PDB-8wbs: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L]-D48N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbs

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases KlCESH[L]-D48N complexed with sulfate ions

要素

(S)-2-haloacid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / cis-Epoxysuccinate Hydrolases /

epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

(S)-2-haloacid dehalogenase /

(S)-2-haloacid dehalogenase activity / L-2-Haloacid dehalogenase / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily /

metal ion binding /

(S)-2-haloacid dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella sp. BK-58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbs.cif.gz	385.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbs.ent.gz	316.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8wbkC 8wblC 8wbmC 8wbnC 8wboC 8wbpC 8wbqC 8wbrC 8wbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (S)-2-haloacid dehalogenase

B: (S)-2-haloacid dehalogenase

C: (S)-2-haloacid dehalogenase

D: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (S)-2-haloacid dehalogenase

B: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: (S)-2-haloacid dehalogenase

D: (S)-2-haloacid dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.846, 94.426, 99.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- HOH

#1: タンパク質	(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase 分子量: 27410.104 Da / 分子数: 4 / 変異: D48N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella sp. BK-58 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8PFD2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→119.85 Å / Num. obs: 73725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 984724
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 1.411 / Num. measured all: 65329 / Num. unique obs: 5375 / CC_1/2: 0.739 / R_pim(I) all: 0.42 / R_rim(I) all: 1.473 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	v1.21	精密化
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→76.599 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	3813	5.18 %
R_work	0.1779	-	-
obs	0.1796	73616	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→76.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7349	0	42	357	7748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	10242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.884	4473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.0552	0.2797	137	0.2494	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0552-2.0823	0.2666	145	0.2325	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0823-2.1108	0.2822	169	0.2285	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1108-2.1409	0.275	130	0.2155	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1409-2.1729	0.268	152	0.2116	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1729-2.2069	0.2508	130	0.2031	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2069-2.243	0.1998	139	0.196	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.243-2.2817	0.2254	148	0.1871	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2817-2.3232	0.2297	147	0.1849	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3232-2.3679	0.206	129	0.1773	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3679-2.4162	0.2143	141	0.1846	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4162-2.4688	0.1888	126	0.1815	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4688-2.5262	0.2385	139	0.1859	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5262-2.5894	0.2513	130	0.1906	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6594	0.2549	129	0.1925	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6594-2.7377	0.2399	115	0.1949	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7377-2.826	0.1966	155	0.1846	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.826-2.927	0.2136	139	0.1833	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.927-3.0442	0.2077	136	0.1784	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0442-3.1828	0.2261	151	0.1805	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1828-3.3506	0.191	147	0.1809	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3506-3.5605	0.2389	137	0.177	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5605-3.8354	0.1968	161	0.1521	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8354-4.2214	0.1689	141	0.1528	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2214-4.8321	0.1663	140	0.1465	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8321-6.0876	0.2065	159	0.1832	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0876-76.59	0.2094	141	0.1892	2788	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.961	0.4851	1.5742	7.8119	3.8993	5.0346	0.2084	0.3779	-0.1047	-0.5022	-0.2497	0.1867	0.2389	0.0043	0.0466	0.2337	0.0841	0.0382	0.334	0.0222	0.2471	9.0434	22.2015	-7.0006
2	3.2651	1.4068	1.0553	4.8079	4.3238	9.6008	-0.0852	-0.1277	-0.0807	0.4261	-0.2883	0.7385	0.4206	-0.5381	0.2955	0.3342	0.0359	0.0726	0.2546	-0.0007	0.4711	5.9267	11.2882	3.1974
3	1.4543	-0.5372	0.2124	2.2382	0.192	1.4307	0.0728	0.1579	-0.1838	-0.2128	-0.1468	-0.0085	0.2053	0.1146	0.048	0.2078	0.0539	0.015	0.3054	-0.0351	0.2858	12.7907	21.7471	-5.4488
4	1.4293	0.1877	0.3177	1.4142	0.2024	1.0946	-0.0755	-0.1062	0.019	0.1735	0.0681	0.2272	0.0547	-0.1725	0.0085	0.22	0.0418	0.0458	0.2445	-0.0056	0.2942	5.6721	33.1459	6.4825
5	1.3959	0.4277	0.2372	6.9145	6.67	8.3145	0.1232	-0.1788	0.1107	-0.0335	0.1415	-0.3454	-0.5545	0.2297	-0.3283	0.2579	0.0013	0.0123	0.2512	0.0353	0.2359	35.5315	45.2207	18.1561
6	5.7421	3.8549	1.3827	6.8705	0.7462	1.8883	0.1995	-0.6247	-0.0747	0.9995	-0.2862	-0.3699	0.1008	0.1654	0.1251	0.4431	-0.004	-0.0608	0.3507	0.0118	0.2176	36.8602	40.3596	28.0367
7	6.891	-3.6961	-0.6491	2.6352	-1.2841	6.9277	-0.2778	-0.9471	0.1782	1.685	-0.1805	0.2346	-0.335	0.1047	0.2495	0.6472	-0.0806	0.0219	0.4085	0.0297	0.3882	27.0125	28.8475	31.6931
8	2.503	1.8041	2.143	9.2828	5.5848	7.0238	0.2424	-0.3034	0.2502	1.1345	-0.3902	0.3124	0.2643	-0.1815	0.0799	0.557	-0.045	0.0946	0.4056	0.0094	0.2961	29.4667	47.0009	30.3702
9	2.7676	0.1884	0.4004	2.0857	0.1739	2.1637	-0.0267	-0.0003	-0.1289	0.082	-0.0021	-0.0805	-0.0044	0.2973	0.0261	0.1869	0.0385	0.0024	0.1999	0.0155	0.1892	35.2813	30.006	11.3817
10	7.4263	-0.1982	-1.1973	3.1167	0.5811	2.1985	-0.2305	0.4803	0.1033	0.3627	0.0457	0.8816	-0.2062	-0.8447	0.1375	0.4032	0.1067	0.1056	0.6525	-0.0036	0.4952	20.6459	-6.496	23.1657
11	5.6645	2.3941	4.2013	1.4982	1.4836	4.3035	-0.5226	-0.5683	0.5107	-0.1936	0.2604	0.4569	-1.0893	-0.4485	0.1857	0.8326	0.1338	-0.1285	0.7143	0.0213	1.0455	23.0076	5.4579	27.1073
12	8.3559	0.3179	1.3784	3.9861	1.0721	4.9238	-0.4374	-1.2053	1.8796	0.522	0.1304	0.7756	-0.522	-0.7872	0.3832	0.7655	0.2302	0.1518	0.9458	-0.2104	1.055	17.2765	1.8093	34.2774
13	1.7951	0.0426	-0.912	3.4206	-0.8664	3.587	-0.0088	-0.179	0.2808	0.4754	0.0544	0.0528	-0.6205	-0.2955	-0.0333	0.3727	0.0578	-0.0086	0.3169	-0.0611	0.2978	37.2108	-6.3351	21.9574
14	7.8472	-4.6486	-2.1951	8.6033	1.4593	4.1464	-0.3493	-0.6603	0.4403	1.7499	0.3607	-0.401	-0.2702	0.3679	-0.0181	0.9405	0.0001	-0.0733	0.5518	-0.0411	0.3031	37.9451	-23.4704	44.1283
15	2.623	2.306	1.495	7.3606	1.1158	4.8643	0.08	-0.8008	0.1034	1.8406	-0.0694	-2.7062	-0.4141	0.4918	0.0696	1.2776	-0.0397	-0.6258	0.9792	0.007	1.3027	59.68	-20.7541	44.9833
16	2.2279	0.6328	-0.1598	2.1771	0.382	4.4059	0.2047	-0.2243	0.2341	1.1465	-0.2083	-0.0528	-0.3884	-0.1251	-0.0099	0.8814	0.015	-0.0444	0.4791	-0.0601	0.319	38.1256	-19.0376	41.9717
17	2.1596	1.2076	-0.5329	1.8246	1.8737	4.4328	0.316	-0.6512	-0.1487	1.3641	-0.2136	-0.1336	0.0975	0.1932	-0.0571	1.364	-0.061	-0.0552	0.6543	0.0074	0.4053	37.3228	-28.8188	52.9698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 274 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 42 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 77 through 92 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 104 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 105 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 140 through 274 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 42 through 76 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 77 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 97 through 139 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 140 through 274 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 42 through 55 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 56 through 139 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 140 through 221 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 222 through 274 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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