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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tg9 | ||||||
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タイトル | Complex of NPR1 ectodomain with ANP plus an allosteric activating antibody, REGN5381 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Atrial natriuretic peptide / antibody / activator / pulmonary hypertension | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / body fluid secretion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / positive regulation of renal sodium excretion / neuropeptide receptor binding / regulation of high voltage-gated calcium channel activity ...positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / body fluid secretion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / positive regulation of renal sodium excretion / neuropeptide receptor binding / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / guanylate cyclase / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / cGMP biosynthetic process / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / guanylate cyclase activity / Physiological factors / hormone binding / regulation of vascular permeability / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of urine volume / sodium ion export across plasma membrane / neuropeptide hormone activity / G protein-coupled peptide receptor activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / hormone receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / aortic valve morphogenesis / adenylate cyclase activity / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / dopamine metabolic process / cGMP-mediated signaling / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to muscle stretch / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cell projection / female pregnancy / regulation of blood pressure / vasodilation / hormone activity / negative regulation of cell growth / protein folding / perikaryon / collagen-containing extracellular matrix / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / GTP binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | ||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Romero Hernandez, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Complex of NPR1 ectodomain with ANP plus an allosteric activating antibody, REGN5381 著者: Franklin, M.C. / Romero Hernandez, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tg9.cif.gz | 315.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tg9.ent.gz | 250.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tg9_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tg9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tg9_validation.xml.gz | 56.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tg9_validation.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41233MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Atrial natriuretic ... , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 52263.723 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPR1, ANPRA 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P16066, guanylate cyclase #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3087.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01160 |
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-抗体 , 2種, 4分子 HELF
#3: 抗体 | 分子量: 24818.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Velocimmune mouse 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #4: 抗体 | 分子量: 23323.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Velocimmune mouse 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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-糖 , 4種, 6分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1299989 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 682951 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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