PDB-8wbt: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L] muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbt

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L] mutant D48N complexed with L-TA

要素

(S)-2-haloacid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella sp. BK-58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbt.cif.gz	399.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbt.ent.gz	327.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8wbkC 8wblC 8wbmC 8wbnC 8wboC 8wbpC 8wbqC 8wbrC 8wbsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (S)-2-haloacid dehalogenase

B: (S)-2-haloacid dehalogenase

C: (S)-2-haloacid dehalogenase

D: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: (S)-2-haloacid dehalogenase

B: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: (S)-2-haloacid dehalogenase

D: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.620, 93.150, 101.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-405- HOH

#1: タンパク質	(S)-2-haloacid dehalogenase 分子量: 27410.104 Da / 分子数: 4 / 変異: D48N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella sp. BK-58 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8PFD2
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate dibasic, pH7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30.29 Å / Num. obs: 71832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 476882
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.954 / Num. measured all: 33476 / Num. unique obs: 5212 / CC_1/2: 0.714 / R_pim(I) all: 0.404 / R_rim(I) all: 1.038 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	v1.21	精密化
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→30.29 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	3635	5.07 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1703	71767	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7452	0	72	604	8128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.841	10440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.357	4991
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1143
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.077	0.2659	159	0.2327	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.077-2.1054	0.2782	144	0.2231	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1355	0.2542	131	0.2117	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1355-2.1674	0.2856	140	0.2097	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2012	0.246	152	0.2096	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2012-2.2373	0.2244	132	0.2021	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2373-2.2759	0.2501	141	0.1998	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2759-2.3172	0.2305	158	0.19	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3172-2.3618	0.2305	138	0.1819	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3618-2.41	0.2232	146	0.1867	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.4623	0.2387	137	0.1855	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4623-2.5196	0.2144	154	0.1796	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.5826	0.2312	120	0.176	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5826-2.6524	0.2303	138	0.1676	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6524-2.7304	0.2264	126	0.1746	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7304-2.8184	0.2217	136	0.1681	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8184-2.9191	0.2104	152	0.1704	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9191-3.0359	0.2065	124	0.1609	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0359-3.1739	0.1898	162	0.157	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1739-3.341	0.1923	151	0.1648	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.341-3.55	0.1996	120	0.1593	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.8237	0.1711	125	0.152	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8237-4.2075	0.1778	125	0.1441	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2075-4.8143	0.1666	136	0.1331	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8143-6.0575	0.2063	146	0.1731	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0575-30.29	0.204	142	0.1721	2808	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2623	0.7181	0.9244	4.6578	1.4864	5.7342	0.0332	-0.2953	-0.004	0.476	-0.2489	0.111	0.1604	-0.2132	0.2135	0.1112	0.0325	0.022	0.1064	0.039	0.1308	8.439	34.823	5.515
2	7.9568	-4.6566	-5.4995	7.3985	5.2813	8.358	0.193	0.2711	-0.4381	-1.0779	-0.2964	-0.0507	-0.1608	-0.2431	0.1648	0.3094	0.0165	-0.0246	0.2052	0.0372	0.253	8.508	14.072	-14.657
3	4.6935	2.4402	2.7368	7.6679	1.5748	3.0135	0.052	-0.5187	0.2283	0.5774	-0.3776	0.8055	-0.2148	-1.6783	0.2134	0.245	-0.0171	0.0559	0.3674	-0.0474	0.4215	2.58	12.629	0.673
4	0.8876	-0.1904	-0.4012	3.7749	2.7394	2.1193	0.0987	-0.2946	-0.1235	1.1808	-0.2868	0.1927	1.0673	-0.392	0.1716	0.4893	-0.0433	0.0418	0.2969	0.0319	0.3539	8.638	8.774	5.05
5	0.6236	-0.0319	0.0526	1.5578	0.3049	0.779	-0.0191	-0.0092	-0.0478	0.0595	0.0413	0.0396	0.1075	0.0003	-0.014	0.1667	0.009	0.0041	0.1741	0.0065	0.2041	12.98	25.475	2.671
6	2.4684	0.5714	1.2286	1.8612	2.352	5.924	-0.0486	-0.1785	0.0798	0.1367	-0.0423	0.2052	0.0703	-0.261	0.1055	0.1315	0.0084	0.04	0.133	0.0197	0.1853	-1.025	33.508	5.637
7	1.6169	-2.0329	0.7085	5.009	0.422	4.135	-0.0075	0.0707	0.0668	-0.3535	-0.1564	-0.1241	-0.3231	-0.0569	0.1008	0.1279	0.005	0.0168	0.1778	0.017	0.1934	4.625	42.301	0.222
8	2.8906	2.5251	1.9491	4.6777	2.2709	2.5404	-0.0212	0.0788	0.0053	-0.0751	0.0427	0.0528	-0.0564	0.136	0.0216	0.1665	0.0138	-0.0072	0.1835	0.0279	0.171	33.849	30.134	9.736
9	6.1307	-2.685	-2.5242	3.8052	4.5813	5.6823	0.2668	-0.693	0.677	-0.1519	-0.0763	-0.3632	-1.4316	0.145	-0.106	0.6107	-0.0389	-0.0163	0.3614	-0.0537	0.4113	35.609	53.599	23.446
10	7.2066	5.3489	-3.0656	4.6565	-4.0002	5.1362	-0.1441	-0.7931	-0.3748	0.6026	-0.4548	-1.0098	0.0807	0.2508	0.568	0.6248	0.0028	-0.1026	0.4598	0.0127	0.3548	35.033	38.631	30.083
11	2.3808	1.7621	-0.2886	7.0493	-0.5842	0.5593	0.1995	-0.6998	0.0751	1.1421	-0.4266	0.167	0.3329	-0.2212	0.24	0.7718	-0.0474	0.0511	0.5023	-0.0748	0.2799	26.85	37.662	32.272
12	5.4234	1.9711	2.0011	4.5196	3.7008	5.9749	0.1317	-0.42	1.1049	0.8348	-0.6043	0.4776	-0.4891	-0.3137	0.4286	0.6132	-0.0522	0.0239	0.2568	-0.0576	0.4884	28.515	50.395	28.997
13	2.3232	0.7346	-0.0177	1.6902	-0.1104	2.0875	-0.0488	-0.0309	0.0095	0.0532	-0.0203	-0.0265	-0.0799	-0.041	0.0597	0.1223	0.0319	-0.0052	0.1203	0.0051	0.1555	28.236	31.169	11.242
14	3.9252	1.8747	0.4891	5.7883	0.9254	1.9051	-0.0148	-0.0789	-0.2507	0.2353	0.098	-0.3498	-0.016	0.1252	-0.0965	0.128	0.0402	-0.0141	0.1755	0.0184	0.1879	39.389	26.238	13.739
15	2.5676	-3.1853	-2.3429	8.0582	1.8109	3.696	-0.0833	0.0102	0.1872	0.3595	0.1215	-0.3232	0.0058	0.3513	-0.0343	0.1748	-0.0124	-0.0062	0.2382	0.0384	0.3044	47.862	27.171	12.196
16	6.7815	-0.5484	-2.6881	8.7804	3.8892	2.6558	0.0112	0.6382	0.0485	-0.4563	-0.0244	-0.4133	-0.0309	0.8437	0.0963	0.2325	-0.0065	0.0505	0.2776	-0.0045	0.1962	41.17	30.145	-0.565
17	3.0978	0.7904	3.8786	3.9164	-1.3481	6.4335	0.1643	0.3246	0.4546	-0.0443	-0.1234	-0.2183	-0.0931	-0.1686	-0.0717	0.2384	0.0082	0.0517	0.2438	-0.0487	0.1991	37.465	-8.018	22.437
18	5.9439	5.654	-4.8132	8.7356	-3.5233	5.2939	0.0337	0.0559	-0.3492	0.2547	0.1794	0.6309	-0.1494	-0.4149	-0.1825	0.284	0.1103	-0.0044	0.5362	-0.0217	0.3663	10.757	-4.436	23.998
19	5.6313	5.4708	7.0002	7.2206	5.8461	8.9592	-0.4462	0.5433	0.6437	0.017	0.4672	-0.3627	-0.7475	0.549	-0.0559	0.4216	0.0914	0.0016	0.5321	-0.0654	0.5698	22.535	7.215	28.522
20	8.4744	-0.6509	3.9206	2.7684	1.6402	7.3481	-0.7967	-1.3928	1.0489	0.385	0.4508	-0.1093	-0.2709	-0.1572	0.3409	0.4592	0.1788	0.043	0.6947	-0.2229	0.5174	22.052	5.776	36.715
21	2.9849	-0.702	0.0804	2.0403	0.8115	1.5626	-0.4198	-0.8249	0.0111	0.3836	0.2236	0.5514	-0.0116	-0.1273	0.2043	0.3202	0.1253	0.0699	0.5629	-0.0041	0.3942	14.348	-3.075	31.224
22	1.9821	-0.1561	-0.3763	2.6091	-0.0026	3.4987	-0.0498	-0.3757	0.1651	0.2255	0.1158	0.0224	-0.2399	-0.0231	-0.0598	0.2158	0.0356	0.0079	0.2621	-0.0269	0.1732	38.999	-8.197	27.679
23	8.331	1.8415	1.8739	3.2516	-0.5081	4.9671	-0.235	0.0084	0.7022	-0.1965	0.1027	0.1095	-0.6384	-0.3002	0.1703	0.3306	0.0583	0.0289	0.171	-0.0577	0.2487	36.729	1.271	14.944
24	7.6684	-4.5201	-0.0428	2.8292	-0.5583	3.0046	-0.0777	-0.0961	-0.2147	-0.3924	-0.0732	0.2757	0.0746	-0.1588	0.1229	0.2061	-0.0129	0.0121	0.2049	-0.0383	0.1588	40.135	-13.429	11.855
25	8.397	-2.6507	0.0666	6.2968	0.6216	4.4236	0.1365	-0.1353	-0.177	0.2954	0.0225	-1.3355	0.5361	1.1535	-0.1957	0.5977	0.1208	-0.0496	0.6843	0.0802	0.5069	52.64	-27.73	41.567
26	7.6426	-3.2549	0.4954	7.0657	0.0437	7.3764	0.0134	-1.0717	0.6153	1.4566	0.0234	-1.3171	-0.4591	1.4648	-0.1417	0.9236	-0.2149	-0.2751	1.1815	0.0272	0.7434	59.683	-16.064	48.74
27	3.6403	-2.0996	1.3031	4.1495	2.0467	3.1622	0.2123	0.4725	0.6119	-0.0897	-0.6125	-2.5098	0.0716	2.2669	-0.0444	0.5954	0.2365	-0.0188	1.4897	0.3846	1.3432	65.693	-22.033	38.852
28	2.0583	0.5164	-0.2313	2.5361	-1.0454	3.8105	0.0414	-0.5671	-0.1325	0.6072	-0.0878	0.0032	0.1001	0.0859	0.0296	0.4693	0.0304	0.0234	0.4713	0.0194	0.2048	38.022	-22.04	46.627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 40:55 )	A	40 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 56:76 )	A	56 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 77:96 )	A	77 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 97:119 )	A	97 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 120:208 )	A	120 - 208
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 209:258 )	A	209 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 259:276 )	A	259 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 41:55 )	B	41 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 56:76 )	B	56 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 77:96 )	B	77 - 96
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 97:119 )	B	97 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 120:139 )	B	120 - 139
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 140:208 )	B	140 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 209:248 )	B	209 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 249:264 )	B	249 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 265:275 )	B	265 - 275
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 41:55 )	C	41 - 55
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 56:76 )	C	56 - 76
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 77:97 )	C	77 - 97
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 98:119 )	C	98 - 119
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 120:144 )	C	120 - 144
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 145:221 )	C	145 - 221
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 222:258 )	C	222 - 258
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 259:277 )	C	259 - 277
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 41:76 )	D	41 - 76
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 77:119 )	D	77 - 119
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 120:139 )	D	120 - 139
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 140:275 )	D	140 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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