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万見
- EMDB-41233: Complex of NPR1 ectodomain with ANP plus an allosteric activating... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41233
タイトルComplex of NPR1 ectodomain with ANP plus an allosteric activating antibody, REGN5381
マップデータ
試料
  • 複合体: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide
    • タンパク質・ペプチド: REGN5381 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN5381 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAtrial natriuretic peptide / antibody / activator / pulmonary hypertension / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / neuropeptide receptor binding / body fluid secretion / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / peptide receptor activity ...: / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / neuropeptide receptor binding / body fluid secretion / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / peptide receptor activity / positive regulation of renal sodium excretion / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / guanylate cyclase activity / Physiological factors / hormone binding / cardiac conduction system development / negative regulation of JUN kinase activity / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / sodium ion export across plasma membrane / regulation of vascular permeability / positive regulation of urine volume / neuropeptide hormone activity / hormone receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / G protein-coupled peptide receptor activity / aortic valve morphogenesis / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cGMP-mediated signaling / dopamine metabolic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of heart rate / response to muscle stretch / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / cell projection / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell growth / hormone activity / regulation of blood pressure / vasodilation / protein folding / : / perikaryon / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / GTP binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Natriuretic peptide, atrial type / : / Natriuretic peptide, conserved site / Atrial natriuretic peptide / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : ...Natriuretic peptide, atrial type / : / Natriuretic peptide, conserved site / Atrial natriuretic peptide / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Natriuretic peptides A / Atrial natriuretic peptide receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Franklin MC / Romero Hernandez A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Agonist antibody to guanylate cyclase receptor NPR1 regulates vascular tone.
著者: Michael E Dunn / Aaron Kithcart / Jee Hae Kim / Andre Jo-Hao Ho / Matthew C Franklin / Annabel Romero Hernandez / Jan de Hoon / Wouter Botermans / Jonathan Meyer / Ximei Jin / Dongqin Zhang / ...著者: Michael E Dunn / Aaron Kithcart / Jee Hae Kim / Andre Jo-Hao Ho / Matthew C Franklin / Annabel Romero Hernandez / Jan de Hoon / Wouter Botermans / Jonathan Meyer / Ximei Jin / Dongqin Zhang / Justin Torello / Daniel Jasewicz / Vishal Kamat / Elena Garnova / Nina Liu / Michael Rosconi / Hao Pan / Satyajit Karnik / Michael E Burczynski / Wenjun Zheng / Ashique Rafique / Jonas B Nielsen / Tanima De / Niek Verweij / Anita Pandit / Adam Locke / Naga Chalasani / Olle Melander / Tae-Hwi Schwantes-An / / Aris Baras / Luca A Lotta / Bret J Musser / Jason Mastaitis / Kishor B Devalaraja-Narashimha / Andrew J Rankin / Tammy Huang / Gary Herman / William Olson / Andrew J Murphy / George D Yancopoulos / Benjamin A Olenchock / Lori Morton /
要旨: Heart failure is a leading cause of morbidity and mortality. Elevated intracardiac pressures and myocyte stretch in heart failure trigger the release of counter-regulatory natriuretic peptides, which ...Heart failure is a leading cause of morbidity and mortality. Elevated intracardiac pressures and myocyte stretch in heart failure trigger the release of counter-regulatory natriuretic peptides, which act through their receptor (NPR1) to affect vasodilation, diuresis and natriuresis, lowering venous pressures and relieving venous congestion. Recombinant natriuretic peptide infusions were developed to treat heart failure but have been limited by a short duration of effect. Here we report that in a human genetic analysis of over 700,000 individuals, lifelong exposure to coding variants of the NPR1 gene is associated with changes in blood pressure and risk of heart failure. We describe the development of REGN5381, an investigational monoclonal agonist antibody that targets the membrane-bound guanylate cyclase receptor NPR1. REGN5381, an allosteric agonist of NPR1, induces an active-like receptor conformation that results in haemodynamic effects preferentially on venous vasculature, including reductions in systolic blood pressure and venous pressure in animal models. In healthy human volunteers, REGN5381 produced the expected haemodynamic effects, reflecting reductions in venous pressures, without obvious changes in diuresis and natriuresis. These data support the development of REGN5381 for long-lasting and selective lowering of venous pressures that drive symptomatology in patients with heart failure.
履歴
登録2023年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 310 pix.
= 266.6 Å		0.86 Å/pix.
x 310 pix.
= 266.6 Å		0.86 Å/pix.
x 310 pix.
= 266.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.537
最小 - 最大-4.216814 - 6.196395
平均 (標準偏差)0.0017459996 (±0.14021935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 266.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41233_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41233_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab

全体名称: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab
要素
  • 複合体: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide
    • タンパク質・ペプチド: REGN5381 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN5381 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab

超分子名称: Active complex of NPR1 ectodomain, ANP, and REGN5381 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Atrial natriuretic peptide receptor 1

分子名称: Atrial natriuretic peptide receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: guanylate cyclase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.263723 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: GNLTVAVVLP LANTSYPWSW ARVGPAVELA LAQVKARPDL LPGWTVRTVL GSSENALGVC SDTAAPLAAV DLKWEHNPAV FLGPGCVYA AAPVGRFTAH WRVPLLTAGA PALGFGVKDE YALTTRAGPS YAKLGDFVAA LHRRLGWERQ ALMLYAYRPG D EEHCFFLV ...文字列:
GNLTVAVVLP LANTSYPWSW ARVGPAVELA LAQVKARPDL LPGWTVRTVL GSSENALGVC SDTAAPLAAV DLKWEHNPAV FLGPGCVYA AAPVGRFTAH WRVPLLTAGA PALGFGVKDE YALTTRAGPS YAKLGDFVAA LHRRLGWERQ ALMLYAYRPG D EEHCFFLV EGLFMRVRDR LNITVDHLEF AEDDLSHYTR LLRTMPRKGR VIYICSSPDA FRTLMLLALE AGLCGEDYVF FH LDIFGQS LQGGQGPAPR RPWERGDGQD VSARQAFQAA KIITYKDPDN PEYLEFLKQL KHLAYEQFNF TMEDGLVNTI PAS FHDGLL LYIQAVTETL AHGGTVTDGE NITQRMWNRS FQGVTGYLKI DSSGDRETDF SLWDMDPENG AFRVVLNYNG TSQE LVAVS GRKLNWPLGY PPPDIPKCGF DNEDPACNQD HLSTLEEQKL ISEEDLGGEQ KLISEEDLHH HHHH

UniProtKB: Atrial natriuretic peptide receptor 1

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分子 #2: Atrial natriuretic peptide

分子名称: Atrial natriuretic peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.087505 KDa
配列文字列:
SLRRSSCFGG RMDRIGAQSG LGCNSFRY

UniProtKB: Natriuretic peptides A

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分子 #3: REGN5381 Fab heavy chain

分子名称: REGN5381 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Velocimmune mouse
分子量理論値: 24.81877 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTKTYTCN VDHKPSNTKV DKRVESKYGP P

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分子 #4: REGN5381 Fab light chain

分子名称: REGN5381 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Velocimmune mouse
分子量理論値: 23.323898 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1299989
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryoSPARC ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 682951
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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