PDB-8vhu: Crystal structure of dATP bound E. coli class Ia ribonucleotide r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vhu

タイトル

Crystal structure of dATP bound E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha construct fused with the C-terminal tail of E. coli class Ia beta subunit

要素

Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase / allosteric regulation / nucleotide binding / subunit interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / iron ion binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM126982	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM08334	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30-ES002109	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	0645960	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: How ATP and dATP Act as Molecular Switches to Regulate Enzymatic Activity in the Prototypical Bacterial Class Ia Ribonucleotide Reductase.
著者: Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Andree, G.A. / Hamilos, A.E. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2024年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vhu.cif.gz	633.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vhu.ent.gz	514.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vhnC 8vhoC 8vhpC 8vhqC 8vhrC 1r1rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (22) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta

B: Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta

ヘテロ分子

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.214, 111.207, 209.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta 分子量: 90940.352 Da / 分子数: 2 変異: Truncated final 8 residues of alpha,fused C-terminal 35 residues of beta 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228, nrdB, ftsB, b2235, JW2229 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00452, UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase

#1: タンパク質

Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta

分子量: 90940.352 Da / 分子数: 2
変異: Truncated final 8 residues of alpha,fused C-terminal 35 residues of beta
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228, nrdB, ftsB, b2235, JW2229
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00452, UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase

-
非ポリマー , 6種, 1371分子

#2: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4M NaCl, 8% (w/vol) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 118973 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.801 / Num. unique obs: 5892 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R1R

1r1r

解像度: 2.1→49.15 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	3712	3.12 %
R_work	0.159	-	-
obs	0.16	118834	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11659	0	106	1357	13122

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3091	124	0.2613	3872	X-RAY DIFFRACTION	91
2.13-2.15	0.2784	131	0.2457	4170	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.18	0.2575	138	0.2249	4256	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.22	0.2739	127	0.2198	4062	X-RAY DIFFRACTION	94
2.22-2.25	0.2523	137	0.2105	4241	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.28	0.2335	138	0.1996	4244	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.32	0.2614	138	0.1986	4287	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.36	0.2411	137	0.1939	4215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2251	138	0.1891	4278	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.45	0.2261	137	0.1849	4258	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.5	0.2579	138	0.1932	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.2214	139	0.1825	4255	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.61	0.2528	138	0.175	4299	X-RAY DIFFRACTION	99
2.61-2.68	0.2182	137	0.1783	4159	X-RAY DIFFRACTION	97
2.68-2.75	0.203	136	0.1746	4207	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.83	0.2258	139	0.1713	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.92	0.2375	138	0.1767	4308	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.03	0.2322	141	0.1776	4311	X-RAY DIFFRACTION	99
3.03-3.15	0.2123	139	0.1864	4310	X-RAY DIFFRACTION	99
3.15-3.29	0.1998	140	0.1615	4315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.47	0.2073	135	0.1494	4295	X-RAY DIFFRACTION	99
3.47-3.68	0.1479	134	0.1383	4217	X-RAY DIFFRACTION	96
3.68-3.97	0.1467	143	0.1269	4376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.37	0.1497	139	0.1205	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-5	0.1457	143	0.1201	4402	X-RAY DIFFRACTION	100
5-6.29	0.1658	142	0.1473	4333	X-RAY DIFFRACTION	97
6.3-49.15	0.1697	146	0.1557	4542	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3236	1.3405	-1.3654	1.8157	-0.979	1.8795	-0.0174	-0.3697	-0.3987	0.1787	-0.0571	-0.0609	0.0806	0.0656	0.0673	0.3168	0.019	-0.0146	0.3284	0.0475	0.229	-26.8849	30.6548	9.8595
2	1.0226	-0.04	0.3491	0.5491	-0.0345	3.0544	0.004	0.1859	0.0976	-0.0491	0.0452	0.0027	0.1197	0.0703	-0.0549	0.1802	-0.0099	0.0144	0.2133	0.0295	0.2273	-23.9718	38.9057	-28.1769
3	1.3722	0.0361	0.1011	0.896	-0.0881	1.2367	0.0313	0.0889	0.2336	0.0625	0.0276	0.0805	-0.1326	-0.0873	-0.0532	0.2251	0.0159	0.0267	0.1941	0.0602	0.2761	-31.0808	50.7017	-21.5277
4	2.0887	0.8604	-0.131	2.25	-1.9749	2.0182	0.2348	3.062	0.8286	-2.3088	-0.0656	0.4989	0.0475	0.2784	-0.0178	1.0235	0.0097	0.0026	1.1942	0.13	0.6372	-24.7932	9.4359	-90.4259
5	2.862	1.4032	-2.7525	8.6997	2.6569	5.4443	0.3177	1.0062	-0.3055	-0.7537	-0.17	0.4409	0.3229	0.3117	-0.1503	0.4144	-0.0015	-0.0665	0.5704	-0.0697	0.3602	-29.4	1.6168	-84.0005
6	5.3051	3.2309	0.8887	4.5003	0.925	1.9993	-0.046	0.4298	0.7406	-0.338	-0.1132	0.4342	-0.326	-0.0597	0.1574	0.3611	0.0464	0.0114	0.5059	0.034	0.4223	-11.2363	17.3958	-74.9002
7	0.5744	-0.1373	-0.1942	0.876	0.2502	2.0551	-0.0099	-0.0356	-0.0126	0.1584	0.0143	-0.0819	0.0408	-0.1211	-0.0151	0.2563	-0.0247	-0.0284	0.2859	-0.0381	0.2645	-11.4915	10.402	-35.7103
8	1.4236	0.0584	0.0225	0.7864	0.2421	1.0851	-0.0073	0.0756	-0.0738	-0.0434	0.0712	-0.1438	0.0551	0.1341	-0.0612	0.2391	-0.0238	0.006	0.2457	-0.0903	0.2639	-0.596	2.5204	-48.6372
9	1.9422	0.0753	0.3486	0.9966	0.3351	4.8231	0.0918	0.1765	-0.2584	-0.0429	-0.0912	0.1509	0.2655	-0.5614	-0.0599	0.2867	-0.0581	0.0015	0.29	-0.1263	0.3624	-18.3105	-6.1595	-52.6913
10	4.2014	4.5164	5.6259	4.8965	6.0728	7.5494	-0.4964	-0.3931	2.2162	-0.363	-0.2703	1.83	-0.6509	-0.9296	0.7648	0.6951	0.1165	-0.0762	0.9995	0.1168	1.3108	-50.5134	54.1989	-38.756
11	4.335	2.1693	-4.8474	1.3957	-2.3854	5.5159	-0.3373	-0.4594	-2.416	0.5477	-0.171	0.3397	1.8138	-0.2729	0.5185	1.3462	-0.296	-0.018	0.9355	0.0523	1.0604	-18.962	-18.9288	-28.9446
12	7.3401	-3.5873	-2.8576	2.8702	2.2694	1.7946	-0.5453	-2.1802	-4.2328	1.0918	-0.1886	0.6033	3.8195	-1.6255	0.7587	1.5192	-0.2514	0.0483	0.8211	0.238	1.2748	-9.1675	-18.2686	-32.5858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 168 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 169 THROUGH 371 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 372 THROUGH 737 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 29 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 58 THROUGH 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 189 THROUGH 390 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 391 THROUGH 624 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 625 THROUGH 737 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 1365 THROUGH 1375 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 1366 THROUGH 1370 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 1371 THROUGH 1375 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 1371分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 1371分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 1371分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)