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- PDB-8tq9: Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tq9
タイトルCrystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab.S19.8 Heavy Chain
  • Fab.S19.8 Light Chain
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Transmembrane protein gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Binding and entry of HIV virion / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / Neutrophil degranulation / host cell endosome membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / actin filament organization / peptide binding / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / viral protein processing / symbiont entry into host cell / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jiang, J. / Boyd, L.F. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: Experimental Structures of Antibody/MHC-I Complexes Reveal Details of Epitopes Overlooked by Computational Prediction.
著者: Boyd, L.F. / Jiang, J. / Ahmad, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
H: Fab.S19.8 Heavy Chain
L: Fab.S19.8 Light Chain
P: Transmembrane protein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0617
ポリマ－91,8735
非ポリマー1882
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area36240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.901, 183.181, 216.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / MHC-I H2-Dd A chain


分子量: 31819.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11894.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#5: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41 / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 1 / Fragment: HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 Fab.S19.8 Heavy Chain


分子量: 23467.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): S19.8 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab.S19.8 Light Chain


分子量: 23615.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): S19.8 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 60分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→54.18 Å / Num. obs: 24406 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 59.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 2174 / CC1/2: 0.648 / CC star: 0.887 / Rpim(I) all: 0.455 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5WEU

5weu


解像度: 2.9→54.18 Å / SU ML: 0.3353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.1139
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1186 5 %
Rwork0.187 22512 -
obs0.1897 23698 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→54.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6315 0 11 58 6384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00276495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57828853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.517891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.36461380.28552616X-RAY DIFFRACTION90.83
3.03-3.190.34761430.25852712X-RAY DIFFRACTION93.64
3.19-3.390.28631450.22192777X-RAY DIFFRACTION95.55
3.39-3.650.26021490.19542828X-RAY DIFFRACTION96.5
3.65-4.020.241500.17852828X-RAY DIFFRACTION96.69
4.02-4.60.19671460.14692789X-RAY DIFFRACTION94.74
4.6-5.80.20911550.15212938X-RAY DIFFRACTION98.57
5.8-54.180.20661600.19163024X-RAY DIFFRACTION96.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.212601975660.7303021431410.4186205367574.114681716231.551331415094.3918580229-0.1216817595810.0959239509976-0.0769590787155-0.3519722317380.0960014794307-0.0827235453831-0.128751016004-0.1108780572630.05267050028850.3656359458250.04019105068510.03010962302080.2617507126110.07049059861550.24154419269221.05097026375.932640700118.1772786402
22.11159527020.860014651432-1.222336714932.78332740256-0.3614472261492.29223879944-0.05041246268210.2091810638830.09277120455430.1532046275180.587571443161.04178606024-0.357117302969-1.0879019286-0.5134200179140.466060784580.1367407217920.09914141946140.6772409042360.3188039940210.647499039787-2.5414101855650.785733855224.0769521525
32.100310934721.336630955991.265864354948.325241097442.612075636912.25427047966-0.1846846467790.1898191813480.349209988453-0.1583189572470.1974024567270.582140381074-0.1833589900720.0902878779966-0.1745424017240.4832272910090.08768517674410.09847733723520.4094224342050.06969987205910.3240967191113.459482325661.801481373435.3535880331
41.66587379989-0.1062123838730.7528303835452.080432171940.6323312717641.12703263725-0.3508657602090.171437763315-0.360342813157-0.285652794240.32605184376-0.4075768548010.1711513283190.08456724249610.03830304963030.560134855875-0.02802723504090.08163318302180.3532669487810.0507338261870.32356760308217.08049998951.916767086730.2036724246
50.0174815034129-0.265417132708-0.01446843085138.87102426671-0.19341409226-0.0340213038789-0.04633178020930.0682245608381-0.367883733531-0.846201066075-0.0110019803828-0.5431183852840.416512816512-0.005510038369040.02597199495440.5147401635420.02810550436950.1308745317020.5776960552180.026683746520.49994437048620.470024286958.510360343128.9879455441
61.670536398950.9144677595711.078327157539.136340409822.882126390082.84137030232-0.132376754263-0.0918172487106-0.378968653679-0.1111882723070.0855174205303-0.2082397358350.1982037461870.1475816401230.08802023455610.4034714158960.00937610136970.1147063412150.3732732007340.1215733732430.41221981990516.580615504149.908998971235.0609055742
71.13297234752-0.01424170048950.9515905676232.22832855802-0.2565323829514.16035486-0.0607843753899-0.3053145705090.272702972025-0.062052862139-0.1074071248190.147616578435-0.509406663315-0.3879295931380.1723526801210.2922091638430.0121803452938-0.03179677649870.4456314569290.02503313604820.35722327521323.752280806272.75496814961.538626427
84.529508858810.631312895604-0.7060846281854.083984324040.986317575314.499135283420.0550497384795-0.557011551976-0.3881051598250.06103508476990.08045486782480.3075098217250.273344380408-0.59183237867-0.1029745957780.3515342086180.00330724538324-0.07637505353470.3984666412550.07906234371840.26718207467820.247170951263.104465845259.0286662256
92.42406336897-0.2999038764322.093556418211.313629164820.7049293005423.861338819360.0813516279687-0.1646036236890.03309444092720.1319247472230.0814960867385-0.090497863475-0.337053560529-0.257346853117-0.07735994220130.27017231190.0153549906939-0.01682619485030.2877338152230.0513816078420.29988215344427.125468163469.68324060665.24543884
106.385450584531.01606055852-0.03926433661793.362517732060.2935682031064.482753960860.350546106101-0.3525815052990.6405392158090.130819731912-0.221308201122-1.10853939695-0.3477456847310.200125450088-0.2542608730750.5156011427130.0264110783496-0.1565332894720.446861913631-0.05875399437240.85117096700749.119424069476.630541465284.0071399556
117.33491594689-1.166062719931.728946042463.51331910732-1.406089491925.109572927260.431763673589-0.1265086323251.364143016470.2924953026520.153702916188-0.288235880294-0.994873967874-0.195585974066-0.1940484294780.5443743031460.0461313331417-0.131445728010.476025905295-0.2019416222790.64539179011640.747871642482.853702729186.302698084
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 174 )AA2 - 1741 - 173
22chain 'A' and (resid 175 through 274 )AA175 - 274174 - 273
33chain 'B' and (resid -1 through 11 )BB-1 - 111 - 13
44chain 'B' and (resid 12 through 41 )BB12 - 4114 - 43
55chain 'B' and (resid 42 through 61 )BB42 - 6144 - 63
66chain 'B' and (resid 62 through 99 )BB62 - 9964 - 101
77chain 'H' and (resid 2 through 39 )HC2 - 391 - 38
88chain 'H' and (resid 40 through 73 )HC40 - 7339 - 72
99chain 'H' and (resid 74 through 132 )HC74 - 13273 - 131
1010chain 'H' and (resid 133 through 201 )HC133 - 201132 - 200
1111chain 'H' and (resid 202 through 219 )HC202 - 219201 - 218
1212chain 'L' and (resid 1 through 102 )LD1 - 1021 - 102
1313chain 'L' and (resid 103 through 212 )LD103 - 212103 - 212
1414chain 'P' and (resid 1 through 10 )PE1 - 101 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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