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Yorodumi- PDB-8tq5: Crystal structure of Fab DX17 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05) -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8tq5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Fab DX17 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationantigen processing and presentation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cancer Immunol Res / Year: 2025Title: Antibody Mediated Inhibition of HLA/LILR Interactions Breaks Innate Immune Tolerance and Induces Antitumor Immunity. Authors: Panda, A.K. / Natarajan, K. / Sinha, S. / Jiang, J. / Chempati, S. / Boyd, L.F. / Desai, P.P. / Buszko, M. / Kim, Y.H. / Kazmi, S. / Fisk, B. / Teke, M.E. / Larrain, C.M. / Remmert, K. / ...Authors: Panda, A.K. / Natarajan, K. / Sinha, S. / Jiang, J. / Chempati, S. / Boyd, L.F. / Desai, P.P. / Buszko, M. / Kim, Y.H. / Kazmi, S. / Fisk, B. / Teke, M.E. / Larrain, C.M. / Remmert, K. / Blakely, A.M. / Douagi, I. / Hernandez, J.M. / Margulies, D.H. / Shevach, E.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8tq5.cif.gz | 384.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8tq5.ent.gz | 277.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8tq5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8tq5_validation.pdf.gz | 479.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8tq5_full_validation.pdf.gz | 485.9 KB | Display | |
| Data in XML | 8tq5_validation.xml.gz | 35.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 8tq5_validation.cif.gz | 47 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tq5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7tueS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 31802.119 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-B / Plasmid: pET21b / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pET3a / Production host: ![]() |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
| #4: Antibody | Mass: 23629.586 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #5: Antibody | Mass: 23843.357 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human) |
-Protein/peptide / Sugars / Non-polymers , 3 types, 199 molecules P



| #3: Protein/peptide | Mass: 1090.165 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: HLA-DPA1*02:01 derived peptide 77-85 (UNP residues 36-44) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DPA1 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
| #7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.14 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 12% PEG20000, 0.1 M MES, pH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 273 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→43.24 Å / Num. obs: 46944 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 39.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4508 / CC1/2: 0.61 / CC star: 0.87 / Rpim(I) all: 0.509 / % possible all: 95.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 7TUE Resolution: 2.3→43.24 Å / SU ML: 0.2773 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.9624 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 50.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→43.24 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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