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- PDB-8vd2: Human TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vd2
タイトルHuman TCR ET650-4 in complex with DQ8-InsC8-15-IAPP1
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • (T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 ...) x 2
  • Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP23-29 )
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune T cell receptor-pMHC II complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tran, T.M. / Lim, J.J. / Loh, T.Y. / Mannering, I.S. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1123586 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A structural basis of T cell cross-reactivity to native and spliced self-antigens presented by HLA-DQ8.
著者: Tran, M.T. / Lim, J.J. / Loh, T.J. / Mannering, S.I. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP23-29 )
D: T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 alpha
E: T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5266
ポリマ－95,3055
非ポリマー2211
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.121, 109.463, 109.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain / DQA1*03:01 (DQ8-alpha chain


分子量: 21150.596 Da / 分子数: 1 / 変異: I75C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 器官: Parenchyma / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1 / DQB1*03:02 (DQ8-beta chain)


分子量: 22605.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class II histocompatibility antigen, alpha domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O19707

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T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 alpha


分子量: 22921.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human CD4+ T cell clone isolated from PBMC of recent onset T1D patient
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV26-1*01 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli (E.coli)
#5: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, TCR ET650-4 beta


分子量: 27153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human CD4+ T cell clone isolated from PBMC of recent onset T1D patient
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV5-1*01 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli (E.coli)

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タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 13分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Hybrid insulin peptide (HIP; InsC8-15-IAPP23-29 )


分子量: 1474.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A fusion of proinsulin C-peptide fragment and IAPP1 fragment
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 器官: Pancreas / 詳細 (発現宿主): pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4), 15% w/v PEG 20,000 with seeding and additive 30 mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49 Å / Num. obs: 20755 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 58.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3281 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 0.718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoXDSデータ削減
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49 Å / SU ML: 0.3925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3398
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1057 5.11 %
Rwork0.2212 19648 -
obs0.2231 20705 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 0 14 11 6323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00166472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44688826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.08262294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.38761330.30462401X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.33221350.26832392X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.390.29171310.26522435X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.650.29691210.23122441X-RAY DIFFRACTION99.92
3.65-4.020.23991400.21122421X-RAY DIFFRACTION99.96
4.02-4.60.22391150.18462476X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.80.20461320.18942501X-RAY DIFFRACTION99.92
5.8-490.26051500.22422581X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.859894162 Å / Origin y: -19.748337874 Å / Origin z: -19.5718002526 Å
111213212223313233
T0.409500712391 Å20.0439214455624 Å20.0198615960935 Å2-0.367290972303 Å20.0729072689516 Å2--0.311761571532 Å2
L2.14177484966 °2-0.882331688473 °2-1.33510307662 °2-0.758244581076 °20.657798734002 °2--0.829217217711 °2
S0.147772650552 Å °0.159172631093 Å °0.121747625228 Å °-0.07754781969 Å °-0.0589934639106 Å °-0.0432281830138 Å °-0.159482275849 Å °-0.10895554147 Å °-0.0823870009465 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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