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万見
- PDB-8vhn: Crystal Structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vhn
タイトルCrystal Structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit bound to two ATP molecules
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase / allosteric regulation / nucleotide binding / subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08334 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-ES002109 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: How ATP and dATP Act as Molecular Switches to Regulate Enzymatic Activity in the Prototypical Bacterial Class Ia Ribonucleotide Reductase.
著者: Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Andree, G.A. / Hamilos, A.E. / Drennan, C.L.
履歴
登録2024年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,46916
ポリマ－171,7542
非ポリマー3,71514
水13,655758
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.991, 118.991, 290.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNchain AAA4 - 7364 - 736
2LEULEUchain BBB5 - 7365 - 736

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha / Protein B1 / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 R1 subunit / Ribonucleotide reductase 1


分子量: 85877.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase

-
非ポリマー , 5種, 772分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8.0% (w/vol)PEG3350, 80 mM HEPES pH 7.3, 280 mM magnesium chloride, 4% (vol/vol) glycerol, 1.0% CYMAL-1 detergent

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 63413 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 44.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 458752
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.62-2.677.10.77231460.7560.30.8310.90599.5
2.67-2.717.30.64931310.830.2480.6970.90399.9
2.71-2.777.30.54431180.8740.2070.5840.936100
2.77-2.827.40.44331260.9190.1680.4750.967100
2.82-2.887.30.37531240.9310.1420.4020.989100
2.88-2.957.40.33531470.9430.1280.3591.01999.9
2.95-3.027.40.28531290.9610.1080.3061.05299.6
3.02-3.117.40.25131400.9660.0960.271.08499.6
3.11-3.27.30.20331340.9770.0770.2181.05999.6
3.2-3.37.30.16931670.9830.0640.1821.08799.6
3.3-3.427.30.14431300.9870.0550.1551.1299.6
3.42-3.567.30.11431480.9920.0430.1231.07799.5
3.56-3.727.20.09831780.9940.0370.1051.06899.7
3.72-3.917.30.08131700.9960.0310.0871.05399.8
3.91-4.167.20.07331760.9960.0280.0781.01199.6
4.16-4.487.20.06731880.9970.0250.0720.99599.3
4.48-4.937.20.06332010.9970.0240.0680.97499.3
4.93-5.647.10.06732360.9960.0260.0721.199.2
5.64-7.116.90.0632500.9970.0230.0651.03598.5
7.11-506.70.04833740.9980.0180.0521.03495.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RO8

7ro8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.62→47.852 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 3103 4.9 %
Rwork0.166 60245 -
obs0.1681 63348 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.5 Å2 / Biso mean: 47.6696 Å2 / Biso min: 1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→47.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11674 0 226 758 12658
Biso mean--67.58 51.01 -
残基数----1465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85316513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2964595
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7054X-RAY DIFFRACTION4.422TORSIONAL
12B7054X-RAY DIFFRACTION4.422TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.62-2.66070.3071400.2732270499
2.6607-2.70440.28741260.25872720100
2.7044-2.7510.25711250.24032699100
2.751-2.8010.30851450.22352717100
2.801-2.85490.28881230.21832728100
2.8549-2.91310.26871330.22242715100
2.9131-2.97650.25321450.21852696100
2.9765-3.04570.25611470.2132706100
3.0457-3.12190.26811460.222697100
3.1219-3.20630.29151540.2092702100
3.2063-3.30060.25381300.18852741100
3.3006-3.40710.24571360.18162705100
3.4071-3.52880.20871450.17622713100
3.5288-3.67010.20621480.16622720100
3.6701-3.8370.19881450.14962775100
3.837-4.03920.16251420.13112726100
4.0392-4.29210.15391470.12582744100
4.2921-4.62330.1721360.1272276299
4.6233-5.08810.16491580.1294275999
5.0881-5.82320.18161440.1433279999
5.8232-7.33240.20941540.1513280799
7.3324-47.8520.15851340.1398291096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9262.1899-1.10162.7554-0.882.07370.096-0.1974-0.28350.4358-0.0861-0.24690.00940.3154-0.01340.5190.0898-0.04840.4143-0.05170.4886-8.6539-40.36564.1914
21.0414-0.5704-0.57381.03420.62082.0280.03320.248-0.0164-0.2042-0.07380.1041-0.01010.08120.02450.38740.0211-0.00190.4807-0.00940.3892-5.1093-41.2454-36.558
31.2944-0.2788-0.47671.07690.2521.69460.06010.25130.0851-0.1226-0.04380.1365-0.2521-0.1726-0.01040.39710.0735-0.01750.4390.0030.441-17.3059-31.4597-29.9932
42.15981.71181.17323.07920.83821.4331-0.25860.44260.0056-0.42540.33850.3085-0.01870.0241-0.08810.4739-0.12190.02250.60270.03920.448319.529-64.2412-77.7366
51.4143-0.1969-0.78270.74230.05932.1454-0.1389-0.3178-0.16690.17180.07230.06670.0106-0.03040.05720.36840.00670.02020.49320.03080.423919.2623-60.6175-34.5154
61.61230.1138-0.20131.86270.0851.0934-0.0523-0.1577-0.13930.10790.1063-0.11210.00670.1023-0.06210.32190.01160.00660.41550.0070.388134.6926-65.1051-44.2198
72.21730.40.94961.16440.47543.492-0.01430.0707-0.56970.00280.11240.19850.3188-0.2411-0.08810.3987-0.00210.04060.40190.03260.647522.5741-80.8661-48.5281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 188 )A4 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 189 through 371 )A189 - 371
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 372 through 736 )A372 - 736
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 188 )B5 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 189 through 390 )B189 - 390
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 391 through 622 )B391 - 622
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 623 through 736 )B623 - 736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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