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- PDB-8tqa: Crystal structure of Fab.28.14.8 in complex with MHC-I (H2-Db) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tqa
タイトルCrystal structure of Fab.28.14.8 in complex with MHC-I (H2-Db)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab.28.14S Heavy chain
  • Fab.28.14S Light Chain
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • influenza peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jiang, J. / Boyd, L.F. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: Experimental Structures of Antibody/MHC-I Complexes Reveal Details of Epitopes Overlooked by Computational Prediction.
著者: Boyd, L.F. / Jiang, J. / Ahmad, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
H: Fab.28.14S Heavy chain
L: Fab.28.14S Light Chain
P: influenza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,57017
ポリマ－91,6065
非ポリマー96412
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area35940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.387, 70.185, 94.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 31804.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 Fab.28.14S Heavy chain


分子量: 23396.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 28.14S / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab.28.14S Light Chain


分子量: 23719.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 28.14S / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 P

#5: タンパク質・ペプチド influenza peptide


分子量: 1026.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 77分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→60.57 Å / Num. obs: 28484 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.83 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2837 / CC1/2: 0.855 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.276 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WBX

1wbx


解像度: 2.6→60.57 Å / SU ML: 0.4007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.4539
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1425 5 %
Rwork0.1813 27059 -
obs0.1848 28484 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→60.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6302 0 62 66 6430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00896526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07548864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.19442326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.3891400.2672660X-RAY DIFFRACTION97.66
2.69-2.80.32851410.24372678X-RAY DIFFRACTION98.74
2.8-2.920.36121420.24062691X-RAY DIFFRACTION98.54
2.92-3.080.29551410.21782686X-RAY DIFFRACTION98.92
3.08-3.270.26841430.19832717X-RAY DIFFRACTION99.58
3.27-3.520.28461430.19462705X-RAY DIFFRACTION99.48
3.52-3.880.24451420.16912698X-RAY DIFFRACTION98.92
3.88-4.440.21251410.1512697X-RAY DIFFRACTION98.17
4.44-5.590.19391450.13912749X-RAY DIFFRACTION99.38
5.59-60.570.21331470.16782778X-RAY DIFFRACTION98.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6821261934-5.170714162820.8682232987782.00397014747-1.732461159280.8211796586790.0804676761330.398150993083-0.5112852214840.295853136115-0.3397762966440.82195088411-0.2131464730510.2605615479380.3220702021810.4987604472510.0280148610307-0.08195466889720.3632335125270.01441620607320.503767251721-24.373166194418.3575294656-56.1144133158
22.88486307853-0.03098612122010.2945787664723.912201163860.1176228517793.411642863090.04689084082360.281358508571-0.0127377322479-0.3762158224970.0491821775746-0.1885143531590.01518779397690.430163050523-0.09033479391850.199740847594-0.0277804850075-0.03529518334890.2501546681530.001186291714580.213089114613-13.191809252615.8300641008-55.8566887817
31.48154898961-0.06854474467430.4999374223352.91830104582-0.5666703846231.976149183330.146136349431-0.1358564290240.1281815666360.337379876706-0.1999230195710.455908673748-0.129096273857-0.1330771521940.02945169029830.447386209687-0.0246723932368-0.01191392398650.147002761391-0.004951330331270.352458218661-25.923575308421.1833193057-45.3636486554
44.601573969713.130541551423.457006355272.039209366412.620447226292.76085619020.02478925915790.494802497392-1.053442923390.0925830917220.273278459660.1103019443830.09893947886180.427924109523-0.3206314320110.503478020558-0.04456320767260.06096962685050.227985773947-0.005366316065190.444235283045-14.43598413081.05586645516-44.0537344491
54.360207283161.277948682671.122522856441.500803569611.279258627525.21290160880.00973204692910.135005171816-0.127502863417-0.0136567430813-0.0145880477372-0.2438306570620.209216237090.7434428775080.04239217471440.23973966240.113532944240.05506339142090.3194660982730.09959792187820.3104047292889.3172167176615.9518249434-24.4532398608
65.328532384651.958017788860.4494392881383.487927786010.7932758824675.33191056059-0.6008168245490.05362963437520.191559344430.07985039763480.497896598096-0.4138808331110.09258432346011.3911477680.2050130761140.32169376105-0.103048442351-0.02014037423690.8273640975470.0665013491710.28195221420510.874986756417.833351761-42.4671821051
75.270618461210.4542408604850.04850855605261.24648569378-0.1936322577750.552481797883-0.2871930464430.1976230316480.041613524571-0.3737035185890.240011525752-0.183503639264-0.4323503516951.293003646640.139793063940.56931397736-0.182891610130.008483617921630.771512550010.05120133404580.3226729788975.4073792209721.7739163618-50.9433883768
84.515087706062.150634145341.102593513931.044585846830.5736904101522.65339210102-0.4920337361690.5830747176890.1330732187260.0155030846950.410898802607-0.425545086456-0.4957773757651.205913074530.1877301852630.469804405644-0.2563276698220.03160331213350.926159480920.0842147127950.49074335537313.888014172122.5828076419-45.5127090985
95.40478845842-0.00702353129587-0.5989150614290.5924382956730.4927837078812.09457547461-0.08075104739420.0799070625947-0.0250827945847-0.04491108167830.001969873672650.09471370159940.0795702529956-0.2991085103870.06322825944360.1932427061810.01196441870410.004988684938120.2033798144840.01130759926140.21536389058-18.60919019516.6832575383-19.1651408323
105.147516049950.313581835861.447669344162.4771613956-1.25402653435.91591653111-0.0620904089109-0.3326047386090.5691699948340.3249937187110.09278204589960.411676518482-0.477154760398-0.0244339460993-0.07298145480440.2785458058710.007711015390380.02053349635160.213180339387-0.02489694255090.34702057488-44.376714139622.45080746565.96525512505
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'P' and (resid 1 through 9 )PF1 - 91 - 9
22chain 'A' and (resid 2 through 103 )AA2 - 1031 - 102
33chain 'A' and (resid 104 through 161 )AA104 - 161103 - 160
44chain 'A' and (resid 162 through 185 )AA162 - 185161 - 180
55chain 'A' and (resid 186 through 274 )AA186 - 274181 - 269
66chain 'B' and (resid 2 through 30 )BB2 - 301 - 29
77chain 'B' and (resid 31 through 61 )BB31 - 6130 - 60
88chain 'B' and (resid 62 through 99 )BB62 - 9961 - 98
99chain 'H' and (resid 1 through 122 )HC1 - 1221 - 122
1010chain 'H' and (resid 123 through 217 )HC123 - 217123 - 214
1111chain 'L' and (resid 1 through 25 )LE1 - 251 - 25
1212chain 'L' and (resid 26 through 75 )LE26 - 7526 - 75
1313chain 'L' and (resid 76 through 113 )LE76 - 11376 - 113
1414chain 'L' and (resid 114 through 150 )LE114 - 150114 - 150
1515chain 'L' and (resid 151 through 163 )LE151 - 163151 - 163
1616chain 'L' and (resid 164 through 213 )LE164 - 213164 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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