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- EMDB-42925: Cellular CHMP1B/IST1 filament - Class Ic -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42925
タイトルCellular CHMP1B/IST1 filament - Class Ic
マップデータRefined symmetrized sharpened map
試料
  • 複合体: CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over expression
    • 複合体: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)
      • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)
    • 複合体: Increased sodium tolerance 1 (IST1)
      • タンパク質・ペプチド: Increased sodium tolerance 1 (IST1)
キーワードnucleic acid binding protein / cytoplasmic / HeLa / CHMP1B / IST1 / nucleic acids / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis ...MIT domain binding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / membrane coat / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of proteolysis / autophagosome membrane / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / intracellular protein localization / nuclear envelope / protein transport / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.78 Å
データ登録者Talledge N / Laughlin TG / Alian A / McCullough J
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021596-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM110772-01 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ESCRT-III Assembles Around Mis-segregated DNA to Engage NoCut
著者: Talledge N / Glover J / McCullough J / Alian A / Sadler JBA / Dempsey N / Laughlin TG / Nguyen HC / Wenzel D / Lalonde MS / Ventimiglia LN / LaJoie D / Iwasa J / Starling T / Padilla-Parra S ...著者: Talledge N / Glover J / McCullough J / Alian A / Sadler JBA / Dempsey N / Laughlin TG / Nguyen HC / Wenzel D / Lalonde MS / Ventimiglia LN / LaJoie D / Iwasa J / Starling T / Padilla-Parra S / Ullman KS / Frost A / Sundquist WI / Martin-Serrano J
履歴
登録2023年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined symmetrized sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 343.44 Å		1.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 343.44 Å		1.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 343.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1925 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.63336587 - 1.2815447
平均 (標準偏差)0.021906205 (±0.11742583)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 343.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42925_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_42925_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Refined sharpened map

ファイルemd_42925_additional_1.map
注釈Refined sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Refined symmetrized map

ファイルemd_42925_additional_2.map
注釈Refined symmetrized map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Refined map

ファイルemd_42925_additional_3.map
注釈Refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refined half map B

ファイルemd_42925_half_map_1.map
注釈Refined half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refined half map A

ファイルemd_42925_half_map_2.map
注釈Refined half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over e...

全体名称: CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over expression
要素
  • 複合体: CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over expression
    • 複合体: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)
      • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)
    • 複合体: Increased sodium tolerance 1 (IST1)
      • タンパク質・ペプチド: Increased sodium tolerance 1 (IST1)

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超分子 #1: CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over e...

超分子名称: CHMP1B/IST1 copolymer isolated and purified from HeLa cell over expression
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: pCAG-Myc-IST1 and pCAG-CHMP1B-FOS expression plasmids were transfected into HeLa cells. CHMP1B/IST1 filaments formed in cells. Cytoplasmic filaments were isolated, extracted, and purified for ...詳細: pCAG-Myc-IST1 and pCAG-CHMP1B-FOS expression plasmids were transfected into HeLa cells. CHMP1B/IST1 filaments formed in cells. Cytoplasmic filaments were isolated, extracted, and purified for generation of this sample
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)

超分子名称: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: CHMP1B component of the nucleic acid templated helical assembly
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Cytoplasm

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超分子 #3: Increased sodium tolerance 1 (IST1)

超分子名称: Increased sodium tolerance 1 (IST1) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: IST1 component of the nucleic acid templated assembly
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: cytoplasm

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分子 #1: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B)

分子名称: Charged multivesicular body protein 1B (CHMP1B) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMS ARVDAVAARV QTAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE H QFETLDVQ TQQMEDTMSS TTTLTTPQNQ VDMLLQEMAD EAGLDLNMEL ...文字列:
MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIKKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMS ARVDAVAARV QTAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE H QFETLDVQ TQQMEDTMSS TTTLTTPQNQ VDMLLQEMAD EAGLDLNMEL PQGQTGSVGT SV ASAEQDE LSQRLARLRD QV

UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b

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分子 #2: Increased sodium tolerance 1 (IST1)

分子名称: Increased sodium tolerance 1 (IST1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAM EILELYCDLL LARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI V ADQLCAKY SKEYGKLCRT NQIGTVNDRL MHKLSVEAPP KILVERYLIE ...文字列:
MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAM EILELYCDLL LARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI V ADQLCAKY SKEYGKLCRT NQIGTVNDRL MHKLSVEAPP KILVERYLIE IAKNYNVPYE PD SVVMAEA PPGVETDLID VGFTDDVKKG GPGRGGSGGF TAPVGGPDGT VPMPMPMPMP SAN TPFSYP LPKGPSDFNG LPMGTYQAFP NIHPPQIPAT PPSYESVDDI NADKNISSAQ IVGP GPKPE ASAKLPSRPA DNYDNFVLPE LPSVPDTLPT ASAGASTSAS EDIDFDDLSR RFEEL KKKT

UniProtKB: IST1 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
2.7 mMKCLPotassium Chloride
137.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMNa2HPO4Disodium phosphate
1.8 mMKH2PO4Potassium dihydrogen phosphate

詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 284.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: model: GP2 plunge freezer.
詳細Sample purified via sequential differential centrifugation method to isolate filaments from clarified Hela lysates.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3260 / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
詳細: Dataset 1 - 1901 micrographs Dataset 2 - 1359 micrographs
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.1 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.17 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 20.83 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 4418
Segment selection選択した数: 70300 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Featureless hollow cylinder with 25 nm outer diameter and 8 nm inner diameter.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6tz4

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3frr

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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