PDB-8wbk: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L]

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbk

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L]

要素

Epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / L-2-Haloacid dehalogenase / : / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbk.cif.gz	205 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbk.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wbk_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wbk_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	8wbk_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	8wbk_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wblC 8wbmC 8wbnC 8wboC 8wbpC 8wbqC 8wbrC 8wbsC 8wbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epoxide hydrolase

B: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.130, 55.620, 64.200
Angle α, β, γ (deg.)	67.34, 75.80, 75.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Epoxide hydrolase 分子量: 29351.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: eph / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1KLR5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 2.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→58.4 Å / Num. obs: 26753 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 52583
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Num. measured all: 3972 / Num. unique obs: 2005 / CC_1/2: 0.964 / R_pim(I) all: 0.165 / R_rim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→34.46 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	1999	7.49 %
R_work	0.2052	-	-
obs	0.2092	26685	95.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	5	154	3881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.845	5206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.736	534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.136	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.3285	145	0.2483	1792	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.26	0.4377	141	0.3843	1747	X-RAY DIFFRACTION	95
2.26-2.33	0.3917	141	0.331	1728	X-RAY DIFFRACTION	93
2.33-2.4	0.2557	144	0.2191	1782	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4-2.49	0.2454	146	0.2151	1801	X-RAY DIFFRACTION	97
2.49-2.59	0.3185	143	0.2219	1766	X-RAY DIFFRACTION	95
2.59-2.71	0.2943	142	0.212	1751	X-RAY DIFFRACTION	96
2.71-2.85	0.2444	145	0.2132	1794	X-RAY DIFFRACTION	97
2.85-3.03	0.2565	147	0.2135	1809	X-RAY DIFFRACTION	96
3.03-3.26	0.2887	144	0.2036	1783	X-RAY DIFFRACTION	97
3.26-3.59	0.2645	145	0.1939	1784	X-RAY DIFFRACTION	97
3.59-4.11	0.2261	145	0.1697	1789	X-RAY DIFFRACTION	97
4.11-5.17	0.1925	146	0.1573	1806	X-RAY DIFFRACTION	97
5.17-34.46	0.2209	125	0.1922	1554	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3644	-0.1317	0.433	4.0478	-0.2896	1.9223	-0.1965	0.5051	0.1526	0.0091	0.2748	0.2096	0.047	-0.325	0.0318	0.1557	-0.0421	-0.005	0.3275	0.0065	0.2651	-24.8497	-11.3942	-20.8827
2	3.4434	0.5926	0.3802	1.8012	-0.0039	2.0376	-0.173	0.1288	1.0091	-0.0595	0.2232	0.3187	-0.2711	-0.0154	0.0021	0.2948	-0.0289	-0.0411	0.4769	0.1392	0.4024	-10.0461	4.8052	-37.3014
3	2.4395	-0.364	-1.3639	6.3814	-1.8085	2.8778	-0.2527	0.3839	-0.5471	-0.5632	0.5261	1.1191	0.4446	-0.1867	-0.1668	0.3022	0.0413	-0.0097	0.3683	-0.0077	0.3818	-9.8872	-10.3768	-36.7249
4	2.271	0.0948	-1.2816	2.2335	-1.9266	3.9632	-0.3852	-0.3538	-0.532	-0.2199	-0.165	-0.6982	0.4622	0.4957	0.366	0.2923	0.0976	0.0798	0.4299	0.0538	0.3197	-2.7626	-10.8294	-31.0108
5	2.6537	1.6053	-1.2953	0.9116	-0.831	0.8871	0.0666	-0.068	0.4581	0.0064	-0.0174	0.1289	-0.2069	0.2242	0.0165	0.3018	0.0291	-0.038	0.3985	0.0602	0.3245	-13.5703	-0.2438	-28.307
6	2.6662	0.0112	0.4594	1.4096	-0.4571	3.2433	0.0977	-0.0218	-0.1907	-0.0679	-0.1253	-0.1008	0.3116	0.0046	0.0262	0.1699	0.0159	0.011	0.1721	0.0167	0.1694	-19.7764	-15.184	-18.6023
7	1.5068	0.6969	0.0491	4.3442	-1.8973	1.7418	-0.2047	0.4663	0.0253	-0.4109	0.11	0.0334	0.0778	-0.4183	0.1305	0.2696	-0.0416	0.0004	0.4923	0.024	0.186	-26.7107	-9.7409	-32.8836
8	3.3796	0.5949	0.7296	4.9506	-0.394	3.0374	-0.1104	0.3799	0.2502	-0.5633	-0.2144	0.3362	-0.1228	-0.4754	0.2893	0.2678	-0.0144	-0.0614	0.4414	-0.0411	0.2935	-34.8897	-11.1852	-26.524
9	1.9696	-0.5303	0.745	2.7249	0.3077	0.9924	0.3682	-0.7345	0.0468	0.7335	-0.6651	-0.4995	-0.5219	0.7988	0.099	0.3332	-0.0862	-0.083	0.2854	-0.0043	0.3149	-12.0058	-1.5577	0.1419
10	2.2988	0.7611	-0.3529	4.3821	-0.7555	3.7577	0.0491	-0.0599	0.4082	0.3473	0.3194	0.8168	-0.7124	-0.4928	-0.2928	0.3714	0.0386	0.0331	0.3927	-0.0175	0.2647	-30.907	-13.353	15.6298
11	3.3559	0.0569	-0.4605	2.1797	-0.8137	2.1329	0.2878	-1.0831	0.131	0.3311	-0.4297	-0.1726	-0.3464	0.5306	0.1761	0.3979	-0.1234	-0.0434	0.5468	0.0471	0.3164	-16.7871	-16.3039	15.745
12	1.3831	0.8764	-1.0961	1.218	-0.8914	1.9986	-0.027	-0.2828	-0.2515	-0.1986	-0.2767	-0.3957	0.2603	0.5491	0.3974	0.3063	0.0102	0.0362	0.419	0.0988	0.3526	-16.4374	-23.7406	9.2591
13	1.9683	-0.4225	-0.5701	2.6194	-0.8429	3.0909	-0.0722	-0.0869	-0.2146	0.0261	0.184	0.0407	0.056	-0.5544	-0.0717	0.2503	-0.0126	0.0141	0.3407	0.0124	0.2742	-28.8008	-22.131	12.9095
14	2.0267	0.5566	-0.5305	2.6653	-0.7348	2.6735	-0.1652	0.1926	0.615	-0.1704	0.3451	0.5213	-0.6433	-0.6582	0.0436	0.5194	0.0168	-0.0754	0.2696	-0.0629	0.3387	-21.4169	1.9399	0.7643
15	1.6656	0.1229	-0.0915	1.6135	-0.9149	1.8068	-0.0876	0.0206	0.0859	0.0221	-0.0818	-0.1261	-0.178	0.0961	0.1121	0.2751	-0.0377	-0.0118	0.2569	0.0016	0.1906	-16.7801	-7.8083	-4.3385
16	0.6647	0.1911	0.7091	2.6786	-1.4724	3.3893	0.1983	-0.2516	0.0804	0.1728	-0.6956	-0.6947	-0.3698	1.1151	0.3012	0.273	-0.1155	-0.0387	0.4629	0.0949	0.399	-4.0053	-7.3635	-2.8074
17	1.5573	-0.0024	-0.8362	1.3086	0.745	3.7375	0.0347	-0.4312	-0.0753	0.7128	-0.3347	-0.7527	-0.6388	1.1226	0.1658	0.652	-0.1795	-0.1506	0.5164	-0.0096	0.4789	-6.3102	-2.1739	7.776
18	4.3026	0.5997	0.5396	1.971	-1.3325	1.2288	0.3325	-1.8894	0.3196	1.4445	-0.2488	0.1568	-0.5143	-0.5013	-0.0209	1.26	-0.5494	-0.3378	1.1614	-0.0071	0.6268	-7.2836	1.4735	15.3346
19	4.2917	0.9509	0.4288	1.571	-0.5418	4.6983	0.362	-0.8387	1.5629	0.6762	-0.1417	0.1758	-1.6302	-0.315	-0.0656	0.9011	-0.0938	-0.0082	0.361	-0.0565	0.6888	-13.3209	10.884	1.8464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 89 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 218 through 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 11 through 25 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 26 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 44 through 67 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 68 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 89 through 108 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 109 through 125 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 126 through 160 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 161 through 190 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 191 through 213 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 214 through 228 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 229 through 247 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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