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- PDB-8wbs: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L]-D48N... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wbs | ||||||
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Title | Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L]-D48N complexed with sulfate ions | ||||||
![]() | (S)-2-haloacid dehalogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid | ||||||
Function / homology | (S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity / L-2-Haloacid dehalogenase / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / metal ion binding / (S)-2-haloacid dehalogenase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid. Authors: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 385.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 316.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 489.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 52.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8wbkC ![]() 8wblC ![]() 8wbmC ![]() 8wbnC ![]() 8wboC ![]() 8wbpC ![]() 8wbqC ![]() 8wbrC ![]() 8wbtC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ( Mass: 27410.104 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D48N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→119.85 Å / Num. obs: 73725 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 984724 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.08 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Num. measured all: 65329 / Num. unique obs: 5375 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 1.473 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03→76.599 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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