given its key role in haemoglobin degradation, falcilysin constitutes an attractive target. Here, ...In the absence of an efficacious vaccine, chemotherapy remains crucial to prevent and treat malaria. Given its key role in haemoglobin degradation, falcilysin constitutes an attractive target. Here, we reveal the mechanism of enzymatic inhibition of falcilysin by MK-4815, an investigational new drug with potent antimalarial activity. Using X-ray crystallography, we determine two binary complexes of falcilysin in a closed state, bound with peptide substrates from the haemoglobin α and β chains respectively. An antiparallel β-sheet is formed between the substrate and enzyme, accounting for sequence-independent recognition at positions P2 and P1. In contrast, numerous contacts favor tyrosine and phenylalanine at the P1' position of the substrate. Cryo-EM studies reveal a majority of unbound falcilysin molecules adopting an open conformation. Addition of MK-4815 shifts about two-thirds of falcilysin molecules to a closed state. These structures give atomic level pictures of the proteolytic cycle, in which falcilysin interconverts between a closed state conducive to proteolysis, and an open conformation amenable to substrate diffusion and products release. MK-4815 and quinolines bind to an allosteric pocket next to a hinge region of falcilysin and hinders this dynamic transition. These data should inform the design of potent inhibitors of falcilysin to combat malaria.
リンクCommun Biol / PubMed:39217277 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.86 - 3.5 Å
構造データ

37938

8wyt

EMDB-37938, PDB-8wyt:
Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

37939

8wyu

EMDB-37939, PDB-8wyu:
Open Falcilysin, from MK-4815-treated dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

37940

8wyx

EMDB-37940, PDB-8wyx:
Partially closed falcilysin, from free falcilysin dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

37941

8wyy

EMDB-37941, PDB-8wyy:
Open falcilysin, from free falcilysin dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-8wxw:
Falcilysin in complex with hemoglobin alpha chain peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-8wxz:
Falcilysin in complex with hemoglobin beta chain peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID / 酢酸

ChemComp-H8F:
2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol

由来
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / falcilysin-substrate complex / inactive mutant / falcilysin partially closed conformation / MK-4815 binding / falcilysin open conformation

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る