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万見
- PDB-8v2s: CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v2s
タイトルCHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer
要素
  • Charged multivesicular body protein 1b
  • IST1 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleic acid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis ...MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / membrane coat / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of proteolysis / autophagosome membrane / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / intracellular protein localization / nuclear envelope / protein transport / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Talledge, N. / Laughlin, T.G. / Alian, A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021596-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM110772-01 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ESCRT-III Assembles Around Mis-segregated DNA to Engage NoCut
著者: Talledge, N. / Glover, J. / McCullough, J. / Alian, A. / Sadler, J.B.A. / Dempsey, N. / Laughlin, T.G. / Nguyen, H.C. / Wenzel, D. / Lalonde, M.S. / Ventimiglia, L.N. / LaJoie, D. / Iwasa, J. ...著者: Talledge, N. / Glover, J. / McCullough, J. / Alian, A. / Sadler, J.B.A. / Dempsey, N. / Laughlin, T.G. / Nguyen, H.C. / Wenzel, D. / Lalonde, M.S. / Ventimiglia, L.N. / LaJoie, D. / Iwasa, J. / Starling, T. / Padilla-Parra, S. / Ullman, K.S. / Frost, A. / Sundquist, W.I. / Martin-Serrano, J.
履歴
登録2023年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Charged multivesicular body protein 1b
B: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9052
ポリマ－61,9052
非ポリマー00
水00
1
A: Charged multivesicular body protein 1b
B: IST1 homolog
x 96


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,942,857192
ポリマ－5,942,857192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation95
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Charged multivesicular body protein 1b


分子量: 22108.355 Da / 分子数: 1 / 変異: M136V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP1B / プラスミド: pET28a(+) / 詳細 (発現宿主): 6xHIS-SUMO_CHMP1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LBR1
#2: タンパク質 IST1 homolog / hIST1 / Charged multivesicular body protein 8 / CHMP8 / Putative MAPK-activating protein PM28


分子量: 39796.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1, KIAA0174 / プラスミド: pET28c(+) / 詳細 (発現宿主): 6xHIS-SUMO_IST1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53990
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1CHMP1B/IST1 copolymer bound to a 60-mer oligonucleotide of ssDNACOMPLEXComplex assembly formed my mixing protein and oligonucleotide at a 1:20 molar ratio (protein to base) by dialysis into physiological buffer conditionsall0RECOMBINANT
2Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)COMPLEXCHMP1B component of the nucleic acid templated helical assembly#11RECOMBINANT
3Increased sodium tolerance 1 (IST1)COMPLEXIST1 component of the nucleic acid templated assembly#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11NO
210.220762 MDaYES
310.397494 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET28
32Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET28
43Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET28
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris HydrochlorideTris-HCl1
2125 mMSodium ChlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample is at 16 micromolar protein concentration.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 100 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU3.4画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7ISOLDE1.6.0モデルフィッティング
9ISOLDE1.6.0モデル精密化
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCV4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 3.025 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.72 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 511337
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 451289 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 10 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID詳細Initial refinement model-ID
16TZ4

6tz4

A6TZ4AIsolated CHMP1B monomer for each biological unit used as initial model1
23FRR

3frr

B3FRRBIsolated IST1 monomer for each biological unit used as initial model2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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