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Yorodumi- PDB-8vhp: Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase al... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vhp | |||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP | |||||||||||||||
Components | Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase / allosteric regulation / nucleotide binding / subunit interaction | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / ATP binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.608 Å | |||||||||||||||
Authors | Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Drennan, C.L. | |||||||||||||||
| Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2024Title: How ATP and dATP Act as Molecular Switches to Regulate Enzymatic Activity in the Prototypical Bacterial Class Ia Ribonucleotide Reductase. Authors: Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Andree, G.A. / Hamilos, A.E. / Drennan, C.L. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vhp.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vhp.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vhp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vhp_validation.pdf.gz | 10 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vhp_full_validation.pdf.gz | 10.1 MB | Display | |
| Data in XML | 8vhp_validation.xml.gz | 232 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vhp_validation.cif.gz | 297.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhp | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vhnC ![]() 8vhoC ![]() 8vhqC ![]() 8vhrC ![]() 8vhuC ![]() 5cnsS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 87682.008 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: W28A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1310 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ATP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-CDP / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.15 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.9 M ammonium sulfate, 4% (w/vol) PEG MME 500, 0.1 M bis-Tris pH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979183 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 2, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979183 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 218946 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 54.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 1584464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5CNS Resolution: 2.608→49.736 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.12 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 124.84 Å2 / Biso mean: 54.1067 Å2 / Biso min: 34.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.608→49.736 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 4items
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PDBj




