PDB-8wyt: Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wyt

タイトル

Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset

要素

Falcilysin

キーワード

HYDROLASE / falcilysin partially closed conformation / MK-4815 binding

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin catabolic process / apicoplast / food vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / vacuolar membrane / protein processing / metalloendopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lin, J.Q. / Yan, X.F. / Lescar, J.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Partially closed Falcilysin bound to MK-4815, from MK-4815-treated dataset
著者: Lin, J.Q. / Yan, X.F. / Lescar, J.

履歴

登録	2023年10月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wyt.cif.gz	251.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wyt.ent.gz	178.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wyt_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wyt_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8wyt_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	8wyt_validation.cif.gz	58 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/8wyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/8wyt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	37938MC 8wyy M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (5) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Falcilysin

ヘテロ分子

135 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

#1: タンパク質	Falcilysin 分子量: 135039.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: FLN, PF3D7_1360800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q76NL8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-H8F / 2-(aminomethyl)-3,5-ditert-butyl-phenol 分子量: 235.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Falcilysin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5
試料	濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98298 / 対称性のタイプ: POINT
精密化	交差検証法: NONE

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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