PDB-8wbo: Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wbo

タイトル

Crystal structure of cis-Epoxysuccinate Hydrolases RhCESH[L] mutant D18N complexed with sulfate ions

要素

Epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / cis-Epoxysuccinate Hydrolases / epoxide hydrolase / L(+)-tartaric acid

機能・相同性

hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / : / L-2-Haloacid dehalogenase / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Dong, S. / Xuan, J.S. / Feng, Y.G. / Cui, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the stereo-specific catalytic mechanisms of cis-epoxysuccinate hydrolases producing L(+)-tartaric acid.
著者: Dong, S. / Xuan, J. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wbo.cif.gz	115.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wbo.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wbkC 8wblC 8wbmC 8wbnC 8wbpC 8wbqC 8wbrC 8wbsC 8wbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.804, 59.521, 68.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-471- HOH
2	1	A-604- HOH

#1: タンパク質	Epoxide hydrolase 分子量: 29350.920 Da / 分子数: 1 / 変異: D18N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: eph / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1KLR5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 26% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 33520 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.998 / Χ²: 0.019 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 225293

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.58-1.61	6.4	0.411	1679	0.925	1	99.9
1.61-1.64	6.8	0.364	1663	0.981	1	100
1.64-1.67	6.8	0.316	1647	0.949	1	100
1.67-1.7	6.7	0.292	1670	0.979	1	100
1.7-1.74	6.8	0.24	1676	0.962	1	100
1.74-1.78	6.6	0.204	1645	0.969	1	100
1.78-1.82	6.2	0.167	1724	1.02	1	99.9
1.82-1.87	6.9	0.144	1632	1.021	1	100
1.87-1.93	6.9	0.124	1670	1.014	1	99.9
1.93-1.99	6.9	0.099	1711	0.996	1	100
1.99-2.06	6.7	0.084	1662	0.964	1	100
2.06-2.14	6.5	0.067	1666	0.947	1	99.9
2.14-2.24	6.4	0.06	1649	0.961	1	99.7
2.24-2.36	7	0.055	1691	0.962	1	100
2.36-2.51	7	0.05	1688	0.935	1	100
2.51-2.7	6.8	0.045	1675	0.908	1	99.9
2.7-2.97	6.5	0.039	1672	0.874	1	99.5
2.97-3.4	7.1	0.035	1688	0.837	1	99.9
3.4-4.29	6.5	0.03	1698	0.82	1	99.2
4.29-50	6.8	0.031	1714	0.854	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.2	精密化
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→30.27 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1782	1675	5.01 %
R_work	0.1502	-	-
obs	0.1516	33466	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→30.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1861	0	10	251	2122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	2615
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.259	268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.62	0.2315	133	0.1783	2578	X-RAY DIFFRACTION	98
1.62-1.68	0.1944	126	0.1596	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.74	0.1934	139	0.1529	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.81	0.1705	147	0.1554	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.89	0.1865	141	0.1547	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.99	0.1696	144	0.1459	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.11	0.1793	118	0.1435	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.28	0.189	173	0.1455	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.5	0.1754	130	0.1492	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.87	0.2054	147	0.1619	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.61	0.1725	153	0.1487	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-30.27	0.1505	124	0.1425	2715	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6979	0.2867	1.53	1.1757	0.2307	2.2194	0.0744	-0.4517	-0.0806	0.2343	-0.0664	-0.0651	0.0758	-0.0939	-0.0225	0.1082	-0.0342	-0.0006	0.1274	0.0332	0.072	-20.305	28.1503	84.7819
2	2.072	0.4495	0.7214	3.2219	-1.3918	3.8695	0.0569	-1.0689	0.2202	0.3991	0.0366	0.4466	-0.249	-0.2293	0.0139	0.1521	-0.063	0.0313	0.3604	-0.0616	0.0228	-20.6131	37.944	91.8609
3	1.4568	0.1514	1.1682	1.223	-0.3942	3.7539	-0.0911	-0.41	0.2261	0.092	0.0396	-0.0876	-0.2603	0.1885	0.044	0.1131	-0.0364	-0.0159	0.2086	-0.0364	0.111	-11.8334	40.0058	88.5395
4	3.1072	1.5737	1.8049	3.2052	0.7751	4.1605	0.2028	-0.0643	-0.3219	0.1417	-0.0831	-0.1033	0.2562	0.1232	-0.1138	0.0624	-0.0149	0.0235	0.0497	0.0179	0.116	-26.1021	21.2503	75.1217
5	0.9355	0.0291	0.3325	1.1801	0.1097	1.6088	-0.0366	-0.1777	0.0044	0.0472	0.0009	0.0464	-0.0359	-0.0166	0.041	0.0505	-0.0099	0.0162	0.0421	0.0002	0.0562	-22.715	30.7752	72.0719
6	1.5696	1.1672	0.2683	1.4898	0.1695	3.1322	0.0039	-0.0252	0.244	-0.0033	-0.0655	0.0996	-0.2413	-0.1618	0.0381	0.0579	0.0053	-0.0036	0.0582	-0.0054	0.0787	-27.4138	38.644	70.6357
7	1.885	-0.8148	1.06	2.7021	-1.4811	5.4095	-0.0071	-0.2246	0.2484	0.122	-0.0196	0.1484	-0.2529	-0.178	0.0282	0.0738	0.0024	0.0315	0.0957	-0.0364	0.167	-37.4588	36.6193	74.6859
8	2.3209	-0.0894	1.1963	1.4317	-0.6705	1.5733	0.1047	-1.1705	0.1389	0.6136	-0.3449	0.3449	-0.1901	-0.375	-0.2712	0.235	-0.123	0.1316	0.4512	-0.0052	0.0986	-36.2778	29.2038	86.9559
9	2.3974	-0.5385	-0.1486	0.9975	1.6581	3.9861	0.1791	-0.2809	-0.3923	0.2613	-0.1025	0.2399	0.2685	-0.1767	0.0004	0.1207	-0.062	0.0223	0.0888	0.0185	0.1806	-38.298	19.7789	75.0302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 201 through 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 228 through 247 )

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