PDB-8w98: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w98

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with monoethylhexyl phtahalate and 2-ethylhexanol

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Phthalate Ester degrading / ESTS1 / Monoethylhexyl phtahalate / 2-ethylhexanol

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w98.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w98.ent.gz	97.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w98_validation.pdf.gz	763.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w98_full_validation.pdf.gz	765.3 KB	表示
XML形式データ	8w98_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8w98_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC 8ioq PDB 未公開エントリ 8ip7 PDB 未公開エントリ 8iph PDB 未公開エントリ 8isd PDB 未公開エントリ 8isl PDB 未公開エントリ 8ix4 PDB 未公開エントリ 8izo PDB 未公開エントリ 8izx PDB 未公開エントリ 8j3d PDB 未公開エントリ 8j3e PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.004, 108.004, 44.662
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-QGL / 2-[(2~{S})-2-ethylhexoxy]carbonylbenzoic acid / MEHP / (-)-フタル酸水素1-[(S)-2-エチルヘキシル] 分子量: 278.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#4: 化合物	ChemComp-2EH / (2S)-2-ethylhexan-1-ol / (S)-2-エチル-1-ヘキサノ-ル分子量: 130.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.257173 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.54092 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: Sodium Malonate, HEPES pH 7, Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25.955 Å / Num. obs: 39498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.01 % / R_merge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 39498 / R_pim(I) all: 0.814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→25.955 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.163 / SU B: 4.174 / SU ML: 0.117 / Average fsc free: 0.9585 / Average fsc work: 0.971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	1164	4.919 %
R_work	0.1842	22500	-
all	0.186	-	-
obs	-	23664	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	32	70	2397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.016	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.657	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.872	1.559	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.455	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.521	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.599	10	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.376	10	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.968	2.695	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.968	2.698	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.859	4.025	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.859	4.028	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.042	3.176	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.041	3.178	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.702	4.594	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.701	4.596	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.274	40.659	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.238	40.291	2620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.299	75	0.293	1684	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
1.949-2.002	0.29	111	0.266	1551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.002-2.06	0.277	69	0.245	1556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.123	0.274	68	0.227	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.192	0.311	63	0.223	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.268	0.186	68	0.185	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.268-2.353	0.205	85	0.17	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.353-2.448	0.242	69	0.182	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.448-2.556	0.306	81	0.189	1245	X-RAY DIFFRACTION	99.8494
2.556-2.68	0.21	48	0.188	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.823	0.253	51	0.186	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.823-2.992	0.256	53	0.181	1118	X-RAY DIFFRACTION	99.8295
2.992-3.196	0.224	41	0.187	1044	X-RAY DIFFRACTION	99.816
3.196-3.447	0.226	61	0.177	959	X-RAY DIFFRACTION	99.6094
3.447-3.77	0.217	50	0.156	876	X-RAY DIFFRACTION	99.4629
3.77-4.204	0.155	46	0.152	802	X-RAY DIFFRACTION	99.5305
4.204-4.833	0.139	40	0.134	720	X-RAY DIFFRACTION	99.4764
4.833-5.868	0.207	32	0.171	618	X-RAY DIFFRACTION	99.6933
5.868-8.095	0.193	34	0.172	475	X-RAY DIFFRACTION	99.0272
8-10	0.133	19	0.13	313	X-RAY DIFFRACTION	99.6997

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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