PDB-8wbn: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbn

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] mutant D193N

要素

Epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / L-2-Haloacid dehalogenase / : / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbn.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbn.ent.gz	161.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wbn_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wbn_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	8wbn_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	8wbn_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wbkC 8wblC 8wbmC 8wboC 8wbpC 8wbqC 8wbrC 8wbsC 8wbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epoxide hydrolase

B: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.404, 58.552, 64.086
Angle α, β, γ (deg.)	69.88, 73.55, 82.69
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Epoxide hydrolase 分子量: 29350.920 Da / 分子数: 2 / 変異: D193N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: eph / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1KLR5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris, pH6.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.55 Å / Num. obs: 17521 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.66 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 33094
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.312 / Num. measured all: 3751 / Num. unique obs: 1990 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.31 / R_rim(I) all: 0.44 / Χ²: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→38.9 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2656	859	4.91 %
R_work	0.2106	-	-
obs	0.2133	17508	89.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3716	0	10	13	3739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	5185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.51	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	671

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.66	0.3267	137	0.2584	2858	X-RAY DIFFRACTION	91
2.66-2.86	0.3309	158	0.2454	2821	X-RAY DIFFRACTION	92
2.86-3.15	0.2932	149	0.2427	2773	X-RAY DIFFRACTION	89
3.15-3.61	0.3303	132	0.2363	2591	X-RAY DIFFRACTION	83
3.61-4.54	0.2216	153	0.1841	2804	X-RAY DIFFRACTION	90
4.54-38.9	0.2268	130	0.1906	2802	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0594	0.4817	-0.6316	0.718	0.741	1.1017	-0.4083	0.7749	0.0997	-0.6587	0.1534	-0.1386	0.1121	-0.4144	0.1271	0.4892	-0.0901	-0.0055	0.5452	0.0091	0.3756	-3.9519	22.506	25.7854
2	1.1176	-0.533	-0.0114	4.9218	-2.3964	4.5209	-0.2032	0.4445	0.0008	-0.238	-0.0237	-0.1603	0.1032	-0.1474	0.2241	0.4613	-0.122	-0.0065	0.7842	-0.1402	0.4747	5.6828	15.1106	20.6577
3	8.2106	2.7225	-2.8757	1.0526	-0.8525	1.4495	0.1205	0.3072	0.5563	-0.0481	0.1125	0.1198	-0.2997	0.1628	-0.2545	0.6378	-0.1816	0.0245	0.702	-0.0703	0.4317	-1.1127	24.1846	27.9136
4	3.5934	1.1979	1.3176	0.3542	0.5538	2.4484	0.0744	0.2865	-0.3455	-0.2098	0.0628	-0.0131	0.2248	0.0891	-0.1524	0.5023	-0.0949	0.039	0.5387	-0.0699	0.4076	-7.1783	9.4612	33.9877
5	0.9063	1.3711	0.497	5.4466	1.2404	3.2727	-0.2619	0.56	0.0864	-0.6857	0.1708	0.0465	-0.339	0.1656	0.1096	0.4549	-0.1495	-0.0904	0.701	0.0088	0.3522	-21.4287	11.8519	30.0043
6	2.6502	1.5638	-0.2975	3.5566	-2.1754	3.1162	0.4758	-0.7336	0.1468	0.4989	-0.2113	0.0791	-0.3178	0.4702	-0.2623	0.4324	-0.1026	0.0272	0.634	-0.1282	0.3488	-6.8228	13.8731	64.4597
7	9.2759	-0.3606	-2.9216	3.1076	-0.573	4.2478	0.75	-0.9212	-0.0468	0.3446	-0.8027	-0.3131	-0.7138	0.2228	0.1231	0.6218	-0.2524	-0.161	0.7384	0.11	0.5187	-0.2209	5.4553	70.354
8	4.5405	0.9909	-2.2301	2.956	-2.3554	4.1944	-0.0731	0.0101	-0.6343	-0.0098	-0.1983	-0.3844	0.3712	0.1583	0.0888	0.5131	-0.1174	0.0058	0.5701	0.0024	0.4613	-5.5171	-1.1313	65.5806
9	3.7227	0.2513	0.1431	6.4901	-1.8376	4.8074	0.2	-0.1812	0.414	0.1146	-0.3477	0.9221	-0.0699	-0.6117	0.257	0.3669	0.0256	-0.0115	0.5779	-0.056	0.4237	-7.1516	24.3598	57.0067
10	2.6456	0.8126	0.4544	1.3758	-0.3625	2.8379	0.4742	-0.4814	-0.1208	0.0556	-0.3518	0.0461	0.0038	0.0476	-0.1194	0.3826	-0.1057	-0.0281	0.5821	0.0058	0.343	-2.3306	15.2067	51.053
11	2.934	3.6154	-2.8856	9.8803	-5.4136	7.2508	0.4251	0.1254	-0.5927	0.2475	-0.667	-0.8877	0.0932	1.2038	0.0485	0.4421	-0.0898	-0.0174	0.6693	-0.0615	0.4469	11.2478	11.8159	50.8471
12	3.9947	2.3375	-3.3436	3.7306	-1.5275	6.2467	0.0369	-0.4079	-0.61	0.3977	-0.5521	-0.6207	-0.1398	0.1588	0.3264	0.4398	-0.1482	-0.0511	0.8023	-0.0269	0.4692	8.3475	20.8208	60.9269
13	3.8464	1.8022	-1.6448	6.3494	-3.5599	6.4859	0.3001	-0.4246	-0.2033	0.8235	-0.0738	-0.0862	-0.8376	0.9637	-0.1811	0.5963	-0.2199	0.0387	0.7192	-0.1593	0.5749	4.5117	30.469	62.087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 218 through 247 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 43 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 67 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 68 through 108 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 109 through 125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 126 through 160 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 161 through 177 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 217 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 218 through 247 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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