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- PDB-8v3n: CCP5 in complex with Glu-P-Glu transition state analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v3n
タイトルCCP5 in complex with Glu-P-Glu transition state analog
要素Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / carboxypeptidase deglutamylation branch glutamate removal microtubule / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-glutamate carboxypeptidase / protein deglutamylation / protein side chain deglutamylation / protein branching point deglutamylation / C-terminal protein deglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / intercellular bridge / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / tubulin binding ...tubulin-glutamate carboxypeptidase / protein deglutamylation / protein side chain deglutamylation / protein branching point deglutamylation / C-terminal protein deglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / intercellular bridge / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / tubulin binding / mitotic spindle / microtubule cytoskeleton / midbody / defense response to virus / proteolysis / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5 catalytic domain / Cytosolic carboxypeptidase, N-terminal / Cytosolic carboxypeptidase N-terminal domain / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-MALATE / Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, J. / Zehr, E.A. / Gruschus, J.M. / Szyk, A. / Liu, Y. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1ZIANS003163 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Tubulin code eraser CCP5 binds branch glutamates by substrate deformation
著者: Chen, J. / Zehr, E.A. / Gruschus, J.M. / Szyk, A. / Liu, Y. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8855
ポリマ－59,1711
非ポリマー7144
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.114, 80.414, 103.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic carboxypeptidase-like protein 5 / ATP/GTP-binding protein-like 5 / Protein deglutamylase CCP5


分子量: 59170.668 Da / 分子数: 1 / 変異: E516A,residues 339-424 replaced with a SGSGG loop / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGBL5, CCP5 / プラスミド: pFastBac / 詳細 (発現宿主): His_MBP_Asn10_TEV / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE
参照: UniProt: Q8NDL9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ, tubulin-glutamate carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-A1AAG / (2S)-2-{[(S)-[(3S)-3-acetamido-4-(ethylamino)-4-oxobutyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}pentanedioic acid


分子量: 380.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15 M DL-Malic acid, pH7.0, 0.1 M imidazole, pH7.0, 16% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→103.23 Å / Num. obs: 25523 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rrim(I) all: 0.334 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.869 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2238 / CC1/2: 0.613 / Rrim(I) all: 1.992 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→65.11 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1230 4.99 %
Rwork0.193 --
obs0.1945 24673 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 44 170 4069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.26551260.24352566X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.50.28131330.23032578X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.23841120.23442569X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.2751360.22982580X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.2591310.21122580X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.21761380.20172606X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.20781490.17992597X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.18821630.162590X-RAY DIFFRACTION99
4.78-65.110.21841420.18272777X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.112-0.0881-0.03511.80440.1250.3079-0.02120.03240.047-0.08140.117-0.4223-0.06120.1825-0.0940.3177-0.02430.0220.3641-0.06130.3091-11.30082.343336.483
22.0951-0.32710.49911.24130.11411.7841-0.0003-0.0954-0.11790.06020.01190.24040.1154-0.2172-0.00640.2561-0.00160.04010.2108-0.00730.2582-39.0064-10.902437.1938
32.21090.79690.2952.62631.02832.732-0.09710.13340.0443-0.20860.10740.0476-0.14540.1734-0.00680.2707-0.00240.00760.26040.01270.2301-31.9874-14.015418.1546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 339 through 601 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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