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- PDB-8t36: Crystal structure of K49 acetylated LC3A in complex with the LIR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t36
タイトルCrystal structure of K49 acetylated LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR
要素Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera
キーワードPROTEIN TRANSPORT / LC3A / acetylation / Autophagy / DOR LIR / TP53INP2 LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization / cellular response to oxygen-glucose deprivation / tissue homeostasis / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / response to iron(II) ion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy ...negative regulation of protein localization / cellular response to oxygen-glucose deprivation / tissue homeostasis / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / response to iron(II) ion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / p38MAPK cascade / autolysosome / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / JNK cascade / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to copper ion / cellular response to starvation / ubiquitin binding / macroautophagy / PML body / phospholipid binding / response to lead ion / cellular response to hydrogen peroxide / osteoblast differentiation / intracellular protein localization / late endosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p53-inducible nuclear protein / DOR family / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2 / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.852 Å
データ登録者Ali, M.G.H. / Wahba, H.M. / Cyr, N. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the role of acetylation on the interactions of the human Atg8-family proteins with the autophagy receptor TP53INP2/DOR.
著者: Ali, M.G. / Wahba, H.M. / Igelmann, S. / Cyr, N. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8883
ポリマ－15,7641
非ポリマー1242
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.198, 59.939, 62.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera / Diabetes and obesity-regulated gene / p53-inducible protein U / PIG-U / Autophagy-related protein ...Diabetes and obesity-regulated gene / p53-inducible protein U / PIG-U / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 15763.969 Da / 分子数: 1
断片: GS is the remain of the removed expression tag. TP53INP2 Q8IXH6 peptide is fused to the N- terminal of the Q9H492 to facilitate the crystallization.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53INP2, C20orf110, DOR, PINH, MAP1LC3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IXH6, UniProt: Q9H492
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 0.1M Na-citrate, 5% isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.852→43.202 Å / Num. obs: 10037 / % possible obs: 90.58 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル解像度: 1.852→1.919 Å / Num. unique obs: 728 / CC1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.852→43.202 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 1004 10.01 %
Rwork0.2096 --
obs0.2146 10030 90.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.852→43.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 8 59 1141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2371481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.319681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8523-1.950.35881070.2752968X-RAY DIFFRACTION70
1.95-2.07220.34241200.25881104X-RAY DIFFRACTION79
2.0722-2.23220.27951350.24381226X-RAY DIFFRACTION88
2.2322-2.45680.29251460.23571358X-RAY DIFFRACTION97
2.4568-2.81220.27771610.23481420X-RAY DIFFRACTION100
2.8122-3.54290.26841590.20211441X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2359-0.32810.2090.5579-0.30390.2038-0.11730.2025-0.28390.3431-0.1585-0.1774-0.13660.3056-0.0140.2740.01510.00220.5289-0.00360.25798.06930.2482-45.2293
20.44470.2916-0.42520.1899-0.27770.6284-0.1156-0.3892-0.0156-0.1353-0.0278-0.1940.01340.5639-0.110.2106-0.0380.01210.2933-0.02260.2492.48314.7041-33.2117
30.39510.0510.24330.4166-0.49590.8607-0.12110.08390.58560.26550.2310.0273-0.0391-0.1620.04340.2401-0.0020.00370.3233-0.02490.2085.324114.219-20.5346
41.5834-0.9314-0.43912.34540.12351.3741-0.0282-0.042-0.09690.1031-0.0585-0.08440.30580.184600.24670.01960.01970.30250.03050.190416.989-2.7606-24.2198
50.0796-0.02-0.07370.13030.10330.1158-0.25910.0694-0.0545-0.16690.26540.0059-0.2630.53010.00150.3153-0.0197-0.01790.578-0.01620.349324.97925.5497-27.6871
60.488-0.48740.240.53980.29315.15650.00460.2050.38730.28350.1640.0089-0.1540.47440.29680.1724-0.0314-0.0060.11810.02150.297717.689713.1791-24.3049
70.6358-0.3805-0.3380.65690.01350.2622-0.1645-0.20770.05670.23210.3792-0.11880.23930.07430.04710.171-0.0216-0.00770.3413-0.03380.219620.10160.4856-33.868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -10 through 1 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 13 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 27 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 83 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 108 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 109 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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