PDB-8wbq: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbq

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] mutant E212Q complexed with L-TA.

要素

Epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / L-2-Haloacid dehalogenase / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / L(+)-TARTARIC ACID / Epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbq.cif.gz	244.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbq.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8wbq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wbq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8wbq_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	8wbq_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8wbkC 8wblC 8wbmC 8wbnC 8wboC 8wbpC 8wbrC 8wbsC 8wbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epoxide hydrolase

B: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.643, 53.888, 61.959
Angle α, β, γ (deg.)	67.070, 75.840, 75.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

#1: タンパク質	Epoxide hydrolase 分子量: 29350.924 Da / 分子数: 2 / 変異: E212Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: eph / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1KLR5
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M sodium citrate tribasic, 0.2M potassium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.978557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→56.25 Å / Num. obs: 23063 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.52 Å² / CC_1/2: 0.926 / R_merge(I) obs: 0.245 / R_pim(I) all: 0.16 / R_rim(I) all: 0.294 / Χ²: 0.66 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 1.221 / Num. measured all: 4933 / Num. unique obs: 1694 / CC_1/2: 0.264 / R_pim(I) all: 0.875 / R_rim(I) all: 1.514 / Χ²: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→56.25 Å / SU ML: 0.2493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	1212	5.27 %
R_work	0.1825	21768	-
obs	0.1855	22980	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3795	0	18	116	3929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	3891
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6567	5281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2101	541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.29	0.3161	137	0.2334	2338	X-RAY DIFFRACTION	95.86
2.29-2.39	0.2797	134	0.2106	2431	X-RAY DIFFRACTION	96.98
2.39-2.52	0.2965	128	0.2133	2392	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.52-2.68	0.2599	143	0.1973	2433	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.68-2.88	0.2975	133	0.1969	2409	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.88-3.17	0.245	145	0.1915	2428	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.17-3.63	0.2332	132	0.1707	2444	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.63-4.58	0.2136	123	0.1542	2464	X-RAY DIFFRACTION	99
4.58-56.25	0.1821	137	0.1696	2429	X-RAY DIFFRACTION	98.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.98677213174	3.28208948056	-4.93728834518	4.32439028536	-3.52153769432	7.1802988958	0.161417777329	-0.139136213199	0.159067672625	0.511210548164	-0.00894251317963	0.137783784866	-0.467725913435	-0.112967786022	-0.122386028109	0.21391967802	0.0160850978588	-0.0081471070567	0.204019147538	0.0419776426386	0.114985475503	13.3853112466	16.4168124159	29.5203497556
2	6.64801618619	0.130898783194	-2.89336774262	1.67394455342	0.363754400645	2.8048362644	-0.125668885191	-0.420144676069	0.2286052378	0.216978957197	-0.401822569711	-0.229090547389	-0.229504362991	0.442196951999	0.316616814567	0.276677019247	0.0163496120553	-0.000240420863442	0.489574562923	0.112584856327	0.15760988514	18.5219895029	8.0372939395	36.4544489851
3	2.86589014318	1.06337777195	-2.69086274632	2.43250214149	-0.212694558553	2.86121642824	-0.210516619377	-0.0525710650569	-0.466112441429	-0.320868413573	-0.152448508959	-0.10172479035	0.394662294024	0.214891719374	0.300304840516	0.218269428485	0.0355880010881	0.0478452557282	0.300302096784	0.144270348939	0.223444259908	18.8218082885	0.818791031706	30.197899876
4	2.10623910446	1.97770318342	-0.853066678373	4.31169139456	-0.900640706994	1.47061506389	-0.182826753755	-0.00937250703397	0.00700010494741	-0.134411116905	0.174703602435	0.0607338282635	-0.0233548386236	-0.341783081108	-0.0665023111747	0.201928674345	0.0411967165607	-0.00715034609418	0.297185089192	0.0631357625436	0.123965820871	10.254319989	13.3888904981	28.0222527988
5	2.30192572341	0.500497899043	-0.897175091866	3.31088258627	-0.779482953353	2.08383596029	-0.0975227332473	0.0092195684805	-0.212521654425	0.0296405673671	-0.091726726541	-0.248555587888	-0.214707706697	0.311032859736	0.179085944303	0.20811765821	-0.0329150071214	0.00229358253338	0.310924594009	0.0917581086132	0.147392419414	22.7040702814	14.8614447177	17.3222402917
6	7.35531613748	-1.50017888351	-2.69608458482	5.4692164515	2.96129101622	6.06005931384	-0.214167278186	-0.191572533932	0.205438192825	0.264084961198	-0.18541693597	-0.610651608133	0.198329296761	0.825410650028	0.394774653029	0.249433652406	-0.11048593357	-0.0533240988613	0.556484971358	0.106993625251	0.335192908576	32.158950191	20.8952046635	22.2593159031
7	3.61536020988	-0.0678816983684	-2.43838225817	1.06631576296	0.831775813546	2.71677247493	0.110238260444	-0.927148717037	0.156638784018	0.637746362889	-0.303260597067	-0.423770621753	-0.462406537829	0.704999145029	0.13801475726	0.584959683424	-0.189286917992	-0.0773205016469	0.436586135013	-0.0141296816157	0.226932486535	24.7531306415	28.1547946647	29.8153279736
8	1.34353502267	-0.317554880944	0.265261703199	0.381834923017	0.182278962939	0.393442842311	-0.038095317098	0.212907852837	0.0368044339009	0.126375545619	0.173538646782	0.148183994844	-0.125891584701	-0.262102122276	-0.107786791293	0.218758031703	0.0280227564019	0.0143187979877	0.414733709928	0.144712510823	0.239574798032	12.5616862284	17.5978141159	-4.01418874933
9	1.80318852464	0.665324752163	-1.07670654749	4.12592496854	-0.675849541812	2.77891454527	-0.0424237656504	0.301816979893	-0.239985408635	-0.219409356989	-0.191363094723	0.203317148761	0.251284936592	0.292918243907	0.144413905412	0.235162471382	0.0175266724975	0.068978733405	0.478688532435	0.203098260423	0.173804416158	29.4899037184	16.5407217006	-11.9291956521
10	2.11684756697	-0.0786605221994	0.0698364339505	2.05835246435	-0.491577155736	3.04620625649	-0.00469877725471	0.199530868161	-0.0344865967331	-0.120822863365	-0.0225699727289	-0.0544346101856	0.165093247599	-0.0853686548035	0.035917421772	0.194762740949	-0.00923087332269	0.0320596681857	0.264721246741	0.0904948409049	0.124682541135	13.8969174569	11.3788272782	2.61424753654
11	1.86931063639	2.20527872246	-2.12731132211	3.75853609304	-3.50245926184	4.14060376396	-0.197378190345	0.553956524707	0.118833648955	-0.844151839058	0.154370302891	0.36564722483	0.298474924534	-0.747712358765	-0.0555929013152	0.333792775379	-0.0505662466964	-0.0637560835176	0.559696583306	0.128444798332	0.223784693033	3.56192140756	14.0605531011	-7.39473139088

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 43 )	A	A	11 - 43	1 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 44 through 67 )	A	A	44 - 67	34 - 57
3	3	chain 'A' and (resid 68 through 88 )	A	A	68 - 88	58 - 78
4	4	chain 'A' and (resid 89 through 125 )	A	A	89 - 125	79 - 115
5	5	chain 'A' and (resid 126 through 177 )	A	A	126 - 177	116 - 167
6	6	chain 'A' and (resid 178 through 200 )	A	A	178 - 200	168 - 190
7	7	chain 'A' and (resid 201 through 246 )	A	A	201 - 246	191 - 236
8	8	chain 'B' and (resid 3 through 43 )	B	C	3 - 43	1 - 41
9	9	chain 'B' and (resid 44 through 108 )	B	C	44 - 108	42 - 106
10	10	chain 'B' and (resid 109 through 207 )	B	C	109 - 207	107 - 205
11	11	chain 'B' and (resid 208 through 246 )	B	C	208 - 246	206 - 244

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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